Protein–RNA interactions for Protein: P28360

MSX1, Homeobox protein MSX-1, humanhuman

Predictions only

Length 303 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSX1P28360 IL2RG-202ENST00000374188 1432 ntTSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
MSX1P28360 AC104109.2-201ENST00000602919 1418 ntBASIC15.78■□□□□ 0.12
MSX1P28360 LGI4-201ENST00000310123 2814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
MSX1P28360 ZBTB10-202ENST00000426744 9878 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
MSX1P28360 TMEM216-201ENST00000334888 1306 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
MSX1P28360 PTPRU-202ENST00000373779 5579 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
MSX1P28360 RAMP1-201ENST00000254661 910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
MSX1P28360 CLDN14-205ENST00000399139 1231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
MSX1P28360 PRR29-203ENST00000425164 1266 ntTSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
MSX1P28360 PGAM5P1-201ENST00000518923 814 ntBASIC15.78■□□□□ 0.12
MSX1P28360 CYB561-217ENST00000582997 877 ntTSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
MSX1P28360 BORCS8-206ENST00000585679 801 ntTSL 3 BASIC15.78■□□□□ 0.12
MSX1P28360 AC027601.4-201ENST00000611259 610 ntBASIC15.78■□□□□ 0.12
MSX1P28360 AC132872.3-201ENST00000620937 629 ntTSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
MSX1P28360 Metazoa_SRP.96-201ENST00000621315 318 ntBASIC15.78■□□□□ 0.12
MSX1P28360 NGLY1-207ENST00000428257 2534 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
MSX1P28360 CFAP100-201ENST00000352312 2086 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
MSX1P28360 LAT-203ENST00000395456 1616 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
MSX1P28360 ATP6V0E2-202ENST00000425642 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
MSX1P28360 AC079922.2-201ENST00000457336 2022 ntTSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
MSX1P28360 TEF-201ENST00000266304 4394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
MSX1P28360 MTHFD2L-203ENST00000395759 2354 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
MSX1P28360 FOXP1-210ENST00000484350 1996 ntTSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
MSX1P28360 PTP4A1-201ENST00000370651 5088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
MSX1P28360 ARHGAP4-204ENST00000393721 2721 ntTSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
MSX1P28360 ATP6AP2-224ENST00000637327 1929 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
MSX1P28360 LRCH3-201ENST00000334859 2258 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
MSX1P28360 RECK-201ENST00000377966 4888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
MSX1P28360 EIF3C-211ENST00000566866 2986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
MSX1P28360 HFE2-201ENST00000336751 2234 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
MSX1P28360 NEIL2-203ENST00000436750 2226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
MSX1P28360 ASCC2-223ENST00000542393 2594 ntTSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
MSX1P28360 LGI3-201ENST00000306317 3272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
MSX1P28360 SELENOF-201ENST00000331835 1781 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
MSX1P28360 LINC00905-202ENST00000588117 1768 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
MSX1P28360 CACNA1G-206ENST00000416767 4899 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
MSX1P28360 PIGF-201ENST00000281382 1372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
MSX1P28360 SYT15-201ENST00000374321 1369 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.12
MSX1P28360 NOP14-204ENST00000502735 2723 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.12
MSX1P28360 AC116353.5-201ENST00000638148 1699 ntBASIC15.77■□□□□ 0.12
MSX1P28360 WIPF2-210ENST00000585043 2693 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
MSX1P28360 NCOA6-207ENST00000616167 3271 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.12
MSX1P28360 TJP3-205ENST00000587686 2946 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
MSX1P28360 TSPAN7-202ENST00000378482 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
MSX1P28360 RAB17-203ENST00000409576 466 ntTSL 3 BASIC15.77■□□□□ 0.12
MSX1P28360 VPS13A-AS1-201ENST00000415172 519 ntTSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.12
MSX1P28360 AP001062.3-201ENST00000422357 704 ntTSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.12
MSX1P28360 AL591424.1-201ENST00000442569 1213 ntBASIC15.77■□□□□ 0.12
MSX1P28360 BEAN1-203ENST00000561796 1078 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
MSX1P28360 SLC25A3P1-206ENST00000569142 925 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
MSX1P28360 PAM16-208ENST00000573553 722 ntTSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.12
MSX1P28360 MKNK2-212ENST00000591588 631 ntTSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.12
MSX1P28360 NUTM2B-AS1-211ENST00000601369 1233 ntTSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.12
MSX1P28360 FAM197Y3-203ENST00000618346 717 ntBASIC15.77■□□□□ 0.12
MSX1P28360 MAP3K6-201ENST00000357582 4136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
MSX1P28360 BRPF1-201ENST00000383829 4736 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
MSX1P28360 CSNK1D-204ENST00000398519 1580 ntTSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.11
MSX1P28360 KAT2A-201ENST00000225916 3109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
MSX1P28360 AK4-207ENST00000545314 6887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
MSX1P28360 SRSF1-201ENST00000258962 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
MSX1P28360 HOXA2-201ENST00000222718 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
MSX1P28360 GTPBP2-202ENST00000307126 2933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
MSX1P28360 PCDHA8-201ENST00000378123 2616 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.77■□□□□ 0.11
MSX1P28360 ZNF419-201ENST00000221735 2309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
MSX1P28360 ZFP91-201ENST00000316059 5220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
MSX1P28360 RASL11B-201ENST00000248706 1995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
MSX1P28360 ZDHHC8-202ENST00000334554 5046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
MSX1P28360 CROCCP2-202ENST00000412962 2773 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
MSX1P28360 CCDC137-201ENST00000329214 2468 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
MSX1P28360 CDK11A-203ENST00000357760 2446 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
MSX1P28360 CDK11A-204ENST00000358779 2419 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
MSX1P28360 CDK11A-206ENST00000378638 2429 ntTSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
MSX1P28360 CDK11A-208ENST00000404249 2449 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
MSX1P28360 ZNF133-212ENST00000622607 2660 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC15.76■□□□□ 0.11
MSX1P28360 ZNF48-206ENST00000622647 2695 ntTSL 4 BASIC15.76■□□□□ 0.11
MSX1P28360 WNT5B-202ENST00000397196 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
MSX1P28360 MED15P5-201ENST00000423150 992 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
MSX1P28360 AP000355.1-201ENST00000432032 480 ntTSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
MSX1P28360 RPS2P1-201ENST00000434010 821 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
MSX1P28360 AP001107.6-201ENST00000526655 516 ntTSL 3 BASIC15.76■□□□□ 0.11
MSX1P28360 HAGH-208ENST00000566709 1291 ntTSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
MSX1P28360 DCTPP1-203ENST00000567983 801 ntTSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
MSX1P28360 AC008481.3-201ENST00000585656 727 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
MSX1P28360 CNTNAP3-201ENST00000297668 5064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
MSX1P28360 HTR1A-201ENST00000323865 1778 ntAPPRIS P1 BASIC15.76■□□□□ 0.11
MSX1P28360 AC020916.1-201ENST00000587762 1774 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
MSX1P28360 RANBP3-220ENST00000591092 1783 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
MSX1P28360 PPARD-202ENST00000337400 2041 ntTSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
MSX1P28360 EPS8L2-205ENST00000526198 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
MSX1P28360 NFATC4-202ENST00000413692 5700 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
MSX1P28360 FLYWCH1-203ENST00000416288 4963 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
MSX1P28360 FAM153A-203ENST00000440605 1966 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
MSX1P28360 C10orf111-201ENST00000624760 1714 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
MSX1P28360 SGCB-201ENST00000381431 4431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
MSX1P28360 ZBTB45-201ENST00000354590 2352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
MSX1P28360 BANP-223ENST00000538234 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
MSX1P28360 AC005833.1-201ENST00000280684 4237 ntAPPRIS P1 BASIC15.76■□□□□ 0.11
MSX1P28360 ARHGAP22-206ENST00000435790 2595 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
MSX1P28360 RDH12-201ENST00000267502 1833 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
MSX1P28360 ARHGAP35-201ENST00000404338 8889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.5 ms