Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 FLJ38576-201ENST00000623820 2459 ntBASIC20.47■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 PACS2-203ENST00000447393 6365 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 EHD2-202ENST00000538399 1766 ntTSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 RPL13P5-202ENST00000412023 1438 ntTSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 PPP1R3B-202ENST00000519699 2334 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 KLC1-202ENST00000334553 2524 ntTSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 HBZ-201ENST00000252951 755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 GPX4-201ENST00000354171 919 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 CD9-202ENST00000382515 1229 ntTSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 PLPP5-202ENST00000422581 853 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 ELOVL2-AS1-202ENST00000456616 903 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 FAM86EP-206ENST00000510506 987 ntBASIC20.47■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 AL157871.1-202ENST00000556458 478 ntTSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 AP005901.3-202ENST00000581653 237 ntBASIC20.47■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 AC020911.2-202ENST00000588945 593 ntTSL 3 BASIC20.47■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 NTF6B-201ENST00000591913 560 ntBASIC20.47■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 REL-202ENST00000394479 2398 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 AGXT-201ENST00000307503 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 MAP3K6-201ENST00000357582 4136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 CHAT-201ENST00000337653 2458 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 ETV4-211ENST00000591713 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 MAT2A-202ENST00000409017 1927 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 F11R-202ENST00000368026 4835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 RNF103-201ENST00000237455 3477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 LMTK2-201ENST00000297293 8946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 EVPL-202ENST00000586740 6223 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 RAB15-203ENST00000533601 3515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 ESYT3-201ENST00000289135 1356 ntTSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 PRAMEF20-201ENST00000316412 1597 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 DNAJB2-201ENST00000336576 3176 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 TRIM27-201ENST00000377194 2686 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 MAP4K1-201ENST00000396857 2653 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 RUNX1-207ENST00000437180 5967 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 AES-201ENST00000221561 1884 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 SIL1-201ENST00000265195 1895 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 OS9-205ENST00000413095 1660 ntTSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 AL135999.2-201ENST00000622438 1686 ntBASIC20.46■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 ARHGAP33-201ENST00000007510 2545 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 PDLIM2-206ENST00000409141 1463 ntTSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 PGLS-201ENST00000252603 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 CCS-201ENST00000310190 942 ntTSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 KCNK7-202ENST00000342202 1283 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 SLC22A11-203ENST00000377585 2124 ntTSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 RPL36-202ENST00000394580 556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 AC093734.1-201ENST00000416100 242 ntTSL 3 BASIC20.46■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 VENTXP7-201ENST00000475503 772 ntBASIC20.46■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 GLI4-207ENST00000521682 1082 ntTSL 3 BASIC20.46■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 SLC25A45-208ENST00000527174 2138 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.46■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 AC002310.4-201ENST00000568114 377 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 AC003688.1-201ENST00000577138 489 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.46■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 ANAPC11-217ENST00000579978 575 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 AC011467.2-201ENST00000598425 242 ntBASIC20.46■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 AL807752.6-202ENST00000622933 765 ntAPPRIS P5 TSL 3 BASIC20.46■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 SLC12A9-202ENST00000415287 1912 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 C9orf62-201ENST00000623103 1924 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 FZD1-201ENST00000287934 6963 ntAPPRIS P1 BASIC20.46■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 TSPAN32-201ENST00000182290 1318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 TSPAN32-217ENST00000612299 1301 ntTSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 LRP8-207ENST00000465675 2670 ntTSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 AC009336.1-201ENST00000608941 1553 ntBASIC20.46■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 ARFRP1-213ENST00000619493 2456 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.46■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 AGPAT2-205ENST00000538402 1357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 PPRC1-201ENST00000278070 5330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 BET1L-203ENST00000382762 2819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 ASL-201ENST00000304874 2143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 PIGX-202ENST00000392391 3057 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 FCHO1-201ENST00000252771 3118 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 FERMT2-203ENST00000395631 3369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 INO80E-201ENST00000304516 1489 ntTSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 PPP4R3A-208ENST00000555462 3236 ntTSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 FAM135A-209ENST00000505769 4806 ntTSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 OXT-201ENST00000217386 513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 RPS12-201ENST00000230050 631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 BCL2L10-201ENST00000260442 1249 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM88-201ENST00000301599 875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 MPIG6B-202ENST00000375805 668 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 RNF216P1-205ENST00000406089 807 ntTSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 AL513320.1-201ENST00000435049 622 ntTSL 3 BASIC20.45■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 AC068134.1-202ENST00000439072 356 ntTSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 AP006284.1-202ENST00000527113 527 ntTSL 4 BASIC20.45■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 ABR-204ENST00000543210 1049 ntTSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 AC124947.2-201ENST00000547118 1133 ntBASIC20.45■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 ABR-217ENST00000572441 563 ntTSL 4 BASIC20.45■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 KRT86-201ENST00000293525 2091 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 ALDH3B1-208ENST00000617288 2078 ntTSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 AC132938.5-201ENST00000624980 1813 ntBASIC20.45■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 EGFEM1P-202ENST00000431685 1563 ntBASIC20.45■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 PDPK2P-201ENST00000382326 2387 ntTSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 TPST2-201ENST00000338754 5697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 ADAD1-203ENST00000388725 1918 ntTSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 ABHD14B-204ENST00000461108 1397 ntTSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 DKFZP434K028-202ENST00000536405 2466 ntTSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 RABEP1-202ENST00000537505 5365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 PDE9A-203ENST00000335440 1728 ntTSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 SLC38A6-202ENST00000354886 1730 ntTSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 AC099684.1-202ENST00000425277 1747 ntTSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 AC092068.3-201ENST00000587894 2016 ntBASIC20.44■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 SCNN1A-205ENST00000396966 2336 ntTSL 3 BASIC20.44■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 MAN1C1-201ENST00000263979 2627 ntTSL 5 BASIC20.44■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 NSFL1C-202ENST00000353088 2611 ntTSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.9 ms