Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 LBX2-AS1-201ENST00000548978 1852 ntTSL 3 BASIC15.03■□□□□ -0
CCDC54Q8NEL0 PACS2-205ENST00000547217 2809 ntTSL 5 BASIC15.03■□□□□ -0
CCDC54Q8NEL0 PTPRO-202ENST00000348962 5061 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
CCDC54Q8NEL0 LRRC61-201ENST00000323078 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
CCDC54Q8NEL0 OS9-205ENST00000413095 1660 ntTSL 2 BASIC15.03■□□□□ -0
CCDC54Q8NEL0 NACAD-202ENST00000490531 4780 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.03■□□□□ -0
CCDC54Q8NEL0 USF2-202ENST00000343550 1523 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
CCDC54Q8NEL0 ZDHHC9-202ENST00000371064 2473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
CCDC54Q8NEL0 FAM53B-AS1-202ENST00000448422 1491 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
CCDC54Q8NEL0 NKIRAS2-207ENST00000449471 1461 ntTSL 2 BASIC15.03■□□□□ -0
CCDC54Q8NEL0 STX2-201ENST00000261653 3331 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
CCDC54Q8NEL0 ELN-207ENST00000380562 2240 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
CCDC54Q8NEL0 CLDN14-203ENST00000399136 1330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
CCDC54Q8NEL0 NXPH2-201ENST00000272641 1052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
CCDC54Q8NEL0 RHEBL1-201ENST00000301068 1210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
CCDC54Q8NEL0 DDRGK1-202ENST00000380201 1128 ntTSL 2 BASIC15.03■□□□□ -0
CCDC54Q8NEL0 UBE2J2-204ENST00000400929 1057 ntTSL 3 BASIC15.03■□□□□ -0
CCDC54Q8NEL0 C2orf82-202ENST00000409230 663 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC15.03■□□□□ -0
CCDC54Q8NEL0 HAGLR-204ENST00000425005 623 ntTSL 3 BASIC15.03■□□□□ -0
CCDC54Q8NEL0 AC004540.1-201ENST00000439120 891 ntTSL 2 BASIC15.03■□□□□ -0
CCDC54Q8NEL0 LINC00882-201ENST00000473636 710 ntTSL 3 BASIC15.03■□□□□ -0
CCDC54Q8NEL0 AC021087.1-201ENST00000512642 522 ntTSL 2 BASIC15.03■□□□□ -0
CCDC54Q8NEL0 AL157871.1-202ENST00000556458 478 ntTSL 5 BASIC15.03■□□□□ -0
CCDC54Q8NEL0 AC013356.2-201ENST00000559730 729 ntTSL 3 BASIC15.03■□□□□ -0
CCDC54Q8NEL0 ISOC2-201ENST00000085068 1122 ntTSL 2 BASIC15.03■□□□□ -0
CCDC54Q8NEL0 SPAG1-201ENST00000251809 3748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.03■□□□□ -0
CCDC54Q8NEL0 TUBB2B-201ENST00000259818 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
CCDC54Q8NEL0 MSC-201ENST00000325509 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
CCDC54Q8NEL0 DYDC2-202ENST00000372197 2022 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
CCDC54Q8NEL0 CUL3-201ENST00000264414 6741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
CCDC54Q8NEL0 MFGE8-201ENST00000268150 1937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
CCDC54Q8NEL0 TRNT1-205ENST00000402675 1935 ntTSL 2 BASIC15.03■□□□□ -0
CCDC54Q8NEL0 C2orf81-202ENST00000612891 1902 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.03■□□□□ -0
CCDC54Q8NEL0 WBP2-204ENST00000585462 1895 ntTSL 3 BASIC15.03■□□□□ -0
CCDC54Q8NEL0 PCCB-201ENST00000251654 1833 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
CCDC54Q8NEL0 COL17A1-202ENST00000369733 5488 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.03■□□□□ -0
CCDC54Q8NEL0 GIPR-201ENST00000263281 1791 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
CCDC54Q8NEL0 IL12RB2-202ENST00000371000 2454 ntTSL 2 BASIC15.03■□□□□ -0
CCDC54Q8NEL0 GLRB-201ENST00000264428 3126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
CCDC54Q8NEL0 ANGPTL4-202ENST00000393962 1705 ntTSL 5 BASIC15.03■□□□□ -0
CCDC54Q8NEL0 IL27RA-201ENST00000263379 2962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
CCDC54Q8NEL0 SNRK-204ENST00000454177 2961 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.03■□□□□ -0
CCDC54Q8NEL0 TMEM130-202ENST00000345589 2261 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
CCDC54Q8NEL0 MRPL4-203ENST00000393733 1620 ntTSL 5 BASIC15.03■□□□□ -0
CCDC54Q8NEL0 BCS1L-202ENST00000392109 1583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
CCDC54Q8NEL0 BCS1L-204ENST00000392111 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
CCDC54Q8NEL0 HCLS1-202ENST00000428394 1560 ntTSL 2 BASIC15.02■□□□□ -0
CCDC54Q8NEL0 EGFEM1P-202ENST00000431685 1563 ntBASIC15.02■□□□□ -0
CCDC54Q8NEL0 HNRNPUL2-BSCL2-201ENST00000403734 4001 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.02■□□□□ -0
CCDC54Q8NEL0 AUNIP-201ENST00000374298 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
CCDC54Q8NEL0 STK39-201ENST00000355999 3820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
CCDC54Q8NEL0 NR2F1-201ENST00000327111 3732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
CCDC54Q8NEL0 HYAL3-201ENST00000336307 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
CCDC54Q8NEL0 IRF5-210ENST00000477535 1374 ntTSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
CCDC54Q8NEL0 AC018695.7-201ENST00000624587 2492 ntBASIC15.02■□□□□ -0
CCDC54Q8NEL0 ATP6AP2-224ENST00000637327 1929 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.02■□□□□ -0
CCDC54Q8NEL0 KLC2-201ENST00000316924 2990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
CCDC54Q8NEL0 RFXANK-205ENST00000456252 1325 ntTSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
CCDC54Q8NEL0 LYPLAL1-201ENST00000366927 1819 ntTSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
CCDC54Q8NEL0 SBSPON-201ENST00000297354 3801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
CCDC54Q8NEL0 C18orf32-201ENST00000318240 1128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
CCDC54Q8NEL0 BOLA1-202ENST00000369152 859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
CCDC54Q8NEL0 C6orf48-206ENST00000375641 602 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.02■□□□□ -0
CCDC54Q8NEL0 SUV39H2-204ENST00000378325 1292 ntTSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
CCDC54Q8NEL0 LINC01128-207ENST00000449005 874 ntTSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
CCDC54Q8NEL0 MEG3-211ENST00000452514 461 ntTSL 3 BASIC15.02■□□□□ -0
CCDC54Q8NEL0 DUX4L26-201ENST00000489078 1255 ntBASIC15.02■□□□□ -0
CCDC54Q8NEL0 ACY1-210ENST00000494103 1298 ntTSL 3 BASIC15.02■□□□□ -0
CCDC54Q8NEL0 PRKCB-209ENST00000498058 480 ntTSL 3 BASIC15.02■□□□□ -0
CCDC54Q8NEL0 STK19B-204ENST00000512515 211 ntBASIC15.02■□□□□ -0
CCDC54Q8NEL0 TMEM33-208ENST00000513702 1092 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.02■□□□□ -0
CCDC54Q8NEL0 AC005336.2-201ENST00000593183 939 ntBASIC15.02■□□□□ -0
CCDC54Q8NEL0 DHRS2-210ENST00000611765 1287 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.02■□□□□ -0
CCDC54Q8NEL0 LCE1E-203ENST00000619588 267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.02■□□□□ -0
CCDC54Q8NEL0 ITGB2-AS1-202ENST00000441379 2282 ntTSL 1 (best) BASIC15.02□□□□□ -0.01
CCDC54Q8NEL0 ADAM22-204ENST00000398204 9334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.02□□□□□ -0.01
CCDC54Q8NEL0 CICP6-201ENST00000457191 2729 ntBASIC15.02□□□□□ -0.01
CCDC54Q8NEL0 PCDHA6-202ENST00000527624 2231 ntTSL 1 (best) BASIC15.02□□□□□ -0.01
CCDC54Q8NEL0 ASIC3-201ENST00000297512 1718 ntTSL 1 (best) BASIC15.02□□□□□ -0.01
CCDC54Q8NEL0 KLK6-202ENST00000376851 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02□□□□□ -0.01
CCDC54Q8NEL0 TRIM27-201ENST00000377194 2686 ntTSL 1 (best) BASIC15.02□□□□□ -0.01
CCDC54Q8NEL0 SH2D3C-205ENST00000420366 2682 ntTSL 2 BASIC15.02□□□□□ -0.01
CCDC54Q8NEL0 COQ9-201ENST00000262507 1677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02□□□□□ -0.01
CCDC54Q8NEL0 LINC00336-201ENST00000477984 2107 ntTSL 2 BASIC15.02□□□□□ -0.01
CCDC54Q8NEL0 AC022211.2-201ENST00000585075 2527 ntBASIC15.02□□□□□ -0.01
CCDC54Q8NEL0 NFATC4-211ENST00000554344 2955 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.02□□□□□ -0.01
CCDC54Q8NEL0 COLGALT2-201ENST00000361927 5177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02□□□□□ -0.01
CCDC54Q8NEL0 DVL1-202ENST00000378891 2926 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.02□□□□□ -0.01
CCDC54Q8NEL0 TNFSF13-205ENST00000396545 1593 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.02□□□□□ -0.01
CCDC54Q8NEL0 KRT23-201ENST00000209718 1987 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02□□□□□ -0.01
CCDC54Q8NEL0 FAM234A-202ENST00000301679 1936 ntTSL 2 BASIC15.02□□□□□ -0.01
CCDC54Q8NEL0 RNF7-201ENST00000273480 2763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02□□□□□ -0.01
CCDC54Q8NEL0 WDR90-202ENST00000315764 1454 ntTSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
CCDC54Q8NEL0 KIAA2026-201ENST00000381461 6884 ntTSL 5 BASIC15.01□□□□□ -0.01
CCDC54Q8NEL0 LINC00847-201ENST00000501855 1871 ntTSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
CCDC54Q8NEL0 SEPT11-209ENST00000510515 1886 ntTSL 2 BASIC15.01□□□□□ -0.01
CCDC54Q8NEL0 USB1-201ENST00000219281 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
CCDC54Q8NEL0 MLLT6-211ENST00000621332 7578 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
CCDC54Q8NEL0 KRT8P10-201ENST00000450021 1447 ntBASIC15.01□□□□□ -0.01
CCDC54Q8NEL0 MIER1-206ENST00000371016 1802 ntTSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.7 ms