Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 PLCH2-203ENST00000378486 4837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 PLCH2-204ENST00000419816 4837 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.94■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 RIC8B-203ENST00000392839 2440 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 NLRP6-203ENST00000534750 2936 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.94■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 REEP1-208ENST00000538924 1702 ntTSL 5 BASIC19.94■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 C10orf111-201ENST00000624760 1714 ntTSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 CPZ-203ENST00000382480 2538 ntTSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 LOXL3-205ENST00000409986 2005 ntTSL 2 BASIC19.94■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 GOSR2-201ENST00000225567 1245 ntTSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 TMEM150B-201ENST00000326652 943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 HIST2H3DP1-201ENST00000401004 416 ntBASIC19.94■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 DMKN-206ENST00000418261 1257 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 LINC00982-205ENST00000420957 435 ntBASIC19.94■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 TXNRD2-212ENST00000485358 850 ntTSL 2 BASIC19.94■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 TTLL12-204ENST00000494035 888 ntTSL 2 BASIC19.94■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 STK32A-AS1-201ENST00000504297 863 ntTSL 3 BASIC19.94■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 RAD52-211ENST00000536177 1139 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.94■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 BLOC1S6-214ENST00000567461 1052 ntTSL 2 BASIC19.94■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 RNF151-202ENST00000569210 853 ntTSL 2 BASIC19.94■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 AL121894.2-201ENST00000602977 491 ntBASIC19.94■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 QKI-205ENST00000392127 7911 ntTSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 CORO6-210ENST00000580212 2345 ntTSL 5 BASIC19.94■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 CDH24-201ENST00000267383 2873 ntTSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 PCSK5-201ENST00000376752 5756 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 GPAT3-202ENST00000395226 2631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 ARHGEF5-202ENST00000471847 1862 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 VPS51-201ENST00000279281 2714 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 CABP1-201ENST00000288616 1369 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 DPF2-205ENST00000528416 2799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 SMC4-201ENST00000344722 5356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 SENP2-201ENST00000296257 5717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 SPAG1-201ENST00000251809 3748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.93■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 PHF20L1-203ENST00000337920 2311 ntTSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 DNM1-216ENST00000634267 2909 ntTSL 5 BASIC19.93■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 PHGDH-208ENST00000641023 2096 ntAPPRIS P1 BASIC19.93■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 SH2D3C-205ENST00000420366 2682 ntTSL 2 BASIC19.93■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 NDFIP1-201ENST00000253814 3851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 HR-202ENST00000381418 6336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 TNXB-204ENST00000479795 2742 ntTSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 OR2C3-203ENST00000617752 2481 ntAPPRIS P1 BASIC19.93■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 PTHLH-205ENST00000535992 1891 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 B3GNT3-201ENST00000318683 2226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 NANS-201ENST00000210444 1170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 RNASEH2A-201ENST00000221486 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 NCAN-201ENST00000252575 6387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 VAMP5-201ENST00000306384 689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 AP2S1-202ENST00000352203 793 ntTSL 2 BASIC19.93■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 CMTM2-202ENST00000379486 904 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 ACP6-203ENST00000487562 1258 ntTSL 5 BASIC19.93■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 AC021739.2-201ENST00000558375 964 ntTSL 5 BASIC19.93■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 AC012615.3-201ENST00000592884 500 ntTSL 3 BASIC19.93■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 AP2S1-204ENST00000597020 707 ntTSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 AC020909.1-201ENST00000599632 1265 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.93■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 AC104692.2-201ENST00000603054 253 ntBASIC19.93■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 TIMM50-202ENST00000544017 2572 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 CHRNA4-201ENST00000370263 5577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 EIF4A1-203ENST00000577269 1319 ntTSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 FICD-204ENST00000552695 3347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 KMT5A-201ENST00000330479 3069 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 ZNF211-201ENST00000240731 2440 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC19.93■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 IL4I1-204ENST00000595948 2407 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 UBE2Q2-201ENST00000267938 3130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 GSKIP-207ENST00000556095 3834 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.93■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 SLC12A2-208ENST00000628403 3617 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.93■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 OSBPL9-222ENST00000531828 2210 ntTSL 5 BASIC19.92■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 CCNI2-201ENST00000378731 2355 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 MYCNOS-201ENST00000419083 770 ntTSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 FIGNL1-207ENST00000435566 593 ntTSL 4 BASIC19.92■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 LINC01615-202ENST00000449466 603 ntTSL 3 BASIC19.92■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 MIR22HG-204ENST00000571595 767 ntTSL 5 BASIC19.92■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 AL161669.4-201ENST00000634353 732 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.92■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 VPS51-217ENST00000639871 243 ntTSL 5 BASIC19.92■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 ADIRF-AS1-201ENST00000418273 2627 ntTSL 3 BASIC19.92■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 ESM1-201ENST00000381403 1326 ntTSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 CACNG5-202ENST00000533854 1311 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.92■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 SDR39U1-206ENST00000553930 1325 ntTSL 5 BASIC19.92■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 HNRNPDL-210ENST00000630827 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.92■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 NSMF-204ENST00000371473 3556 ntTSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 ZNF414-202ENST00000393927 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 PRDM5-203ENST00000428209 2338 ntTSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 ARHGEF28-203ENST00000426542 6118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 SELENBP1-204ENST00000426705 1928 ntTSL 2 BASIC19.92■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 AC092053.1-201ENST00000605787 1936 ntBASIC19.92■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 BTG3-202ENST00000348354 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 GRB10-208ENST00000403097 5432 ntTSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 WHAMMP3-203ENST00000621139 4494 ntTSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 GPBAR1-204ENST00000522678 2003 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.92■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 COL5A3-201ENST00000264828 6174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 UNC119-204ENST00000470125 2050 ntTSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 SMUG1-209ENST00000505128 2607 ntTSL 2 BASIC19.91■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 XXYLT1-205ENST00000437101 2149 ntTSL 2 BASIC19.91■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 RGN-202ENST00000352078 1611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 SCNN1D-206ENST00000400928 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.91■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 MIB2-201ENST00000355826 3290 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 SNX27-203ENST00000368843 7197 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 TAPBP-238ENST00000475304 1686 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.91■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 DCLK2-204ENST00000506325 2298 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.91■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 EPB41L5-203ENST00000443124 2872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 HIST1H2BN-204ENST00000612898 1723 ntAPPRIS P1 BASIC19.91■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 TTC8-202ENST00000345383 2329 ntTSL 5 BASIC19.91■□□□□ 0.78
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.3 ms