Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 RGS20-201ENST00000276500 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
CUX1P39880 RDH8-203ENST00000591589 1715 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
CUX1P39880 TMEM52-201ENST00000310991 929 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
CUX1P39880 PGF-202ENST00000405431 666 ntTSL 5 BASIC28.38■■■□□ 2.13
CUX1P39880 AL161785.2-201ENST00000427080 966 ntTSL 3 BASIC28.38■■■□□ 2.13
CUX1P39880 MRPL36-204ENST00000508987 686 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.38■■■□□ 2.13
CUX1P39880 LLGL2-209ENST00000578363 1393 ntTSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
CUX1P39880 BACE2-201ENST00000328735 2824 ntTSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
CUX1P39880 FN1-208ENST00000426059 2388 ntTSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
CUX1P39880 ISY1-201ENST00000273541 1704 ntTSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
CUX1P39880 GCFC2-202ENST00000409857 2516 ntTSL 5 BASIC28.37■■■□□ 2.13
CUX1P39880 HS6ST2-203ENST00000406696 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
CUX1P39880 PLA2G16-203ENST00000415826 1099 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.37■■■□□ 2.13
CUX1P39880 AL158198.1-201ENST00000449143 380 ntTSL 3 BASIC28.37■■■□□ 2.13
CUX1P39880 AC106772.1-201ENST00000506629 591 ntTSL 3 BASIC28.37■■■□□ 2.13
CUX1P39880 AC137894.1-201ENST00000526431 547 ntTSL 2 BASIC28.37■■■□□ 2.13
CUX1P39880 PLA2G16-206ENST00000639271 957 ntTSL 5 BASIC28.37■■■□□ 2.13
CUX1P39880 PPAN-P2RY11-201ENST00000393796 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
CUX1P39880 CORO1C-204ENST00000541050 2487 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.37■■■□□ 2.13
CUX1P39880 ALDH3A2-225ENST00000630662 1558 ntTSL 5 BASIC28.37■■■□□ 2.13
CUX1P39880 C17orf62-202ENST00000342572 1849 ntTSL 2 BASIC28.36■■■□□ 2.13
CUX1P39880 GABRB2-202ENST00000353437 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
CUX1P39880 PPARD-202ENST00000337400 2041 ntTSL 5 BASIC28.36■■■□□ 2.13
CUX1P39880 EDC3-202ENST00000426797 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
CUX1P39880 PIF1-205ENST00000559239 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
CUX1P39880 NPM2-202ENST00000381530 925 ntTSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
CUX1P39880 IGHV3-7-201ENST00000390598 430 ntAPPRIS P1 BASIC28.36■■■□□ 2.13
CUX1P39880 AC027575.2-201ENST00000585258 1295 ntTSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
CUX1P39880 FAM174A-201ENST00000312637 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
CUX1P39880 FAM172A-206ENST00000509163 1369 ntTSL 2 BASIC28.36■■■□□ 2.13
CUX1P39880 GRAMD4P3-201ENST00000621665 1669 ntBASIC28.36■■■□□ 2.13
CUX1P39880 KRT6C-201ENST00000252250 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
CUX1P39880 KRT6B-201ENST00000252252 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
CUX1P39880 SLC47A2-201ENST00000325411 2258 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
CUX1P39880 AC008764.1-201ENST00000409035 2567 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.35■■■□□ 2.13
CUX1P39880 FDFT1-226ENST00000623368 2368 ntTSL 2 BASIC28.35■■■□□ 2.13
CUX1P39880 C18orf8-208ENST00000590868 2002 ntTSL 2 BASIC28.35■■■□□ 2.13
CUX1P39880 ALDH3A1-206ENST00000457500 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
CUX1P39880 RDH12-201ENST00000267502 1833 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.35■■■□□ 2.13
CUX1P39880 BEND5-201ENST00000371833 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
CUX1P39880 TMSB15B-201ENST00000419165 1666 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.35■■■□□ 2.13
CUX1P39880 RABEPK-206ENST00000628863 1537 ntTSL 5 BASIC28.35■■■□□ 2.13
CUX1P39880 FAM53B-AS1-202ENST00000448422 1491 ntTSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
CUX1P39880 CDK2AP2P3-201ENST00000422476 372 ntBASIC28.35■■■□□ 2.13
CUX1P39880 PRYP6-201ENST00000514804 343 ntBASIC28.35■■■□□ 2.13
CUX1P39880 CDK4-206ENST00000549606 558 ntTSL 2 BASIC28.35■■■□□ 2.13
CUX1P39880 AC004233.3-201ENST00000607794 1269 ntBASIC28.35■■■□□ 2.13
CUX1P39880 MIR6752-201ENST00000618442 71 ntBASIC28.35■■■□□ 2.13
CUX1P39880 AC104581.1-202ENST00000635932 2618 ntBASIC28.35■■■□□ 2.13
CUX1P39880 NTRK1-201ENST00000358660 2492 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.34■■■□□ 2.13
CUX1P39880 SLX1B-SULT1A4-201ENST00000344620 2424 ntTSL 2 BASIC28.34■■■□□ 2.13
CUX1P39880 FAM220BP-201ENST00000377689 816 ntBASIC28.34■■■□□ 2.13
CUX1P39880 PSMB8-203ENST00000395339 1025 ntTSL 3 BASIC28.34■■■□□ 2.13
CUX1P39880 AC079776.1-201ENST00000401540 1152 ntBASIC28.34■■■□□ 2.13
CUX1P39880 ITPR1-AS1-201ENST00000412804 858 ntTSL 2 BASIC28.34■■■□□ 2.13
CUX1P39880 AL353597.1-201ENST00000414875 998 ntTSL 5 BASIC28.34■■■□□ 2.13
CUX1P39880 AL158071.2-201ENST00000423380 815 ntTSL 3 BASIC28.34■■■□□ 2.13
CUX1P39880 BAALC-AS2-201ENST00000436771 496 ntTSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
CUX1P39880 AC019257.1-202ENST00000521498 445 ntTSL 5 BASIC28.34■■■□□ 2.13
CUX1P39880 SPIN2A-203ENST00000614076 966 ntTSL 3 BASIC28.34■■■□□ 2.13
CUX1P39880 CEP78-201ENST00000277082 2542 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.34■■■□□ 2.13
CUX1P39880 SLC22A17-204ENST00000397267 2455 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC28.34■■■□□ 2.13
CUX1P39880 C16orf45-201ENST00000300006 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
CUX1P39880 GABRD-218ENST00000640949 1684 ntTSL 5 BASIC28.34■■■□□ 2.13
CUX1P39880 ZNF446-203ENST00000594369 2238 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
CUX1P39880 AC119396.1-201ENST00000576789 1558 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.34■■■□□ 2.13
CUX1P39880 FRMD8P1-201ENST00000440433 1524 ntBASIC28.34■■■□□ 2.13
CUX1P39880 DUS3L-201ENST00000309061 2113 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
CUX1P39880 SLC9A3P2-201ENST00000447821 2021 ntBASIC28.34■■■□□ 2.13
CUX1P39880 PLTP-204ENST00000420868 1420 ntTSL 2 BASIC28.34■■■□□ 2.13
CUX1P39880 PGC-202ENST00000373025 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
CUX1P39880 LHX8-201ENST00000294638 2373 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
CUX1P39880 EGFL6-201ENST00000361306 2398 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
CUX1P39880 ASMT-201ENST00000381229 1087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
CUX1P39880 NECAP2-203ENST00000457722 935 ntTSL 2 BASIC28.33■■■□□ 2.13
CUX1P39880 DCUN1D5-209ENST00000531543 1030 ntTSL 5 BASIC28.33■■■□□ 2.13
CUX1P39880 STOM-203ENST00000538954 1257 ntTSL 5 BASIC28.33■■■□□ 2.13
CUX1P39880 IL32-234ENST00000552936 713 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC28.33■■■□□ 2.13
CUX1P39880 NDUFAB1-205ENST00000570319 885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
CUX1P39880 AC140912.1-201ENST00000577171 1054 ntBASIC28.33■■■□□ 2.13
CUX1P39880 AC015688.8-201ENST00000577746 656 ntTSL 4 BASIC28.33■■■□□ 2.13
CUX1P39880 LIN54-209ENST00000510557 2257 ntTSL 2 BASIC28.33■■■□□ 2.13
CUX1P39880 KLK6-202ENST00000376851 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
CUX1P39880 BEST2-202ENST00000549706 2183 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.33■■■□□ 2.13
CUX1P39880 PPA2-201ENST00000341695 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
CUX1P39880 LHX9-204ENST00000367391 1623 ntTSL 5 BASIC28.33■■■□□ 2.13
CUX1P39880 DNLZ-202ENST00000371739 2934 ntTSL 5 BASIC28.33■■■□□ 2.13
CUX1P39880 ITPKC-201ENST00000263370 3385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
CUX1P39880 PLEKHA2-208ENST00000616927 1748 ntTSL 5 BASIC28.33■■■□□ 2.13
CUX1P39880 DHRS4L2-205ENST00000543805 1334 ntTSL 5 BASIC28.33■■■□□ 2.13
CUX1P39880 PRKAG1-206ENST00000548065 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
CUX1P39880 PSENEN-202ENST00000587708 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
CUX1P39880 FBXL15-201ENST00000224862 2362 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
CUX1P39880 PAM16-201ENST00000318059 587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
CUX1P39880 HLA-H-201ENST00000383620 1096 ntBASIC28.33■■■□□ 2.13
CUX1P39880 ATP5G2P4-201ENST00000442175 420 ntBASIC28.33■■■□□ 2.13
CUX1P39880 AL033519.3-201ENST00000450618 595 ntTSL 5 BASIC28.33■■■□□ 2.13
CUX1P39880 NUBP2-208ENST00000565987 1049 ntTSL 5 BASIC28.33■■■□□ 2.13
CUX1P39880 UBE2E3-205ENST00000602475 602 ntTSL 3 BASIC28.33■■■□□ 2.13
CUX1P39880 AC003101.2-201ENST00000612557 442 ntBASIC28.33■■■□□ 2.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.9 ms