Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 ZNF517-201ENST00000359971 2335 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.66■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 SLC38A11-202ENST00000409058 1647 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.66■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 GHRHR-205ENST00000409904 1613 ntTSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 CTTN-203ENST00000376561 2247 ntTSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 TFEB-206ENST00000403298 2162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.65■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 CRB3-203ENST00000598494 1443 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.65■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 HLA-A-204ENST00000396634 1868 ntAPPRIS P1 BASIC21.65■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 ZNF419-207ENST00000442920 1857 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.65■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 GRAP2-202ENST00000407075 1304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 DIDO1-203ENST00000370366 2383 ntTSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 PROSER2-201ENST00000277570 3333 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 LCE1B-201ENST00000360090 1139 ntAPPRIS P1 BASIC21.65■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 PIGU-202ENST00000374820 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 KRT18P13-201ENST00000400056 1290 ntBASIC21.65■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 RPS15P9-201ENST00000494093 319 ntBASIC21.65■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 SPCS2-202ENST00000526361 772 ntTSL 2 BASIC21.65■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 ZFPM1-204ENST00000563351 808 ntTSL 2 BASIC21.65■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 FAM197Y3-203ENST00000618346 717 ntBASIC21.65■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 NOTCH3-201ENST00000263388 8666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 HGFAC-201ENST00000382774 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 SHTN1-203ENST00000392901 2190 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.65■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 LTB4R2-202ENST00000528054 3092 ntBASIC21.65■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 TMPRSS9-205ENST00000613480 2568 ntTSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 AC005920.1-201ENST00000501718 2054 ntTSL 2 BASIC21.65■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 C9orf64-203ENST00000376344 2443 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 MYZAP-201ENST00000267853 2361 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 UBQLN4-201ENST00000368309 3576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 CCDC91-220ENST00000545336 2738 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 LINC00304-203ENST00000565008 1864 ntBASIC21.64■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 ADGRG2-209ENST00000379876 4779 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 PGLYRP2-202ENST00000340880 2230 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 B3GALT5-206ENST00000615480 2617 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 PLCB2-201ENST00000260402 4616 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 MAGI3-203ENST00000369615 6508 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 HMGCLL1-202ENST00000308161 1314 ntTSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.05
CHMP3Q9Y3E7 RBM7-201ENST00000375490 2064 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
CHMP3Q9Y3E7 ZADH2-201ENST00000322342 7732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
CHMP3Q9Y3E7 FBXO33-201ENST00000298097 3853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
CHMP3Q9Y3E7 DBI-201ENST00000311521 714 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
CHMP3Q9Y3E7 S100A16-204ENST00000368706 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
CHMP3Q9Y3E7 C21orf33-205ENST00000427803 1077 ntTSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.05
CHMP3Q9Y3E7 CRCP-205ENST00000431089 942 ntTSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.05
CHMP3Q9Y3E7 DYNC1LI2-202ENST00000440564 1145 ntTSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.05
CHMP3Q9Y3E7 LMX1B-203ENST00000526117 1195 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
CHMP3Q9Y3E7 AC025162.1-201ENST00000554022 565 ntTSL 4 BASIC21.64■■□□□ 1.05
CHMP3Q9Y3E7 L2HGDH-206ENST00000555610 804 ntTSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.05
CHMP3Q9Y3E7 AC116612.1-201ENST00000557144 562 ntTSL 3 BASIC21.64■■□□□ 1.05
CHMP3Q9Y3E7 CMC2-212ENST00000565650 671 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.05
CHMP3Q9Y3E7 MIR4751-201ENST00000578027 74 ntBASIC21.64■■□□□ 1.05
CHMP3Q9Y3E7 AL139327.4-201ENST00000612362 153 ntBASIC21.64■■□□□ 1.05
CHMP3Q9Y3E7 LINC01451-201ENST00000623792 534 ntBASIC21.64■■□□□ 1.05
CHMP3Q9Y3E7 AC125494.1-203ENST00000396799 1622 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
CHMP3Q9Y3E7 SYBU-224ENST00000529690 1983 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.05
CHMP3Q9Y3E7 PIGQ-203ENST00000321878 3006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
CHMP3Q9Y3E7 CDCP1-201ENST00000296129 6006 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
CHMP3Q9Y3E7 TRAF4-201ENST00000262395 2923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
CHMP3Q9Y3E7 PUF60-201ENST00000313352 1804 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
CHMP3Q9Y3E7 OPRD1-201ENST00000234961 9345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
CHMP3Q9Y3E7 PRSS35-201ENST00000369700 2440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
CHMP3Q9Y3E7 SVOPL-204ENST00000436657 1420 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
CHMP3Q9Y3E7 CPEB3-203ENST00000614585 5789 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
CHMP3Q9Y3E7 KRT85-202ENST00000544265 1387 ntTSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
CHMP3Q9Y3E7 KRT28-201ENST00000306658 1685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
CHMP3Q9Y3E7 SIGIRR-201ENST00000332725 1639 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
CHMP3Q9Y3E7 CCDC157-203ENST00000405659 3052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
CHMP3Q9Y3E7 MPP2-206ENST00000518766 1896 ntTSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
CHMP3Q9Y3E7 AP4S1-202ENST00000313566 839 ntTSL 3 BASIC21.63■■□□□ 1.05
CHMP3Q9Y3E7 DCLK1-203ENST00000379892 2101 ntTSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
CHMP3Q9Y3E7 AL591424.1-201ENST00000442569 1213 ntBASIC21.63■■□□□ 1.05
CHMP3Q9Y3E7 AC108073.2-201ENST00000464002 357 ntBASIC21.63■■□□□ 1.05
CHMP3Q9Y3E7 RNA5SP416-201ENST00000516838 111 ntBASIC21.63■■□□□ 1.05
CHMP3Q9Y3E7 BRICD5-202ENST00000562360 783 ntTSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
CHMP3Q9Y3E7 BLOC1S6-202ENST00000562384 494 ntTSL 4 BASIC21.63■■□□□ 1.05
CHMP3Q9Y3E7 AC107896.1-201ENST00000593212 548 ntTSL 4 BASIC21.63■■□□□ 1.05
CHMP3Q9Y3E7 FAM234A-203ENST00000399932 3213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
CHMP3Q9Y3E7 TADA3-201ENST00000301964 2355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
CHMP3Q9Y3E7 PLTP-202ENST00000372420 1530 ntTSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
CHMP3Q9Y3E7 NFS1-202ENST00000374085 2645 ntTSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
CHMP3Q9Y3E7 XKR4-203ENST00000622811 3907 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
CHMP3Q9Y3E7 CACNA1A-201ENST00000360228 8627 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
CHMP3Q9Y3E7 ANGPTL4-202ENST00000393962 1705 ntTSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
CHMP3Q9Y3E7 PARVG-206ENST00000444313 3523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
CHMP3Q9Y3E7 AL135999.2-201ENST00000622438 1686 ntBASIC21.63■■□□□ 1.05
CHMP3Q9Y3E7 CGB7-202ENST00000596965 1949 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
CHMP3Q9Y3E7 NRBP1-204ENST00000379863 2174 ntTSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
CHMP3Q9Y3E7 SCNN1D-201ENST00000325425 2679 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
CHMP3Q9Y3E7 SRSF2-205ENST00000508921 1390 ntTSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
CHMP3Q9Y3E7 UMOD-205ENST00000570689 2315 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
CHMP3Q9Y3E7 CFC1-202ENST00000615342 1554 ntTSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
CHMP3Q9Y3E7 EIF4A1-203ENST00000577269 1319 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
CHMP3Q9Y3E7 ADORA2A-213ENST00000610595 2736 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
CHMP3Q9Y3E7 DDX19B-207ENST00000563206 1765 ntTSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
CHMP3Q9Y3E7 BEX3-201ENST00000361298 921 ntTSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
CHMP3Q9Y3E7 TBC1D4-202ENST00000377636 6364 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
CHMP3Q9Y3E7 CMTM2-202ENST00000379486 904 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
CHMP3Q9Y3E7 MCFD2-205ENST00000409218 648 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
CHMP3Q9Y3E7 BPHL-208ENST00000434640 1186 ntTSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
CHMP3Q9Y3E7 IDH3B-206ENST00000474315 1279 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
CHMP3Q9Y3E7 TPD52L1-211ENST00000532429 1022 ntTSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
CHMP3Q9Y3E7 DHRS4-205ENST00000558263 1089 ntTSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.8 ms