Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 POM121C-208ENST00000615331 5835 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 SHC3-202ENST00000375835 9768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 CMIP-209ENST00000566513 2288 ntTSL 5 BASIC21.69■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 HNF1A-202ENST00000400024 2337 ntTSL 2 BASIC21.69■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 SLC35G6-201ENST00000412468 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 RABL6-201ENST00000311502 3091 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 BIN1-208ENST00000376113 1832 ntTSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 ANKRD13B-209ENST00000614878 2670 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.69■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 PTP4A3-202ENST00000349124 2710 ntTSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 SYNGR2-206ENST00000589711 2041 ntTSL 5 BASIC21.69■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 HNRNPUL1-203ENST00000378215 2864 ntTSL 2 BASIC21.69■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 BAIAP2L2-201ENST00000332536 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.69■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 ADRA1A-205ENST00000380582 2089 ntTSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 SDHA-204ENST00000504309 2067 ntTSL 5 BASIC21.69■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 IGKV4-1-201ENST00000390243 538 ntAPPRIS P1 BASIC21.69■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 MOGAT1-201ENST00000446656 1048 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.69■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 AC092865.5-201ENST00000545435 363 ntBASIC21.69■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 ETFA-208ENST00000559602 792 ntTSL 3 BASIC21.69■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 AL590235.2-202ENST00000602543 594 ntTSL 5 BASIC21.69■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 AL139424.1-201ENST00000607572 797 ntBASIC21.69■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 PGM5P2-202ENST00000637225 1043 ntBASIC21.69■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 PHRF1-202ENST00000413872 5224 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 PCDHB18P-201ENST00000524813 2368 ntBASIC21.69■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 ZNF280D-205ENST00000559000 4726 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.69■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 CDHR1-201ENST00000332904 2694 ntTSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 APOLD1-202ENST00000356591 4646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 ADGRG2-208ENST00000379873 4698 ntTSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 GINM1-201ENST00000367419 2024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 RAI2-203ENST00000415486 2037 ntTSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 ZNF385A-202ENST00000352268 2076 ntTSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 PCDHA7-202ENST00000525929 5221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 UBE2D2-202ENST00000398733 2702 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 TRIM8-201ENST00000302424 2831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 HSPB1-201ENST00000248553 909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 ITM2B-201ENST00000378549 805 ntTSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 NFKBIB-202ENST00000392079 991 ntTSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 LBH-204ENST00000406087 559 ntTSL 4 BASIC21.68■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 LINC00982-205ENST00000420957 435 ntBASIC21.68■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 SLC4A1APP2-201ENST00000424054 1259 ntBASIC21.68■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 RPP21-221ENST00000428040 594 ntTSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 MIR503HG-203ENST00000441492 649 ntTSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 RPP21-224ENST00000442966 525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 SMIM27-204ENST00000453396 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.68■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 ARTN-206ENST00000472435 402 ntTSL 3 BASIC21.68■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 HS6ST1P1-201ENST00000481504 1234 ntBASIC21.68■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 LDLRAD2-203ENST00000543870 1180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 ZPBP2-204ENST00000584588 1277 ntTSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 PIK3R2-201ENST00000222254 4033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 AC083864.1-201ENST00000381493 1497 ntTSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 FBXW11-202ENST00000296933 4539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 P2RY6-204ENST00000393592 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 AC006116.8-202ENST00000587620 1550 ntBASIC21.68■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 AP5B1-201ENST00000532090 4811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 TNFRSF14-AS1-205ENST00000449660 1629 ntTSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 AC046185.3-201ENST00000623228 1824 ntBASIC21.68■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 CXXC5-211ENST00000511048 1892 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 APOA5-203ENST00000542499 1929 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 CGRRF1-201ENST00000216420 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 WNT5B-201ENST00000310594 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 RIMS4-201ENST00000372851 5203 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 ZYG11A-203ENST00000612017 3682 ntTSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 PRSS36-201ENST00000268281 2840 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 NPBWR1-201ENST00000331251 2687 ntAPPRIS P1 BASIC21.67■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 PLK3-201ENST00000372201 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 NRBP1-203ENST00000379852 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 AL355312.1-201ENST00000407115 2176 ntBASIC21.67■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 C1orf159-205ENST00000421241 1841 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 ACP2-206ENST00000529444 1719 ntTSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 ANAPC13-206ENST00000514612 1420 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 CACNA1B-205ENST00000371363 9758 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 CAPG-203ENST00000409670 1183 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 AP000355.1-201ENST00000432032 480 ntTSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 KRT18P3-201ENST00000451602 1288 ntBASIC21.67■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 AC116021.1-201ENST00000530049 653 ntTSL 3 BASIC21.67■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 TUBA1A-203ENST00000546918 984 ntTSL 3 BASIC21.67■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 SMAD4-201ENST00000342988 8769 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 ADGRB2-202ENST00000373658 5414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 SMPD1-201ENST00000342245 2452 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 TRABD-201ENST00000303434 2329 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 DUS3L-201ENST00000309061 2113 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 BECN1-201ENST00000361523 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 SENP5-201ENST00000323460 6308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 FCGRT-201ENST00000221466 1798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 NUDT9-201ENST00000302174 1701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 VIPR1-201ENST00000325123 2773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 HYAL3-202ENST00000359051 1635 ntTSL 5 BASIC21.66■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 ACOXL-205ENST00000439055 2373 ntTSL 2 BASIC21.66■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 CYBA-210ENST00000569359 1415 ntTSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 PPM1G-201ENST00000344034 2311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 GOSR1-201ENST00000225724 6039 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 DHRS7-212ENST00000611054 1321 ntTSL 5 BASIC21.66■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 HSP90B1-210ENST00000614327 1338 ntTSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 AFG3L1P-210ENST00000431757 569 ntTSL 4 BASIC21.66■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 ZNF710-201ENST00000268154 4617 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.66■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 NIPAL2-201ENST00000341166 4581 ntTSL 2 BASIC21.66■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 WIPI2-201ENST00000288828 4476 ntTSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 MXRA8-209ENST00000477278 2728 ntTSL 5 BASIC21.66■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 LRRC32-202ENST00000404995 2656 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.66■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 IGSF9-206ENST00000611023 2663 ntTSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 NRXN1-209ENST00000405581 5078 ntTSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.5 ms