Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEF3

CCDC112, Coiled-coil domain-containing protein 112, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC112Q8NEF3 BANP-201ENST00000286122 2368 ntTSL 5 BASIC19.2■□□□□ 0.66
CCDC112Q8NEF3 L3HYPDH-201ENST00000247194 1527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
CCDC112Q8NEF3 LINC00634-201ENST00000381348 1510 ntTSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
CCDC112Q8NEF3 PLPP4-202ENST00000398250 1521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
CCDC112Q8NEF3 NCAPH2-203ENST00000395701 2077 ntTSL 2 BASIC19.2■□□□□ 0.66
CCDC112Q8NEF3 ASB10-202ENST00000377867 1738 ntTSL 2 BASIC19.2■□□□□ 0.66
CCDC112Q8NEF3 LINC02012-201ENST00000608206 1725 ntBASIC19.2■□□□□ 0.66
CCDC112Q8NEF3 B4GALT4-216ENST00000483209 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
CCDC112Q8NEF3 ZNF84-208ENST00000539354 3237 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
CCDC112Q8NEF3 NBL1-213ENST00000622566 2109 ntAPPRIS P3 TSL 4 BASIC19.19■□□□□ 0.66
CCDC112Q8NEF3 PIGX-202ENST00000392391 3057 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
CCDC112Q8NEF3 SELENBP1-201ENST00000368868 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
CCDC112Q8NEF3 ARHGEF4-206ENST00000428230 2172 ntTSL 5 BASIC19.19■□□□□ 0.66
CCDC112Q8NEF3 CCDC115-201ENST00000259229 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
CCDC112Q8NEF3 ASB10-201ENST00000275838 1820 ntTSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
CCDC112Q8NEF3 NAA30-204ENST00000556492 7644 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
CCDC112Q8NEF3 MYB-201ENST00000316528 3571 ntTSL 5 BASIC19.19■□□□□ 0.66
CCDC112Q8NEF3 MYB-241ENST00000616088 3573 ntTSL 5 BASIC19.19■□□□□ 0.66
CCDC112Q8NEF3 AP1S2-201ENST00000329235 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
CCDC112Q8NEF3 PLCB1-201ENST00000338037 7092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
CCDC112Q8NEF3 WDR74-201ENST00000278856 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
CCDC112Q8NEF3 AC115618.1-201ENST00000376775 549 ntTSL 3 BASIC19.19■□□□□ 0.66
CCDC112Q8NEF3 GOSR2-202ENST00000393456 788 ntTSL 3 BASIC19.19■□□□□ 0.66
CCDC112Q8NEF3 SMIM19-201ENST00000414154 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
CCDC112Q8NEF3 AC211429.1-201ENST00000415277 523 ntBASIC19.19■□□□□ 0.66
CCDC112Q8NEF3 AF131216.3-201ENST00000525867 1099 ntTSL 2 BASIC19.19■□□□□ 0.66
CCDC112Q8NEF3 AP005242.2-201ENST00000580065 1175 ntBASIC19.19■□□□□ 0.66
CCDC112Q8NEF3 ASF1B-205ENST00000592798 769 ntTSL 2 BASIC19.19■□□□□ 0.66
CCDC112Q8NEF3 ETFA-203ENST00000557943 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
CCDC112Q8NEF3 ADAM15-228ENST00000531455 2678 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.19■□□□□ 0.66
CCDC112Q8NEF3 TRIM7-203ENST00000393315 2851 ntTSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
CCDC112Q8NEF3 RNF7-201ENST00000273480 2763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
CCDC112Q8NEF3 EWSR1-203ENST00000332050 2552 ntTSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
CCDC112Q8NEF3 PLEKHB1-202ENST00000354190 2380 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
CCDC112Q8NEF3 WDR13-202ENST00000376729 5469 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.19■□□□□ 0.66
CCDC112Q8NEF3 LINC00937-205ENST00000538304 2157 ntTSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
CCDC112Q8NEF3 SPATA20-202ENST00000356488 2634 ntTSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
CCDC112Q8NEF3 SHTN1-202ENST00000355371 5361 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.19■□□□□ 0.66
CCDC112Q8NEF3 SLC25A3-211ENST00000548847 1369 ntTSL 5 BASIC19.19■□□□□ 0.66
CCDC112Q8NEF3 KRT8P47-201ENST00000604727 1398 ntBASIC19.19■□□□□ 0.66
CCDC112Q8NEF3 HDHD2-201ENST00000300605 2212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
CCDC112Q8NEF3 SHISA6-203ENST00000432116 7518 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
CCDC112Q8NEF3 NDRG2-204ENST00000360463 2047 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
CCDC112Q8NEF3 EIF4G1-204ENST00000352767 5484 ntTSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
CCDC112Q8NEF3 DUOX1-202ENST00000389037 5483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
CCDC112Q8NEF3 HSPA8-224ENST00000534624 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
CCDC112Q8NEF3 DPY19L3-206ENST00000587077 2456 ntTSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
CCDC112Q8NEF3 BRD3-201ENST00000303407 5652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
CCDC112Q8NEF3 SLC35G6-201ENST00000412468 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
CCDC112Q8NEF3 SPATS2L-202ENST00000360760 2119 ntTSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
CCDC112Q8NEF3 ADRA2A-201ENST00000280155 3745 ntAPPRIS P1 BASIC19.18■□□□□ 0.66
CCDC112Q8NEF3 TRIM7-201ENST00000274773 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
CCDC112Q8NEF3 VPS13B-201ENST00000355155 2822 ntTSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
CCDC112Q8NEF3 CYP11A1-201ENST00000268053 1934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
CCDC112Q8NEF3 HSF2-202ENST00000452194 2643 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
CCDC112Q8NEF3 ZNF385A-203ENST00000394313 2430 ntTSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
CCDC112Q8NEF3 UBB-203ENST00000395839 1012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.18■□□□□ 0.66
CCDC112Q8NEF3 HYAL3-203ENST00000415204 959 ntTSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
CCDC112Q8NEF3 LINC01063-201ENST00000441644 348 ntTSL 3 BASIC19.18■□□□□ 0.66
CCDC112Q8NEF3 DBNL-214ENST00000456905 1241 ntTSL 2 BASIC19.18■□□□□ 0.66
CCDC112Q8NEF3 KRT8P12-201ENST00000468527 998 ntTSL 2 BASIC19.18■□□□□ 0.66
CCDC112Q8NEF3 AC113404.2-201ENST00000507884 177 ntBASIC19.18■□□□□ 0.66
CCDC112Q8NEF3 ENDOV-202ENST00000517295 908 ntTSL 3 BASIC19.18■□□□□ 0.66
CCDC112Q8NEF3 TMEM9B-AS1-201ENST00000525484 1053 ntTSL 5 BASIC19.18■□□□□ 0.66
CCDC112Q8NEF3 TGIF1-222ENST00000577543 729 ntTSL 3 BASIC19.18■□□□□ 0.66
CCDC112Q8NEF3 AL513523.10-201ENST00000623024 1186 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.18■□□□□ 0.66
CCDC112Q8NEF3 TOP1MT-218ENST00000523676 1982 ntTSL 5 BASIC19.18■□□□□ 0.66
CCDC112Q8NEF3 ARVCF-204ENST00000406522 2682 ntTSL 5 BASIC19.18■□□□□ 0.66
CCDC112Q8NEF3 BX276092.7-203ENST00000637198 1536 ntBASIC19.18■□□□□ 0.66
CCDC112Q8NEF3 TRPV4-207ENST00000541794 2475 ntTSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
CCDC112Q8NEF3 EHD2-202ENST00000538399 1766 ntTSL 2 BASIC19.18■□□□□ 0.66
CCDC112Q8NEF3 SOWAHB-201ENST00000334306 3220 ntAPPRIS P1 BASIC19.18■□□□□ 0.66
CCDC112Q8NEF3 DCST1-201ENST00000295542 2279 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.18■□□□□ 0.66
CCDC112Q8NEF3 SEMA5B-211ENST00000616742 4933 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.18■□□□□ 0.66
CCDC112Q8NEF3 TXNL1-211ENST00000590954 1339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.18■□□□□ 0.66
CCDC112Q8NEF3 AC027312.1-201ENST00000523591 1571 ntTSL 5 BASIC19.18■□□□□ 0.66
CCDC112Q8NEF3 CRY1-201ENST00000008527 3267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
CCDC112Q8NEF3 LTV1-201ENST00000367576 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
CCDC112Q8NEF3 AC046185.3-201ENST00000623228 1824 ntBASIC19.18■□□□□ 0.66
CCDC112Q8NEF3 ANKS6-202ENST00000375019 2586 ntTSL 5 BASIC19.18■□□□□ 0.66
CCDC112Q8NEF3 DIMT1-201ENST00000199320 2859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
CCDC112Q8NEF3 LUC7L2-202ENST00000354926 2645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
CCDC112Q8NEF3 ESR2-205ENST00000358599 1899 ntTSL 2 BASIC19.18■□□□□ 0.66
CCDC112Q8NEF3 TUBGCP2-202ENST00000368562 2685 ntTSL 2 BASIC19.18■□□□□ 0.66
CCDC112Q8NEF3 VPS54-201ENST00000272322 3463 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.17■□□□□ 0.66
CCDC112Q8NEF3 FRMD5-202ENST00000417257 5011 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
CCDC112Q8NEF3 LTBR-207ENST00000539925 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.17■□□□□ 0.66
CCDC112Q8NEF3 SYBU-224ENST00000529690 1983 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.17■□□□□ 0.66
CCDC112Q8NEF3 PLCB1-203ENST00000378641 7323 ntTSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
CCDC112Q8NEF3 MYB-203ENST00000341911 3672 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
CCDC112Q8NEF3 BRF1-206ENST00000446501 2858 ntTSL 2 BASIC19.17■□□□□ 0.66
CCDC112Q8NEF3 NCF1B-201ENST00000423083 1516 ntTSL 2 BASIC19.17■□□□□ 0.66
CCDC112Q8NEF3 SLK-201ENST00000335753 7673 ntTSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
CCDC112Q8NEF3 OSR2-201ENST00000297565 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
CCDC112Q8NEF3 CES1-202ENST00000361503 1835 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
CCDC112Q8NEF3 MSGN1-201ENST00000281047 606 ntAPPRIS P1 BASIC19.17■□□□□ 0.66
CCDC112Q8NEF3 SMARCC2-202ENST00000347471 3839 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
CCDC112Q8NEF3 TSTD1-202ENST00000368023 574 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.17■□□□□ 0.66
CCDC112Q8NEF3 FAM26F-202ENST00000368605 1117 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.17■□□□□ 0.66
CCDC112Q8NEF3 HPF1-201ENST00000393381 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.6 ms