Protein–RNA interactions for Protein: Q70EL1

USP54, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 54, humanhuman

Predictions only

Length 1,684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP54Q70EL1 FNDC11-204ENST00000615526 2954 ntAPPRIS P1 BASIC22.78■■□□□ 1.24
USP54Q70EL1 RPS5-202ENST00000596046 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
USP54Q70EL1 OGG1-206ENST00000349503 1950 ntTSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
USP54Q70EL1 DUS3L-201ENST00000309061 2113 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
USP54Q70EL1 PENK-201ENST00000314922 1199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
USP54Q70EL1 FOLR3-201ENST00000442948 805 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
USP54Q70EL1 C2orf88-205ENST00000443551 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
USP54Q70EL1 AHSA2-208ENST00000489653 1197 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
USP54Q70EL1 FBXO4-206ENST00000509134 1284 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
USP54Q70EL1 NDUFAF2-203ENST00000511107 586 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
USP54Q70EL1 AC008677.1-201ENST00000519230 1561 ntBASIC22.77■■□□□ 1.24
USP54Q70EL1 VAV1-201ENST00000304076 2825 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
USP54Q70EL1 SELENBP1-204ENST00000426705 1928 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
USP54Q70EL1 GTF3C5-202ENST00000372097 2406 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
USP54Q70EL1 HOTAIR-201ENST00000424518 2421 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
USP54Q70EL1 GCDH-201ENST00000222214 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
USP54Q70EL1 KCTD18-201ENST00000359878 2940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
USP54Q70EL1 AP003071.5-201ENST00000641568 2695 ntAPPRIS P1 BASIC22.77■■□□□ 1.24
USP54Q70EL1 AC073957.2-201ENST00000549241 1562 ntTSL 4 BASIC22.77■■□□□ 1.24
USP54Q70EL1 AC004951.4-201ENST00000454572 2076 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
USP54Q70EL1 CLEC10A-201ENST00000254868 1797 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
USP54Q70EL1 PNKD-201ENST00000248451 758 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
USP54Q70EL1 AC069120.2-201ENST00000524091 540 ntBASIC22.77■■□□□ 1.24
USP54Q70EL1 TXNRD3-203ENST00000524230 2950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
USP54Q70EL1 NR2C2AP-204ENST00000538165 891 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
USP54Q70EL1 CYP2A7P1-201ENST00000595391 815 ntBASIC22.77■■□□□ 1.24
USP54Q70EL1 AC073389.1-201ENST00000595595 795 ntBASIC22.77■■□□□ 1.24
USP54Q70EL1 DPEP1-203ENST00000421184 1647 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
USP54Q70EL1 BAALC-203ENST00000309982 2831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
USP54Q70EL1 ETV3L-201ENST00000454449 1976 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
USP54Q70EL1 NOX4-215ENST00000534731 2156 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
USP54Q70EL1 SPATA20-226ENST00000619622 2769 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 FBXO4-202ENST00000296812 1731 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 AC093525.9-201ENST00000624961 1746 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 DMKN-201ENST00000339686 1927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 MARVELD3-204ENST00000565261 1351 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 THTPA-203ENST00000554789 1595 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 RBBP7-203ENST00000380087 2333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 RBPJ-204ENST00000348160 1752 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 PPAN-P2RY11-201ENST00000393796 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 LYPLAL1-201ENST00000366927 1819 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 TNNC2-201ENST00000372555 710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 TNNT3-204ENST00000381558 1258 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 SPDYE7P-202ENST00000420373 878 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 AC055876.3-201ENST00000431496 288 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 AC124947.2-201ENST00000547118 1133 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 AC087386.1-201ENST00000553658 572 ntTSL 4 BASIC22.76■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 NDUFA4L2-202ENST00000554503 1177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 CERNA1-201ENST00000559779 908 ntTSL 3 BASIC22.76■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 AC138649.4-201ENST00000612222 287 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 AC090286.1-201ENST00000354432 1489 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 SLC22A18AS-203ENST00000625099 1659 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 WBP2-219ENST00000626827 1867 ntTSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 NF1-211ENST00000487476 2265 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 CMTM3-214ENST00000567572 1934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 DUS3L-202ENST00000320699 1355 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 ZFP64-205ENST00000371518 1841 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 SENP6-201ENST00000327284 2700 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 KRT8P49-201ENST00000604166 1432 ntBASIC22.75■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 GORASP1-206ENST00000422110 2523 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 MRPL16-201ENST00000300151 1182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 CSNK1G2-AS1-201ENST00000314315 1252 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 CRYGN-201ENST00000337323 754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 CACNB2-206ENST00000377328 1233 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 AP1S3-202ENST00000396653 589 ntTSL 4 BASIC22.75■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 CENPM-205ENST00000404067 905 ntTSL 3 BASIC22.75■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 SS18L2-202ENST00000447630 1047 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 TMEM176B-205ENST00000450753 1006 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 CCDC159-201ENST00000458408 1062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 AC105233.2-201ENST00000523697 349 ntBASIC22.75■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 AF228730.5-201ENST00000530288 346 ntBASIC22.75■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 AL162231.3-201ENST00000556278 902 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 AC015712.4-202ENST00000558641 1007 ntTSL 4 BASIC22.75■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 COX5A-203ENST00000564811 568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 KRT16P2-202ENST00000579062 563 ntTSL 4 BASIC22.75■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 AL390754.1-201ENST00000619088 582 ntBASIC22.75■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 UMOD-201ENST00000302509 2477 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 IGLL5-203ENST00000532223 1335 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 DIDO1-203ENST00000370366 2383 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 CLEC17A-202ENST00000417570 1399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 SCLT1-205ENST00000503401 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.75■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 DNM1-211ENST00000627061 2724 ntTSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 TWF1-201ENST00000395510 3045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 FHL2-201ENST00000322142 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 KLK3-201ENST00000326003 1463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 COPE-202ENST00000349893 948 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 UGP2-202ENST00000394417 2136 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 AC002472.2-201ENST00000442739 958 ntBASIC22.74■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 AC027307.2-201ENST00000591252 911 ntBASIC22.74■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 KCNK7-203ENST00000394216 1563 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 EXD3-203ENST00000465160 1585 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 TPR-209ENST00000613151 2478 ntTSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 ARFGAP1-220ENST00000547204 1327 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 BSG-202ENST00000346916 1605 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 BSG-203ENST00000353555 1616 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 C14orf93-205ENST00000397379 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 CPSF6-203ENST00000456847 1915 ntTSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 COMP-202ENST00000425807 2292 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 IRF5-215ENST00000619830 1652 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 FO538757.1-201ENST00000623083 1397 ntBASIC22.74■■□□□ 1.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.6 ms