Protein–RNA interactions for Protein: Q9UK41

VPS28, Vacuolar protein sorting-associated protein 28 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 221 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS28Q9UK41 UXT-202ENST00000335890 701 ntTSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
VPS28Q9UK41 VMO1-202ENST00000354194 651 ntTSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
VPS28Q9UK41 PSMA7-203ENST00000370873 996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
VPS28Q9UK41 SERF1B-202ENST00000380751 703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
VPS28Q9UK41 CENPM-203ENST00000402338 1002 ntTSL 2 BASIC17.9■□□□□ 0.46
VPS28Q9UK41 RPS2P1-201ENST00000434010 821 ntBASIC17.9■□□□□ 0.46
VPS28Q9UK41 MPIG6B-210ENST00000480039 790 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
VPS28Q9UK41 AC093909.1-201ENST00000504731 1122 ntBASIC17.9■□□□□ 0.46
VPS28Q9UK41 AC087645.2-201ENST00000586321 799 ntTSL 3 BASIC17.9■□□□□ 0.46
VPS28Q9UK41 COPE-211ENST00000600932 1144 ntTSL 5 BASIC17.9■□□□□ 0.46
VPS28Q9UK41 AC025062.2-201ENST00000605477 670 ntBASIC17.9■□□□□ 0.46
VPS28Q9UK41 SLC2A5-201ENST00000377414 2344 ntTSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
VPS28Q9UK41 FAM208A-209ENST00000493960 5600 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.9■□□□□ 0.46
VPS28Q9UK41 GRAMD2B-218ENST00000542322 2977 ntTSL 2 BASIC17.9■□□□□ 0.46
VPS28Q9UK41 PITHD1-201ENST00000246151 1603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
VPS28Q9UK41 NSDHL-203ENST00000440023 1630 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.9■□□□□ 0.46
VPS28Q9UK41 TBPL1-208ENST00000613034 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.9■□□□□ 0.46
VPS28Q9UK41 TGDS-201ENST00000261296 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
VPS28Q9UK41 KANK1-204ENST00000382293 5249 ntTSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.46
VPS28Q9UK41 ITGA7-201ENST00000257879 4120 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 EHMT1-236ENST00000637161 5049 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.89■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 DCP1B-201ENST00000280665 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 FBXL22-202ENST00000534939 2443 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC17.89■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 PSMA1-209ENST00000530457 1527 ntTSL 5 BASIC17.89■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 PCDH7-201ENST00000361762 6403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 BNIP2-213ENST00000612191 2515 ntTSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 NRXN1-209ENST00000405581 5078 ntTSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 RPS2P28-201ENST00000314255 741 ntBASIC17.89■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 POM121L12-201ENST00000408890 1283 ntAPPRIS P1 BASIC17.89■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 OR7E14P-202ENST00000530490 1290 ntBASIC17.89■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 ARAP1-AS1-201ENST00000542022 388 ntTSL 5 BASIC17.89■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 AL157871.1-202ENST00000556458 478 ntTSL 5 BASIC17.89■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 RNF151-202ENST00000569210 853 ntTSL 2 BASIC17.89■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 LINC01451-201ENST00000623792 534 ntBASIC17.89■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 LIN28B-AS1-205ENST00000637414 879 ntTSL 5 BASIC17.89■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 MEF2A-204ENST00000557785 2854 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.89■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 SOD2-215ENST00000546087 2558 ntTSL 2 BASIC17.89■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 SGSM2-201ENST00000268989 4863 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 TEAD4-201ENST00000358409 1637 ntTSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 AC148477.5-201ENST00000625164 1645 ntBASIC17.89■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 GRIN3B-201ENST00000234389 3281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 TMEM216-201ENST00000334888 1306 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.89■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 HDAC10-201ENST00000216271 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 LGALS12-201ENST00000255684 1667 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 NEU1-206ENST00000375631 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 DIDO1-203ENST00000370366 2383 ntTSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 PDE9A-203ENST00000335440 1728 ntTSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 AL645608.8-201ENST00000606034 2086 ntBASIC17.89■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 SMG5-201ENST00000361813 4559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 TTC29-201ENST00000325106 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 TTC29-205ENST00000504425 1777 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.89■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 C16orf89-202ENST00000472572 1444 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 CRTC3-208ENST00000560098 1421 ntTSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 DHX33-202ENST00000433302 2225 ntTSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 KLHL22-201ENST00000328879 2616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 CLDN15-208ENST00000611078 1509 ntTSL 5 BASIC17.88■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 AC138969.1-205ENST00000381497 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 ABCB8-211ENST00000477092 1596 ntTSL 5 BASIC17.88■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 SENP5-201ENST00000323460 6308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 STRN4-201ENST00000263280 3210 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 SCP2-202ENST00000371513 2003 ntTSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 RTL8B-201ENST00000391440 2026 ntAPPRIS P1 BASIC17.88■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 FZD10-201ENST00000229030 3281 ntAPPRIS P1 BASIC17.88■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 ADGRB2-202ENST00000373658 5414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.88■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 COQ9-201ENST00000262507 1677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 CEACAM21-203ENST00000407170 1691 ntTSL 2 BASIC17.88■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 ZNF589-203ENST00000427617 1677 ntTSL 2 BASIC17.88■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 TRIM60-203ENST00000508504 1674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 STX17-205ENST00000525640 2523 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.88■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 MRPL28-201ENST00000199706 1098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 HINT1-201ENST00000304043 1081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 COLEC11-202ENST00000349077 1259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 PFDN6-201ENST00000374606 740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 CCDC74A-202ENST00000409856 1298 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 LINC01237-203ENST00000430555 843 ntTSL 4 BASIC17.88■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 HNRNPDP1-201ENST00000439535 754 ntBASIC17.88■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 SIGLEC30P-201ENST00000455569 941 ntBASIC17.88■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 KNCN-203ENST00000481882 1037 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.88■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 AP001107.6-201ENST00000526655 516 ntTSL 3 BASIC17.88■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 MIR22HG-204ENST00000571595 767 ntTSL 5 BASIC17.88■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 FAM215A-202ENST00000632077 792 ntBASIC17.88■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 ABBA01031661.1-201ENST00000634362 1253 ntBASIC17.88■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 PARD3-205ENST00000374773 3420 ntTSL 5 BASIC17.88■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 MFSD2A-202ENST00000372811 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 AL355312.1-201ENST00000407115 2176 ntBASIC17.88■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 PHKA1-201ENST00000339490 6121 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 ZNF211-211ENST00000541801 2629 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC17.88■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 SCARB1-208ENST00000544327 1812 ntTSL 5 BASIC17.88■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 GYG1-214ENST00000627418 1831 ntTSL 5 BASIC17.88■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 FAM234A-203ENST00000399932 3213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 SVOPL-204ENST00000436657 1420 ntTSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 EPB41L5-203ENST00000443124 2872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 ZRSR2-201ENST00000307771 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 HCK-210ENST00000629881 1969 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.88■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 AC079922.2-201ENST00000457336 2022 ntTSL 2 BASIC17.88■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 ILF3-203ENST00000449870 6119 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 ATP10A-201ENST00000356865 6680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 APOLD1-202ENST00000356591 4646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 AC009336.1-201ENST00000608941 1553 ntBASIC17.87■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 CACNA1B-203ENST00000371355 9647 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.87■□□□□ 0.45
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.2 ms