Protein–RNA interactions for Protein: Q95604

HLA-C, HLA class I histocompatibility antigen, Cw-17 alpha chain, humanhuman

Predictions only

Length 372 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HLA-CQ95604 AC073389.2-202ENST00000607450 441 ntTSL 5 BASIC17.73■□□□□ 0.43
HLA-CQ95604 AL391825.1-201ENST00000457671 1364 ntBASIC17.73■□□□□ 0.43
HLA-CQ95604 PDLIM1-201ENST00000329399 1452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
HLA-CQ95604 NFKBIA-201ENST00000216797 1558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
HLA-CQ95604 SLC4A4-201ENST00000264485 5852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
HLA-CQ95604 FGFR2-211ENST00000369059 3003 ntTSL 5 BASIC17.73■□□□□ 0.43
HLA-CQ95604 THOP1-205ENST00000586677 1872 ntTSL 2 BASIC17.73■□□□□ 0.43
HLA-CQ95604 MIS18BP1-212ENST00000627697 1950 ntTSL 5 BASIC17.73■□□□□ 0.43
HLA-CQ95604 HCCS-201ENST00000321143 2277 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.73■□□□□ 0.43
HLA-CQ95604 PTGER2-201ENST00000245457 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
HLA-CQ95604 HOXB9-201ENST00000311177 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
HLA-CQ95604 FBXL19-207ENST00000565690 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.73■□□□□ 0.43
HLA-CQ95604 SNRPN-201ENST00000346403 1304 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
HLA-CQ95604 AC087499.5-201ENST00000452760 1342 ntBASIC17.72■□□□□ 0.43
HLA-CQ95604 RAD51C-215ENST00000583539 1319 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.72■□□□□ 0.43
HLA-CQ95604 TRAPPC3-210ENST00000617904 1305 ntTSL 2 BASIC17.72■□□□□ 0.43
HLA-CQ95604 IDH3G-212ENST00000619865 1339 ntTSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
HLA-CQ95604 DTD2-202ENST00000356180 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
HLA-CQ95604 CYB561D2-202ENST00000418577 1533 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.72■□□□□ 0.43
HLA-CQ95604 HPCAL1-206ENST00000613496 1547 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.72■□□□□ 0.43
HLA-CQ95604 GYG1-214ENST00000627418 1831 ntTSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
HLA-CQ95604 CORO1B-202ENST00000393893 1931 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
HLA-CQ95604 ZNF394-203ENST00000426306 2017 ntTSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
HLA-CQ95604 PKMYT1-203ENST00000431515 2308 ntTSL 2 BASIC17.72■□□□□ 0.43
HLA-CQ95604 PMS1-222ENST00000639501 2506 ntTSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
HLA-CQ95604 KLF14-201ENST00000583337 2827 ntAPPRIS P1 BASIC17.72■□□□□ 0.43
HLA-CQ95604 CMTM4-201ENST00000330687 3414 ntTSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
HLA-CQ95604 SLC17A7-201ENST00000221485 2973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
HLA-CQ95604 SCLY-201ENST00000254663 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
HLA-CQ95604 AL096828.2-201ENST00000567259 1965 ntBASIC17.72■□□□□ 0.43
HLA-CQ95604 FDXR-217ENST00000582944 1766 ntTSL 2 BASIC17.72■□□□□ 0.43
HLA-CQ95604 SDC2-202ENST00000518385 1583 ntTSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
HLA-CQ95604 UBAP1L-201ENST00000502113 1381 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
HLA-CQ95604 IDH3B-202ENST00000380851 1230 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
HLA-CQ95604 SNHG17-203ENST00000417578 880 ntTSL 2 BASIC17.72■□□□□ 0.43
HLA-CQ95604 DNAJB6-209ENST00000443280 1159 ntTSL 2 BASIC17.72■□□□□ 0.43
HLA-CQ95604 AC105339.1-202ENST00000559535 1283 ntTSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
HLA-CQ95604 RNA5-8SN1-201ENST00000610460 153 ntBASIC17.72■□□□□ 0.43
HLA-CQ95604 RNA5-8SN5-202ENST00000612463 153 ntBASIC17.72■□□□□ 0.43
HLA-CQ95604 RNA5-8SN4-201ENST00000613359 153 ntBASIC17.72■□□□□ 0.43
HLA-CQ95604 RNA5-8SN5-201ENST00000619471 153 ntBASIC17.72■□□□□ 0.43
HLA-CQ95604 AC254562.3-201ENST00000626627 631 ntTSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
HLA-CQ95604 SFT2D2-204ENST00000630869 1073 ntTSL 4 BASIC17.72■□□□□ 0.43
HLA-CQ95604 AC104581.1-203ENST00000640240 353 ntTSL 2 BASIC17.72■□□□□ 0.43
HLA-CQ95604 SUDS3-204ENST00000543473 4897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
HLA-CQ95604 SPNS1-204ENST00000352260 1948 ntTSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
HLA-CQ95604 PPFIA1-202ENST00000389547 4133 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
HLA-CQ95604 TMEM106C-203ENST00000449758 1414 ntTSL 2 BASIC17.72■□□□□ 0.43
HLA-CQ95604 ARFGAP1-220ENST00000547204 1327 ntTSL 2 BASIC17.72■□□□□ 0.43
HLA-CQ95604 PRSS53-201ENST00000280606 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
HLA-CQ95604 ZNRF1-202ENST00000335325 4620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
HLA-CQ95604 TMPRSS5-205ENST00000538955 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
HLA-CQ95604 CLK3-202ENST00000395066 2621 ntTSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
HLA-CQ95604 FAM76B-204ENST00000536839 2546 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.71■□□□□ 0.43
HLA-CQ95604 NRXN1-226ENST00000626899 2543 ntTSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.43
HLA-CQ95604 WDR53-201ENST00000332629 1679 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
HLA-CQ95604 GTF2H4-202ENST00000376316 1673 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.71■□□□□ 0.43
HLA-CQ95604 ZNF579-201ENST00000325421 2899 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.43
HLA-CQ95604 RIN1-205ENST00000530056 2122 ntTSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.43
HLA-CQ95604 APBB1-215ENST00000608394 2128 ntTSL 5 BASIC17.71■□□□□ 0.43
HLA-CQ95604 APBB1-222ENST00000610474 2147 ntTSL 5 BASIC17.71■□□□□ 0.43
HLA-CQ95604 GFI1-203ENST00000427103 2693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
HLA-CQ95604 LINC01205-202ENST00000497996 1493 ntTSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.43
HLA-CQ95604 ORMDL1-203ENST00000392350 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
HLA-CQ95604 PRRT2-216ENST00000637403 2033 ntTSL 5 BASIC17.71■□□□□ 0.43
HLA-CQ95604 TDH-201ENST00000525246 1357 ntTSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
HLA-CQ95604 SNAPC3-207ENST00000610884 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
HLA-CQ95604 MAFG-201ENST00000357736 5040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
HLA-CQ95604 DNAJB11-202ENST00000439351 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
HLA-CQ95604 POLR1C-201ENST00000304004 1280 ntTSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
HLA-CQ95604 LCN15-201ENST00000316144 762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
HLA-CQ95604 HOPX-203ENST00000381255 1164 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.43
HLA-CQ95604 RETN-202ENST00000381324 249 ntTSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
HLA-CQ95604 AMACR-202ENST00000382068 862 ntTSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
HLA-CQ95604 DGCR6-202ENST00000413981 1039 ntTSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
HLA-CQ95604 LINC00398-201ENST00000414407 906 ntTSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.43
HLA-CQ95604 RPL28-204ENST00000431533 590 ntTSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.43
HLA-CQ95604 ZNF589-204ENST00000440261 917 ntTSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.43
HLA-CQ95604 CD28-203ENST00000458610 705 ntTSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
HLA-CQ95604 AC009908.1-201ENST00000523030 412 ntTSL 3 BASIC17.71■□□□□ 0.43
HLA-CQ95604 PACS1-203ENST00000524815 628 ntTSL 4 BASIC17.71■□□□□ 0.43
HLA-CQ95604 CD63-208ENST00000549117 1233 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.71■□□□□ 0.43
HLA-CQ95604 HOPX-210ENST00000553379 1001 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.43
HLA-CQ95604 HOPX-212ENST00000555760 1139 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.71■□□□□ 0.43
HLA-CQ95604 HOPX-213ENST00000556376 1064 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.71■□□□□ 0.43
HLA-CQ95604 RPL28-206ENST00000558752 671 ntTSL 3 BASIC17.71■□□□□ 0.43
HLA-CQ95604 AC020978.5-201ENST00000564147 533 ntTSL 4 BASIC17.71■□□□□ 0.43
HLA-CQ95604 ELOF1-206ENST00000590700 585 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.71■□□□□ 0.43
HLA-CQ95604 PGPEP1-209ENST00000604499 769 ntTSL 5 BASIC17.71■□□□□ 0.43
HLA-CQ95604 MALAT1-211ENST00000617791 394 ntTSL 5 BASIC17.71■□□□□ 0.43
HLA-CQ95604 AL033527.4-201ENST00000641026 673 ntBASIC17.71■□□□□ 0.43
HLA-CQ95604 LRFN4-201ENST00000309602 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
HLA-CQ95604 ISCA1-203ENST00000375991 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
HLA-CQ95604 TMEM143-202ENST00000377431 1960 ntTSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
HLA-CQ95604 PML-211ENST00000564428 1985 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
HLA-CQ95604 PSMA1-209ENST00000530457 1527 ntTSL 5 BASIC17.71■□□□□ 0.43
HLA-CQ95604 HFE2-205ENST00000497365 1419 ntTSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
HLA-CQ95604 BCL7A-203ENST00000538010 6247 ntTSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
HLA-CQ95604 AC105202.1-204ENST00000502167 1781 ntTSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
HLA-CQ95604 FAM217A-201ENST00000274673 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.8 ms