Protein–RNA interactions for Protein: P02549

SPTA1, Spectrin alpha chain, erythrocytic 1, humanhuman

Predictions only

Length 2,419 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SPTA1P02549 TXNRD3-202ENST00000523403 2351 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
SPTA1P02549 PTGES-201ENST00000340607 1774 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
SPTA1P02549 AP001626.1-201ENST00000424890 2854 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
SPTA1P02549 FAM129B-201ENST00000373312 3957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
SPTA1P02549 SLC25A27-202ENST00000411689 2526 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
SPTA1P02549 PGAP3-206ENST00000579146 2220 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
SPTA1P02549 KCNQ5-203ENST00000355635 6623 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
SPTA1P02549 NPFFR2-201ENST00000308744 1922 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
SPTA1P02549 KCP-208ENST00000620378 4515 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
SPTA1P02549 EYA2-210ENST00000611592 2612 ntTSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
SPTA1P02549 AC142086.1-202ENST00000398669 1839 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
SPTA1P02549 ALG5-201ENST00000239891 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
SPTA1P02549 IFNL1-201ENST00000333625 857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
SPTA1P02549 ZNF81-201ENST00000334937 610 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
SPTA1P02549 AC139149.1-202ENST00000442532 783 ntTSL 3 BASIC15.53■□□□□ 0.08
SPTA1P02549 LINC01160-202ENST00000450155 894 ntTSL 3 BASIC15.53■□□□□ 0.08
SPTA1P02549 ZNF789-211ENST00000493485 556 ntTSL 4 BASIC15.53■□□□□ 0.08
SPTA1P02549 OTUB2-202ENST00000553723 708 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
SPTA1P02549 AC116003.1-201ENST00000578340 536 ntTSL 3 BASIC15.53■□□□□ 0.08
SPTA1P02549 IFI27-210ENST00000616764 716 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
SPTA1P02549 MIR6080-201ENST00000617359 66 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
SPTA1P02549 IFI27-213ENST00000620066 719 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
SPTA1P02549 NT5C3A-204ENST00000405342 1759 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
SPTA1P02549 FBXO31-201ENST00000311635 5934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
SPTA1P02549 C2orf68-202ENST00000409734 1722 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
SPTA1P02549 PDLIM1-201ENST00000329399 1452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
SPTA1P02549 SOX4-201ENST00000244745 5852 ntAPPRIS P1 BASIC15.53■□□□□ 0.08
SPTA1P02549 OGFOD2-212ENST00000538755 1949 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
SPTA1P02549 PHLDA3-202ENST00000367311 2640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
SPTA1P02549 TTLL9-205ENST00000375938 2623 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
SPTA1P02549 FOXP4-202ENST00000373057 3300 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
SPTA1P02549 CTSA-201ENST00000191018 1898 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
SPTA1P02549 GPBAR1-201ENST00000479077 1869 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
SPTA1P02549 SEMA3D-202ENST00000444867 1605 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
SPTA1P02549 CETN1-201ENST00000327228 1758 ntAPPRIS P1 BASIC15.52■□□□□ 0.08
SPTA1P02549 PLCH2-205ENST00000449969 5450 ntTSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.08
SPTA1P02549 RAVER2-202ENST00000371072 4362 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
SPTA1P02549 NLE1-201ENST00000360831 1726 ntTSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.08
SPTA1P02549 NDUFS7-210ENST00000539480 1743 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
SPTA1P02549 TNKS2-201ENST00000371627 6157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
SPTA1P02549 CDC25B-204ENST00000379598 2990 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
SPTA1P02549 AC079776.1-201ENST00000401540 1152 ntBASIC15.52■□□□□ 0.08
SPTA1P02549 PABPN1L-202ENST00000419291 1272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
SPTA1P02549 AL606760.1-201ENST00000458151 1181 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
SPTA1P02549 UBE2H-204ENST00000473814 535 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
SPTA1P02549 MIR210HG-203ENST00000533920 816 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
SPTA1P02549 AC068587.10-201ENST00000641210 219 ntBASIC15.52■□□□□ 0.08
SPTA1P02549 PRR15-201ENST00000319694 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
SPTA1P02549 PCDHA5-202ENST00000529859 5218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
SPTA1P02549 ADGRG2-209ENST00000379876 4779 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
SPTA1P02549 LTV1-201ENST00000367576 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
SPTA1P02549 PSPC1-201ENST00000338910 2407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
SPTA1P02549 KCNQ2-205ENST00000360480 2775 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.07
SPTA1P02549 REEP2-202ENST00000378339 2170 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
SPTA1P02549 TEPSIN-213ENST00000637944 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.07
SPTA1P02549 FAM174A-201ENST00000312637 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
SPTA1P02549 SENP6-201ENST00000327284 2700 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.07
SPTA1P02549 TMEM259-202ENST00000356663 2748 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
SPTA1P02549 PPP2CA-203ENST00000481195 4649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
SPTA1P02549 TMEM161A-202ENST00000450333 1930 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.07
SPTA1P02549 CSK-201ENST00000220003 2767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
SPTA1P02549 SQOR-201ENST00000260324 2003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
SPTA1P02549 SRP19-201ENST00000282999 937 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
SPTA1P02549 CUTA-202ENST00000374496 762 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.07
SPTA1P02549 VCX3B-202ENST00000381032 1171 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.07
SPTA1P02549 SCN4B-204ENST00000529878 566 ntTSL 4 BASIC15.52■□□□□ 0.07
SPTA1P02549 AC026120.1-201ENST00000611536 926 ntBASIC15.52■□□□□ 0.07
SPTA1P02549 NBPF9-209ENST00000621645 5632 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.07
SPTA1P02549 USP21-201ENST00000289865 2195 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
SPTA1P02549 CTD-2194D22.4-201ENST00000514569 1635 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
SPTA1P02549 TMEM143-202ENST00000377431 1960 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
SPTA1P02549 AC100757.3-201ENST00000622361 1406 ntBASIC15.51■□□□□ 0.07
SPTA1P02549 GPX3-210ENST00000622181 1757 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
SPTA1P02549 WDR13-201ENST00000218056 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
SPTA1P02549 LRCH2-201ENST00000317135 4929 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
SPTA1P02549 SLC27A3-214ENST00000624995 2413 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
SPTA1P02549 CFAP100-201ENST00000352312 2086 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
SPTA1P02549 TFAP2D-201ENST00000008391 1711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
SPTA1P02549 SIL1-201ENST00000265195 1895 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
SPTA1P02549 ISL2-201ENST00000290759 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
SPTA1P02549 RNF144A-201ENST00000320892 5743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
SPTA1P02549 ARHGEF28-204ENST00000437974 5792 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
SPTA1P02549 BORCS8-203ENST00000477565 1489 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
SPTA1P02549 MARK4-210ENST00000620044 2105 ntTSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
SPTA1P02549 HNRNPUL2-BSCL2-201ENST00000403734 4001 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
SPTA1P02549 GATA5-201ENST00000252997 2595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
SPTA1P02549 CERK-201ENST00000216264 4450 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
SPTA1P02549 COX6A1-201ENST00000229379 572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
SPTA1P02549 REEP4-207ENST00000523293 913 ntTSL 3 BASIC15.51■□□□□ 0.07
SPTA1P02549 AC008750.1-201ENST00000532473 492 ntTSL 3 BASIC15.51■□□□□ 0.07
SPTA1P02549 AP000275.2-202ENST00000553001 929 ntTSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
SPTA1P02549 MRPS23-202ENST00000578444 580 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
SPTA1P02549 AURKB-214ENST00000585124 1227 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
SPTA1P02549 TRAPPC6A-204ENST00000588062 695 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
SPTA1P02549 AL138828.2-201ENST00000615812 383 ntBASIC15.51■□□□□ 0.07
SPTA1P02549 PRSS53-201ENST00000280606 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
SPTA1P02549 FBLN7-202ENST00000331203 2301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
SPTA1P02549 WWC3-201ENST00000380861 6647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
SPTA1P02549 FAM124A-202ENST00000322475 4761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
SPTA1P02549 B9D1-209ENST00000477478 1353 ntTSL 3 BASIC15.51■□□□□ 0.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.6 ms