Protein–RNA interactions for Protein: Q9UK41

VPS28, Vacuolar protein sorting-associated protein 28 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 221 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS28Q9UK41 TADA1-201ENST00000367874 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 PDE3B-201ENST00000282096 6076 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 CYP2D6-203ENST00000360608 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 MIOX-202ENST00000395732 1658 ntTSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 PGRMC1-202ENST00000535419 1762 ntTSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 MYZAP-201ENST00000267853 2361 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 SH2D3C-213ENST00000629203 2478 ntTSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 LINC00304-203ENST00000565008 1864 ntBASIC17.87■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 FAM99B-201ENST00000382166 1067 ntTSL 5 BASIC17.87■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 RPL13P5-203ENST00000421824 845 ntTSL 3 BASIC17.87■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 AL391650.1-205ENST00000433939 579 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.87■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 AC016999.1-201ENST00000447880 452 ntTSL 3 BASIC17.87■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 HFE-210ENST00000470149 1123 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 NDUFB2-209ENST00000472695 503 ntTSL 5 BASIC17.87■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 RNA5SP419-201ENST00000515908 135 ntBASIC17.87■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 ORAOV1-210ENST00000539414 817 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 SPINT1-AS1-203ENST00000565315 629 ntTSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 YPEL3-209ENST00000566595 796 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 ABHD17A-204ENST00000590661 1079 ntTSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 ANO2-212ENST00000612575 1087 ntTSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 APOA5-203ENST00000542499 1929 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.87■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 NEURL1B-201ENST00000369800 6424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 TCTN1-229ENST00000614115 1965 ntTSL 5 BASIC17.87■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 ISCU-205ENST00000535729 1330 ntTSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 HNRNPDL-210ENST00000630827 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.87■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 INPP4A-205ENST00000409851 3365 ntTSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 GULP1-206ENST00000409830 1376 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 ESYT2-206ENST00000613624 2766 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 SATB2-203ENST00000428695 2135 ntTSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 BAGE2-202ENST00000474011 1482 ntTSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 ATG3-201ENST00000283290 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 RGS14-201ENST00000408923 2415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 PCDHA7-202ENST00000525929 5221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 SMAD4-201ENST00000342988 8769 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 ZNF274-202ENST00000345813 2678 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 WIPI2-201ENST00000288828 4476 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 CAMK2G-205ENST00000372765 1822 ntTSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 NAT6-205ENST00000443842 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 CGB7-202ENST00000596965 1949 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 DUS3L-201ENST00000309061 2113 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 TRAF3IP1-201ENST00000373327 4279 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 CTTN-203ENST00000376561 2247 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 SPATC1L-201ENST00000291672 2303 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 IPMK-201ENST00000373935 6133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 GHDC-202ENST00000414034 2496 ntTSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 LGALS1-201ENST00000215909 560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 TFF3-201ENST00000291525 407 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 DPM3-201ENST00000341298 486 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 ART5-201ENST00000359918 1241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 ODF3B-202ENST00000401779 869 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 ODF3B-203ENST00000403326 643 ntTSL 3 BASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 VPS13A-AS1-201ENST00000415172 519 ntTSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 ODF3B-205ENST00000428989 762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 PRYP5-201ENST00000451909 266 ntBASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 ZBP1-208ENST00000541799 1041 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 AL589182.1-202ENST00000548416 533 ntTSL 4 BASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 PRKN-208ENST00000610470 531 ntTSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 PRKN-209ENST00000612485 225 ntTSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 GPX4-212ENST00000616066 924 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 NXNL2-205ENST00000618633 739 ntTSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 TCEA1-201ENST00000396401 2718 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 GLIS1-201ENST00000312233 2812 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 DPF3-204ENST00000546183 1514 ntTSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 STK25-201ENST00000316586 4619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 ARHGEF28-212ENST00000513042 6273 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 SLC35G6-201ENST00000412468 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 ACP2-206ENST00000529444 1719 ntTSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 SPATS2L-218ENST00000451764 2250 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 SLC39A1-211ENST00000621013 2322 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 RETREG1-201ENST00000306320 3268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 CASKIN2-201ENST00000321617 5015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 TPST2-201ENST00000338754 5697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 PRSS36-201ENST00000268281 2840 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 PRCC-201ENST00000271526 2105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 TSPAN17-201ENST00000298564 2810 ntTSL 2 BASIC17.85■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 OPN1LW-201ENST00000369951 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 LAGE3P1-201ENST00000425356 484 ntBASIC17.85■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 ACOXL-205ENST00000439055 2373 ntTSL 2 BASIC17.85■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 AC078883.2-201ENST00000441212 558 ntTSL 3 BASIC17.85■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 AC007834.1-201ENST00000446473 728 ntTSL 3 BASIC17.85■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 CTSB-204ENST00000453527 2011 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.85■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 HLA-J-201ENST00000462773 1622 ntBASIC17.85■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 IRF5-210ENST00000477535 1374 ntTSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 S100A2-206ENST00000497140 697 ntTSL 2 BASIC17.85■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 AC099805.1-202ENST00000519927 1057 ntTSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 AP000688.1-201ENST00000535199 1221 ntTSL 2 BASIC17.85■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 TRMT112-203ENST00000535750 823 ntTSL 2 BASIC17.85■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 TMEM220-203ENST00000578345 559 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.85■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 CYB561-217ENST00000582997 877 ntTSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 WDR88-203ENST00000592765 651 ntTSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 AL049840.3-201ENST00000602669 611 ntBASIC17.85■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 MIR7706-201ENST00000613747 67 ntBASIC17.85■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 AC243547.2-201ENST00000616257 234 ntTSL 3 BASIC17.85■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 JMJD4-207ENST00000620518 2432 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 AMT-250ENST00000637682 1823 ntTSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 AC107918.4-202ENST00000641623 219 ntBASIC17.85■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 ZNF865-201ENST00000568956 4005 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.85■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 ARHGAP22-205ENST00000417912 2352 ntTSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 DIABLO-206ENST00000443649 2250 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 NOTCH3-201ENST00000263388 8666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28 ms