Protein–RNA interactions for Protein: Q6ZMZ3

SYNE3, Nesprin-3, humanhuman

Predictions only

Length 975 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNE3Q6ZMZ3 TNIP1-221ENST00000610874 2629 ntTSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
SYNE3Q6ZMZ3 C9orf43-202ENST00000374165 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
SYNE3Q6ZMZ3 WIPF2-210ENST00000585043 2693 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
SYNE3Q6ZMZ3 KXD1-201ENST00000222307 1426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
SYNE3Q6ZMZ3 MED16-201ENST00000269814 1199 ntTSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
SYNE3Q6ZMZ3 GJC3-201ENST00000312891 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
SYNE3Q6ZMZ3 FTMT-201ENST00000321339 879 ntAPPRIS P1 BASIC20.48■□□□□ 0.87
SYNE3Q6ZMZ3 SLX1A-202ENST00000345535 762 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
SYNE3Q6ZMZ3 SLX1B-202ENST00000351581 762 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
SYNE3Q6ZMZ3 PFDN6-201ENST00000374606 740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
SYNE3Q6ZMZ3 UBE2C-206ENST00000405520 641 ntTSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
SYNE3Q6ZMZ3 KLF4P1-201ENST00000412782 1185 ntBASIC20.48■□□□□ 0.87
SYNE3Q6ZMZ3 FOXD3-AS1-201ENST00000418244 941 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
SYNE3Q6ZMZ3 UBXN10-AS1-201ENST00000442226 510 ntTSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
SYNE3Q6ZMZ3 AL611929.1-201ENST00000457340 449 ntTSL 3 BASIC20.48■□□□□ 0.87
SYNE3Q6ZMZ3 MRPL2-208ENST00000489623 570 ntTSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
SYNE3Q6ZMZ3 SDHD-206ENST00000528182 754 ntTSL 3 BASIC20.48■□□□□ 0.87
SYNE3Q6ZMZ3 AL732292.2-201ENST00000609649 430 ntBASIC20.48■□□□□ 0.87
SYNE3Q6ZMZ3 MED16-213ENST00000616387 1078 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
SYNE3Q6ZMZ3 UBE2C-208ENST00000617055 705 ntTSL 3 BASIC20.48■□□□□ 0.87
SYNE3Q6ZMZ3 TRNT1-205ENST00000402675 1935 ntTSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
SYNE3Q6ZMZ3 VWA1-203ENST00000476993 4511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
SYNE3Q6ZMZ3 TSNARE1-204ENST00000519651 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
SYNE3Q6ZMZ3 IL27RA-201ENST00000263379 2962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
SYNE3Q6ZMZ3 COQ9-201ENST00000262507 1677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
SYNE3Q6ZMZ3 MBD4-202ENST00000393278 1684 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
SYNE3Q6ZMZ3 PLTP-202ENST00000372420 1530 ntTSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
SYNE3Q6ZMZ3 HMBS-203ENST00000442944 1548 ntTSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
SYNE3Q6ZMZ3 ADAMTS16-201ENST00000274181 4979 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
SYNE3Q6ZMZ3 C4orf50-202ENST00000531445 6860 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
SYNE3Q6ZMZ3 TEX13A-201ENST00000600991 1377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
SYNE3Q6ZMZ3 PPP1R16A-202ENST00000435887 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
SYNE3Q6ZMZ3 PMPCAP1-201ENST00000508114 1576 ntBASIC20.47■□□□□ 0.87
SYNE3Q6ZMZ3 SCRN2-202ENST00000407215 1779 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
SYNE3Q6ZMZ3 CCDC144A-210ENST00000456009 2306 ntTSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
SYNE3Q6ZMZ3 CHIC2-201ENST00000263921 1194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
SYNE3Q6ZMZ3 MRPL43-205ENST00000370234 798 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
SYNE3Q6ZMZ3 MRPL43-208ENST00000370242 884 ntTSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
SYNE3Q6ZMZ3 RPUSD3-201ENST00000383820 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
SYNE3Q6ZMZ3 RBSN-204ENST00000449050 903 ntTSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
SYNE3Q6ZMZ3 GPHA2-202ENST00000532246 466 ntTSL 3 BASIC20.47■□□□□ 0.87
SYNE3Q6ZMZ3 AC020934.1-201ENST00000588469 739 ntTSL 3 BASIC20.47■□□□□ 0.87
SYNE3Q6ZMZ3 TK1-204ENST00000590430 683 ntTSL 3 BASIC20.47■□□□□ 0.87
SYNE3Q6ZMZ3 NOL12-207ENST00000611699 903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
SYNE3Q6ZMZ3 SMN2-213ENST00000614240 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
SYNE3Q6ZMZ3 AC012313.10-201ENST00000623509 926 ntBASIC20.47■□□□□ 0.87
SYNE3Q6ZMZ3 AP000867.4-201ENST00000641616 219 ntBASIC20.47■□□□□ 0.87
SYNE3Q6ZMZ3 NODAL-201ENST00000287139 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
SYNE3Q6ZMZ3 ETNK2-203ENST00000367202 2434 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
SYNE3Q6ZMZ3 MIEF2-204ENST00000395706 2441 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
SYNE3Q6ZMZ3 WAC-202ENST00000347934 2839 ntTSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
SYNE3Q6ZMZ3 BCL2L11-201ENST00000308659 1522 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
SYNE3Q6ZMZ3 C11orf68-203ENST00000530188 1528 ntAPPRIS ALT2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
SYNE3Q6ZMZ3 ADO-201ENST00000373783 3627 ntAPPRIS P1 BASIC20.47■□□□□ 0.87
SYNE3Q6ZMZ3 PWP1-202ENST00000541166 1722 ntTSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
SYNE3Q6ZMZ3 MIB2-201ENST00000355826 3290 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
SYNE3Q6ZMZ3 WDR13-201ENST00000218056 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
SYNE3Q6ZMZ3 SLC7A9-202ENST00000587772 1568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
SYNE3Q6ZMZ3 TSPAN17-201ENST00000298564 2810 ntTSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
SYNE3Q6ZMZ3 TUBB2B-201ENST00000259818 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
SYNE3Q6ZMZ3 AC046185.3-201ENST00000623228 1824 ntBASIC20.46■□□□□ 0.87
SYNE3Q6ZMZ3 AC016396.2-201ENST00000562575 1417 ntBASIC20.46■□□□□ 0.87
SYNE3Q6ZMZ3 NOMO2-211ENST00000621364 3921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
SYNE3Q6ZMZ3 PIP5K1A-207ENST00000441902 2297 ntTSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
SYNE3Q6ZMZ3 INS-201ENST00000250971 503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
SYNE3Q6ZMZ3 ATPIF1-201ENST00000335514 494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
SYNE3Q6ZMZ3 DFFB-203ENST00000341385 572 ntTSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
SYNE3Q6ZMZ3 SELENOS-203ENST00000526049 1188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
SYNE3Q6ZMZ3 RNPS1-224ENST00000569598 918 ntTSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
SYNE3Q6ZMZ3 BCL11B-202ENST00000357195 7559 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
SYNE3Q6ZMZ3 BOC-212ENST00000485230 2173 ntTSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
SYNE3Q6ZMZ3 TTC29-201ENST00000325106 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
SYNE3Q6ZMZ3 TTC29-205ENST00000504425 1777 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
SYNE3Q6ZMZ3 AVPR1B-201ENST00000367126 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
SYNE3Q6ZMZ3 CYP11A1-202ENST00000358632 2001 ntTSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
SYNE3Q6ZMZ3 SYNGR2-206ENST00000589711 2041 ntTSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
SYNE3Q6ZMZ3 CHRNA5-201ENST00000299565 3623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
SYNE3Q6ZMZ3 PAX7-201ENST00000375375 2260 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
SYNE3Q6ZMZ3 AC132938.5-201ENST00000624980 1813 ntBASIC20.46■□□□□ 0.87
SYNE3Q6ZMZ3 ORAI2-202ENST00000403646 2528 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
SYNE3Q6ZMZ3 KCTD15-202ENST00000430256 2555 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
SYNE3Q6ZMZ3 CABP4-202ENST00000438189 1426 ntTSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
SYNE3Q6ZMZ3 AC108860.2-201ENST00000562760 2183 ntBASIC20.45■□□□□ 0.86
SYNE3Q6ZMZ3 TTBK2-208ENST00000622375 6891 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
SYNE3Q6ZMZ3 CD81-AS1-201ENST00000413483 1460 ntTSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
SYNE3Q6ZMZ3 NYX-201ENST00000342595 2713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
SYNE3Q6ZMZ3 SLAIN2-201ENST00000264313 6299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
SYNE3Q6ZMZ3 AC106820.2-201ENST00000563775 3264 ntBASIC20.45■□□□□ 0.86
SYNE3Q6ZMZ3 TES-201ENST00000358204 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
SYNE3Q6ZMZ3 TCEAL3-201ENST00000243286 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
SYNE3Q6ZMZ3 ATP5J-201ENST00000284971 614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
SYNE3Q6ZMZ3 TLCD1-201ENST00000292090 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
SYNE3Q6ZMZ3 INSL3-201ENST00000317306 755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
SYNE3Q6ZMZ3 HDDC3-201ENST00000330334 1047 ntTSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
SYNE3Q6ZMZ3 RBCK1-206ENST00000400247 790 ntTSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
SYNE3Q6ZMZ3 GNB2-207ENST00000427895 1146 ntTSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
SYNE3Q6ZMZ3 AGBL5-AS1-201ENST00000444217 407 ntTSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
SYNE3Q6ZMZ3 MOGAT1-201ENST00000446656 1048 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
SYNE3Q6ZMZ3 AL157871.1-202ENST00000556458 478 ntTSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
SYNE3Q6ZMZ3 AC106782.2-201ENST00000563252 992 ntTSL 3 BASIC20.45■□□□□ 0.86
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 42.4 ms