Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 RAD23A-201ENST00000316856 1736 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 AC003669.1-201ENST00000334569 611 ntBASIC16.97■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 MRPL23-201ENST00000381514 919 ntTSL 3 BASIC16.97■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 AL391650.1-205ENST00000433939 579 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.97■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 EFCAB1-209ENST00000523092 648 ntTSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 L2HGDH-206ENST00000555610 804 ntTSL 5 BASIC16.97■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 AC092384.3-201ENST00000561980 531 ntTSL 4 BASIC16.97■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 BRICD5-202ENST00000562360 783 ntTSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 AC092718.3-202ENST00000564536 1032 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC16.97■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 PXK-206ENST00000463280 2825 ntTSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 KDM5C-204ENST00000375401 6031 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 RUVBL1-202ENST00000464873 2126 ntTSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 BCS1L-202ENST00000392109 1583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 BCS1L-204ENST00000392111 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 EMX2-201ENST00000442245 2710 ntTSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 FAM219B-204ENST00000563119 2721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 VWA1-203ENST00000476993 4511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 BAIAP2L2-201ENST00000332536 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.97■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 CDK19-202ENST00000368911 6246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 PRSS53-201ENST00000280606 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 LEFTY2-201ENST00000366820 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 TBL3-205ENST00000568546 6803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 SLC44A3-201ENST00000271227 2388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 GMPPA-204ENST00000373908 1501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.96■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 EIF2B5-201ENST00000273783 2655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 DCAF8-218ENST00000610139 1607 ntTSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 TDRKH-207ENST00000458431 2768 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 AAED1-201ENST00000375234 2863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 EVX1-202ENST00000496902 2955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 LTV1-201ENST00000367576 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 AC009949.1-201ENST00000623048 1830 ntBASIC16.96■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 TRIP6-201ENST00000200457 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 NOP9-202ENST00000396802 1942 ntTSL 5 BASIC16.96■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 SLC12A9-202ENST00000415287 1912 ntTSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 ALDH3A1-206ENST00000457500 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 FOXD4L6-201ENST00000622588 2034 ntAPPRIS P1 BASIC16.96■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 IL17RC-201ENST00000295981 2621 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC16.96■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 PIEZO1-201ENST00000301015 8072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 NPR3-204ENST00000434067 2715 ntTSL 5 BASIC16.96■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 ADGRD2-201ENST00000334810 3244 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.96■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 ALKBH6-201ENST00000252984 955 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 CGREF1-201ENST00000260595 1177 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.96■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 PARK7-203ENST00000377491 977 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.96■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 PDE6D-202ENST00000409772 672 ntTSL 3 BASIC16.96■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 COA5-202ENST00000409997 557 ntTSL 4 BASIC16.96■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 SIGLEC30P-201ENST00000455569 941 ntBASIC16.96■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 LINC00237-202ENST00000455890 1220 ntTSL 2 BASIC16.96■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 ARTN-206ENST00000472435 402 ntTSL 3 BASIC16.96■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 AC002116.1-201ENST00000473572 1130 ntTSL 2 BASIC16.96■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 S100A2-206ENST00000497140 697 ntTSL 2 BASIC16.96■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 PLA2G12A-202ENST00000502283 1189 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 NUTF2-206ENST00000569436 1119 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.96■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 CRB3-204ENST00000600229 1078 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.96■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 AC134684.3-201ENST00000641758 218 ntBASIC16.96■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 CYP2D6-203ENST00000360608 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 LYRM9-203ENST00000460380 2196 ntTSL 2 BASIC16.96■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 NTRK1-201ENST00000358660 2492 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.96■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 PCCA-202ENST00000376285 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 ENTPD6-209ENST00000433259 2654 ntTSL 5 BASIC16.96■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 QRICH2-205ENST00000636395 5677 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 DUSP8-202ENST00000397374 4480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 ESM1-201ENST00000381403 1326 ntTSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 EIF4G3-212ENST00000602326 6196 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 DTNB-209ENST00000407038 2294 ntTSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 PRRT2-212ENST00000636619 2065 ntTSL 5 BASIC16.95■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 AC090206.1-201ENST00000615734 1678 ntTSL 5 BASIC16.95■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 ZDHHC4-205ENST00000396713 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 LINC01979-201ENST00000576738 5271 ntTSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 AP4S1-202ENST00000313566 839 ntTSL 3 BASIC16.95■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 TOR3A-201ENST00000352445 1182 ntTSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 MRPL55-208ENST00000366734 990 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.95■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 MRPL55-217ENST00000366746 565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 CRYGEP-201ENST00000412192 528 ntBASIC16.95■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 SNHG11-205ENST00000421599 1046 ntTSL 3 BASIC16.95■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 AC078883.2-201ENST00000441212 558 ntTSL 3 BASIC16.95■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 URGCP-206ENST00000446958 365 ntTSL 2 BASIC16.95■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 KRT18P2-201ENST00000447938 1258 ntBASIC16.95■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 BARX1-AS1-202ENST00000454594 307 ntTSL 3 BASIC16.95■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 RPS27L-204ENST00000455271 923 ntTSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 AC034243.1-201ENST00000520838 587 ntTSL 2 BASIC16.95■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 AC105202.1-202ENST00000522060 834 ntTSL 3 BASIC16.95■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 MVB12A-211ENST00000529939 1091 ntTSL 3 BASIC16.95■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 TMEM106C-214ENST00000550161 976 ntTSL 3 BASIC16.95■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 LHX5-AS1-201ENST00000551357 522 ntTSL 2 BASIC16.95■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 AL137786.1-202ENST00000555496 789 ntTSL 5 BASIC16.95■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 AC109462.3-201ENST00000573934 613 ntBASIC16.95■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 MIR4751-201ENST00000578027 74 ntBASIC16.95■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 AC019129.2-201ENST00000609837 1235 ntBASIC16.95■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 TVP23A-210ENST00000612195 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 NFIB-212ENST00000622520 1274 ntTSL 5 BASIC16.95■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 TBKBP1-204ENST00000622396 2010 ntTSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 PDLIM3-201ENST00000284767 2589 ntTSL 5 BASIC16.95■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 ABHD14B-203ENST00000395008 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 CORO1C-204ENST00000541050 2487 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.95■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 GDF10-201ENST00000580279 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 IMP4-201ENST00000259239 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 SPDYE5-203ENST00000625065 1700 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.95■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 PC-208ENST00000529047 1607 ntTSL 3 BASIC16.95■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 SLC12A9-215ENST00000540482 2269 ntTSL 2 BASIC16.95■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 TBPL1-208ENST00000613034 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.95■□□□□ 0.3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.9 ms