Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 MRC2-201ENST00000303375 5988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 C7orf31-201ENST00000283905 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 C2orf50-201ENST00000381585 2684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 SLC34A2-202ENST00000503434 2174 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 OGFOD2-212ENST00000538755 1949 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 INPP5A-203ENST00000368594 2967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 SHC3-202ENST00000375835 9768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 WAC-203ENST00000354911 3042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 CDK16-202ENST00000357227 3144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 NSUN5P2-205ENST00000602348 1776 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 DARS-201ENST00000264161 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 MPIG6B-204ENST00000375809 2396 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 SLC22A7-201ENST00000372574 1822 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 TRIM36-203ENST00000379618 693 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 PMS2P2-201ENST00000425039 1128 ntBASIC15.6■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 PRSS29P-201ENST00000440800 595 ntBASIC15.6■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 FIS1-203ENST00000442303 631 ntTSL 3 BASIC15.6■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 URGCP-206ENST00000446958 365 ntTSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 RPS27L-204ENST00000455271 923 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 TMUB1-204ENST00000476627 882 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.6■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 DHDH-204ENST00000523250 634 ntTSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 AP000442.1-201ENST00000533552 769 ntTSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 ZFPM1-203ENST00000562437 502 ntTSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 CYB561-217ENST00000582997 877 ntTSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 TUBB4A-209ENST00000598006 565 ntTSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 MTDHP5-201ENST00000598980 586 ntBASIC15.6■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 AC010735.2-201ENST00000607970 584 ntTSL 4 BASIC15.6■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 TCP11-228ENST00000611141 2130 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 NFIB-212ENST00000622520 1274 ntTSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 MPP5-201ENST00000261681 5552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 PP7080-201ENST00000342584 1876 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 EHMT1-203ENST00000460843 5137 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 TLE4-206ENST00000376552 3695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 PRRG3-205ENST00000538575 1303 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 KNOP1-205ENST00000568230 1311 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 TMEM59L-201ENST00000262817 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 OCIAD1-204ENST00000425583 1915 ntTSL 3 BASIC15.6■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 AC134043.2-201ENST00000624206 2238 ntBASIC15.6■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 TNIP1-211ENST00000521591 2274 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 AC112229.1-202ENST00000490013 2918 ntTSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 PRRT2-216ENST00000637403 2033 ntTSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 ISY1-201ENST00000273541 1704 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 TNIP1-208ENST00000520931 2680 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 SSUH2-202ENST00000341795 1799 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 TOM1L2-203ENST00000395739 1766 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 ZCWPW1-201ENST00000360951 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 AC004817.3-201ENST00000602957 2129 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 CHRD-202ENST00000348986 3155 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 ADARB1-201ENST00000348831 6882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 FLJ13224-201ENST00000313737 1514 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 GMPPA-204ENST00000373908 1501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 KRT18P55-202ENST00000578578 1546 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 KRT16P6-201ENST00000417510 1873 ntTSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 ELN-202ENST00000320399 2274 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 CSNK1D-204ENST00000398519 1580 ntTSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 MSL1-202ENST00000398532 4707 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 ELOF1-201ENST00000252445 1019 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 KRTCAP2-201ENST00000295682 552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 MRPS16-201ENST00000372940 866 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 CMTM2-202ENST00000379486 904 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 BAG1-202ENST00000379704 1128 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 TNNT3-203ENST00000381557 1019 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 TIMM17B-202ENST00000396779 1099 ntTSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 ANKRD54-202ENST00000406423 954 ntTSL 3 BASIC15.59■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 MRPS12-203ENST00000407800 1220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 CRYGEP-201ENST00000412192 528 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 AL049569.1-201ENST00000446261 636 ntTSL 3 BASIC15.59■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 MRNIP-205ENST00000518235 1244 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 TMEM106C-214ENST00000550161 976 ntTSL 3 BASIC15.59■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 PSME1-205ENST00000559123 1033 ntTSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 AC092384.3-201ENST00000561980 531 ntTSL 4 BASIC15.59■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 AC087645.2-201ENST00000586321 799 ntTSL 3 BASIC15.59■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 AC005256.1-202ENST00000592934 415 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 GGTLC5P-201ENST00000617623 998 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 A4GALT-201ENST00000249005 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 SQOR-201ENST00000260324 2003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 FFAR2-201ENST00000246549 2051 ntAPPRIS P1 BASIC15.59■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 EVPL-202ENST00000586740 6223 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 NIPA2-201ENST00000337451 3233 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 RELL2-201ENST00000297164 2520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 IRF5-210ENST00000477535 1374 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 TNPO2-201ENST00000356861 4962 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 TRIM15-207ENST00000376694 2214 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 ARID3A-201ENST00000263620 5941 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 AL731569.1-201ENST00000428940 3058 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 NMD3-202ENST00000460469 3061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 C2CD2L-201ENST00000336702 4771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 FLYWCH1P1-201ENST00000460917 1874 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 ADAM15-205ENST00000360674 2732 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 MAP3K11-201ENST00000309100 3566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 APP-203ENST00000354192 3167 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 CBS-202ENST00000359624 2353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 CBSL-203ENST00000618024 2353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 CMIP-201ENST00000398040 2825 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 BDP1-202ENST00000380675 2861 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 AC009336.1-201ENST00000608941 1553 ntBASIC15.58■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 IL18BP-214ENST00000620017 1566 ntTSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 GPSM2-201ENST00000264126 3032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 ITGB2-207ENST00000397854 2592 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 TMSB4Y-201ENST00000284856 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.7 ms