Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 AC104985.1-201ENST00000587528 507 ntTSL 3 BASIC17.41■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 CECR7-204ENST00000609932 568 ntTSL 2 BASIC17.41■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 BSG-214ENST00000614867 960 ntTSL 3 BASIC17.41■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 MIR6080-201ENST00000617359 66 ntBASIC17.41■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 SNHG28-203ENST00000621242 708 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.41■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 OPN5-206ENST00000638973 1090 ntTSL 5 BASIC17.41■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 EGFEM1P-202ENST00000431685 1563 ntBASIC17.41■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 SUPT20H-203ENST00000360252 2843 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 ZNF213-202ENST00000416391 2996 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.41■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 SYT3-206ENST00000600079 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 ACP5-203ENST00000433365 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 OSR2-209ENST00000522510 1528 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.41■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 NDUFV1-216ENST00000529927 1503 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 SLC22A20-204ENST00000530038 1673 ntBASIC17.41■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 USP3-AS1-201ENST00000558831 1784 ntTSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 COMMD5-202ENST00000402718 1305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 GCH1-207ENST00000622544 2923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 PODNL1-201ENST00000254320 1859 ntTSL 2 BASIC17.4■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 LEFTY2-201ENST00000366820 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 ZNF789-211ENST00000493485 556 ntTSL 4 BASIC17.4■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 AC090515.4-201ENST00000558042 450 ntTSL 3 BASIC17.4■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 AL009183.1-201ENST00000603760 355 ntBASIC17.4■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 GOLGA2-215ENST00000639983 1038 ntTSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 HLA-F-218ENST00000376861 1544 ntAPPRIS ALT2 BASIC17.4■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 CAMKV-204ENST00000466940 1475 ntTSL 2 BASIC17.4■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 PRRT2-205ENST00000567659 1470 ntTSL 2 BASIC17.4■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 LMX1B-204ENST00000561065 1300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 EXD3-203ENST00000465160 1585 ntTSL 2 BASIC17.4■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 BIN1-208ENST00000376113 1832 ntTSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 ADRA1A-205ENST00000380582 2089 ntTSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 POLR2J4-203ENST00000326391 1422 ntTSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 OCIAD1-213ENST00000508293 1423 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.39■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 TMEM44-201ENST00000330115 1278 ntTSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 IFNL1-201ENST00000333625 857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 ANAPC11-201ENST00000344877 918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 GOLGA6L11P-201ENST00000417252 1298 ntBASIC17.39■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 AL137003.1-201ENST00000423260 491 ntTSL 5 BASIC17.39■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 RPL13-214ENST00000567815 712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.39■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 COQ9-214ENST00000567933 882 ntTSL 3 BASIC17.39■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 ANAPC11-213ENST00000577747 672 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.39■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 KRT16P2-202ENST00000579062 563 ntTSL 4 BASIC17.39■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 HNRNPDL-206ENST00000602300 1291 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 MPP2-206ENST00000518766 1896 ntTSL 2 BASIC17.39■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 CTSA-204ENST00000372484 2149 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 CCDC17-202ENST00000421127 2216 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.39■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 RDH8-203ENST00000591589 1715 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 CHRNB1-201ENST00000306071 2557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 RBBP7-203ENST00000380087 2333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 VAV3-202ENST00000370056 4990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 TEX19-201ENST00000333437 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 PYCR2-201ENST00000343818 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 HYAL3-205ENST00000450982 1402 ntTSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 UXT-AS1-201ENST00000590504 1525 ntBASIC17.39■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 ZNF419-207ENST00000442920 1857 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.39■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 DOK7-201ENST00000340083 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 DOK7-203ENST00000507039 2551 ntTSL 2 BASIC17.39■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 ARHGAP9-202ENST00000393797 2912 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 ARFRP1-212ENST00000618838 1623 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.39■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 SSR4-204ENST00000370087 745 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.39■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 HMGA1P7-201ENST00000406908 502 ntBASIC17.39■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 MECP2-203ENST00000407218 1174 ntTSL 5 BASIC17.39■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 CRIP1-203ENST00000409393 677 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.39■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 BASP1P1-201ENST00000430708 665 ntBASIC17.39■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 GAPDHP21-201ENST00000450301 1010 ntBASIC17.39■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 TSPAN32-207ENST00000451520 1236 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.39■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 CCDC159-201ENST00000458408 1062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.39■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 PRKAG2-AS1-202ENST00000467458 1064 ntTSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 AC095060.1-201ENST00000502455 549 ntTSL 4 BASIC17.39■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 EEF1E1-205ENST00000507463 654 ntTSL 2 BASIC17.39■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 SERBP1P5-201ENST00000510079 1181 ntBASIC17.39■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 AL512356.2-201ENST00000546955 174 ntBASIC17.39■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 EEF1AKMT3-204ENST00000551420 836 ntTSL 2 BASIC17.39■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 COX5A-203ENST00000564811 568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 ZNF667-AS1-202ENST00000586091 678 ntTSL 2 BASIC17.39■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 AL645728.2-201ENST00000641974 660 ntBASIC17.39■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 CACTIN-201ENST00000221899 2797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 RNF34-201ENST00000361234 2066 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 CYP2D6-204ENST00000389970 1714 ntTSL 5 BASIC17.39■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 AL390961.4-201ENST00000623958 2535 ntBASIC17.38■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 SKOR2-202ENST00000425639 3899 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.38■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 LONRF1-208ENST00000533751 3043 ntTSL 5 BASIC17.38■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 PSMA8-202ENST00000343848 1675 ntTSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 AC133963.1-201ENST00000504166 1679 ntBASIC17.38■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 CSAD-209ENST00000453446 1774 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 SLC7A9-204ENST00000590341 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 RAVER1-207ENST00000615032 1952 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.38■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 TSPAN4-205ENST00000397406 1426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 BHMT2-205ENST00000521567 1537 ntTSL 2 BASIC17.38■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 CNOT11-201ENST00000289382 2599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 ARPC4-201ENST00000397261 2582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 PJA1-202ENST00000374571 2672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 AC026202.2-201ENST00000439325 672 ntTSL 2 BASIC17.38■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 RPSAP31-202ENST00000445165 716 ntTSL 2 BASIC17.38■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 TMPRSS11CP-201ENST00000453277 683 ntBASIC17.38■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 AL807752.3-201ENST00000456356 748 ntTSL 2 BASIC17.38■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 RPS3A-212ENST00000514682 985 ntTSL 5 BASIC17.38■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 SFTPC-204ENST00000520605 519 ntTSL 3 BASIC17.38■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 GLI4-207ENST00000521682 1082 ntTSL 3 BASIC17.38■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 LACTB2-203ENST00000522447 1034 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.38■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 AC010619.1-201ENST00000599536 675 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.38■□□□□ 0.37
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 60.2 ms