Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 HSD17B10-201ENST00000168216 960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 PGLS-201ENST00000252603 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 KCNK7-202ENST00000342202 1283 ntTSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 STK19B-204ENST00000512515 211 ntBASIC17.24■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 EEF1D-243ENST00000532400 419 ntTSL 3 BASIC17.24■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 NME3-204ENST00000563498 920 ntTSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 AC003688.1-201ENST00000577138 489 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.24■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 ANAPC11-217ENST00000579978 575 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 AC011467.2-201ENST00000598425 242 ntBASIC17.24■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 AL807752.6-202ENST00000622933 765 ntAPPRIS P5 TSL 3 BASIC17.24■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 SPATS2L-218ENST00000451764 2250 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.24■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 PLEKHJ1-211ENST00000589097 2251 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 TBC1D28-201ENST00000345096 2789 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 AC016734.2-201ENST00000624325 1377 ntBASIC17.24■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 ADARB1-204ENST00000389863 3563 ntTSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 NUDT9-201ENST00000302174 1701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 PDLIM2-206ENST00000409141 1463 ntTSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 ACE-204ENST00000428043 5120 ntTSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 AC132938.5-201ENST00000624980 1813 ntBASIC17.24■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 ZNRF3-201ENST00000402174 2667 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 EPB41-205ENST00000373797 2402 ntTSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 RNF216P1-203ENST00000404404 2427 ntBASIC17.23■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 LINC00271-201ENST00000421378 1580 ntTSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 CEP76-202ENST00000423709 2197 ntTSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 SENP6-205ENST00000447266 6501 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 AKIRIN1-201ENST00000372984 1330 ntTSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 GHR-201ENST00000230882 4560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 C1QTNF1-202ENST00000339142 3100 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 MTA2-204ENST00000527204 2265 ntTSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 TRIM60-203ENST00000508504 1674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 TBC1D9B-201ENST00000355235 5119 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 RAI2-203ENST00000415486 2037 ntTSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 TJP1-201ENST00000346128 7950 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 KCNJ8-201ENST00000240662 2389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 DIP2A-205ENST00000466639 2711 ntTSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 TNIP1-220ENST00000610535 2726 ntTSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 PRR18-201ENST00000322583 3084 ntAPPRIS P2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 MGAT1-203ENST00000393340 3077 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 YARS2-201ENST00000324868 2122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 FGFR3-208ENST00000481110 4217 ntTSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 TNRC18P3-201ENST00000441896 2691 ntBASIC17.23■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 FOXP1-210ENST00000484350 1996 ntTSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 NSDHL-203ENST00000440023 1630 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 NBPF15-202ENST00000488031 4535 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 MOS-201ENST00000311923 1041 ntAPPRIS P1 BASIC17.23■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 MPIG6B-202ENST00000375805 668 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 AL513320.1-201ENST00000435049 622 ntTSL 3 BASIC17.23■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 AC068134.1-202ENST00000439072 356 ntTSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 AC013356.2-201ENST00000559730 729 ntTSL 3 BASIC17.23■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 AC016582.2-201ENST00000591908 446 ntTSL 3 BASIC17.23■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 IGFLR1-209ENST00000592537 1195 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 AC010463.1-201ENST00000596542 1207 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 DRC3-201ENST00000313838 2064 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 ZDHHC24-201ENST00000310442 4721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 HOXC6-201ENST00000243108 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 IRF5-210ENST00000477535 1374 ntTSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 JADE3-204ENST00000614628 4934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 SLIT1-204ENST00000371070 4564 ntTSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 MIER1-206ENST00000371016 1802 ntTSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 SLC5A2-201ENST00000330498 2271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 ITSN1-209ENST00000399352 5408 ntTSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 STX3-203ENST00000529177 1571 ntTSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 RTN1-201ENST00000267484 3435 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 MCTP2-205ENST00000543482 1422 ntTSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 EIF4G1-204ENST00000352767 5484 ntTSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 PACRGL-202ENST00000360916 2073 ntTSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 LZTS3-202ENST00000337576 4238 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.22■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 ELMO3-203ENST00000477898 2281 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 CTNNAL1-201ENST00000325551 2490 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 TBC1D30-203ENST00000539867 2594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 GBGT1-204ENST00000372043 1935 ntTSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 TRIM72-201ENST00000322122 8500 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 COG5-203ENST00000393603 5418 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 OXT-201ENST00000217386 513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 AC003669.1-201ENST00000334569 611 ntBASIC17.22■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 UBE2J2-204ENST00000400929 1057 ntTSL 3 BASIC17.22■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 KLF4P1-201ENST00000412782 1185 ntBASIC17.22■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 BPHL-208ENST00000434640 1186 ntTSL 5 BASIC17.22■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 FAM86EP-206ENST00000510506 987 ntBASIC17.22■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 AD001527.2-201ENST00000622994 785 ntBASIC17.22■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 AQP8-201ENST00000219660 1359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 ABHD14B-204ENST00000461108 1397 ntTSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 CHGA-202ENST00000334654 1474 ntTSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 NAP1L4-201ENST00000380542 2511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 FBXO18-201ENST00000362091 3560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 NAA30-204ENST00000556492 7644 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 OVOL1-203ENST00000532448 1774 ntTSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 AIDA-201ENST00000340020 3008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 AC078925.2-201ENST00000624013 1973 ntBASIC17.22■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 USP27X-AS1-201ENST00000437322 2175 ntTSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 FAM86DP-207ENST00000497543 2152 ntTSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 CBS-202ENST00000359624 2353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 CBSL-203ENST00000618024 2353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 ADRB3-201ENST00000345060 2950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 CLDN14-203ENST00000399136 1330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 KRT18P1-202ENST00000452408 1331 ntBASIC17.21■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 H6PD-201ENST00000377403 9146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 PFDN6-206ENST00000463584 1915 ntTSL 3 BASIC17.21■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 TSC22D1-AS1-201ENST00000616360 2845 ntTSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 DHX30-205ENST00000445061 4065 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.8 ms