Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 RAPGEFL1-212ENST00000620260 3855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
LIG1P18858 LZTS3-203ENST00000360342 4055 ntTSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
LIG1P18858 AP000347.2-202ENST00000421064 3041 ntTSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
LIG1P18858 TMUB2-204ENST00000538716 1953 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.03■□□□□ 0.8
LIG1P18858 P2RY6-209ENST00000540342 1611 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.03■□□□□ 0.8
LIG1P18858 DAG1-201ENST00000308775 5522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
LIG1P18858 SIPA1-201ENST00000394224 3628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
LIG1P18858 MAGEA6-201ENST00000329342 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
LIG1P18858 MAGEA3-201ENST00000370278 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
LIG1P18858 ASB10-202ENST00000377867 1738 ntTSL 2 BASIC20.03■□□□□ 0.8
LIG1P18858 HAAO-201ENST00000294973 1265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
LIG1P18858 IGHGP-201ENST00000390555 1178 ntBASIC20.03■□□□□ 0.8
LIG1P18858 HCG4P8-203ENST00000443049 980 ntBASIC20.03■□□□□ 0.8
LIG1P18858 LAMTOR4-205ENST00000468582 621 ntTSL 2 BASIC20.03■□□□□ 0.8
LIG1P18858 FNDC5-205ENST00000496770 837 ntTSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
LIG1P18858 KRT8P26-201ENST00000534154 1276 ntBASIC20.03■□□□□ 0.8
LIG1P18858 ISCU-208ENST00000539593 1071 ntTSL 2 BASIC20.03■□□□□ 0.8
LIG1P18858 AC079031.1-201ENST00000542627 1035 ntTSL 3 BASIC20.03■□□□□ 0.8
LIG1P18858 PHB2-207ENST00000542912 1138 ntTSL 5 BASIC20.03■□□□□ 0.8
LIG1P18858 AL161669.1-201ENST00000559843 386 ntTSL 3 BASIC20.03■□□□□ 0.8
LIG1P18858 LIMD2-211ENST00000583211 1298 ntTSL 3 BASIC20.03■□□□□ 0.8
LIG1P18858 TNNT1-204ENST00000585321 995 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.03■□□□□ 0.8
LIG1P18858 AC009154.2-201ENST00000621177 724 ntBASIC20.03■□□□□ 0.8
LIG1P18858 NAT6-205ENST00000443842 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.03■□□□□ 0.8
LIG1P18858 TRIM13-206ENST00000457662 1489 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
LIG1P18858 LGMN-202ENST00000393218 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
LIG1P18858 PHRF1-205ENST00000533464 5218 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
LIG1P18858 COA5-201ENST00000328709 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
LIG1P18858 PTHLH-205ENST00000535992 1891 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
LIG1P18858 SYT3-202ENST00000593901 2836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
LIG1P18858 CCDC74A-206ENST00000467992 1347 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
LIG1P18858 PDPK2P-201ENST00000382326 2387 ntTSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
LIG1P18858 LRRN4-201ENST00000378858 2692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
LIG1P18858 HLA-A-203ENST00000376809 1611 ntAPPRIS P1 BASIC20.02■□□□□ 0.8
LIG1P18858 ARL4C-202ENST00000390645 4013 ntAPPRIS P1 BASIC20.02■□□□□ 0.8
LIG1P18858 SRF-201ENST00000265354 4202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
LIG1P18858 NFATC1-208ENST00000586434 2103 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
LIG1P18858 ARHGEF18-201ENST00000319670 5212 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
LIG1P18858 PPRC1-201ENST00000278070 5330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
LIG1P18858 EPB41-205ENST00000373797 2402 ntTSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
LIG1P18858 CSNK1A1L-201ENST00000379800 2406 ntAPPRIS P1 BASIC20.02■□□□□ 0.8
LIG1P18858 PGAP3-203ENST00000378011 2533 ntTSL 2 BASIC20.02■□□□□ 0.8
LIG1P18858 LIN54-204ENST00000505397 2742 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.02■□□□□ 0.8
LIG1P18858 PGLS-201ENST00000252603 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
LIG1P18858 MPIG6B-205ENST00000375810 910 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
LIG1P18858 DYDC2-206ENST00000444807 1173 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC20.02■□□□□ 0.8
LIG1P18858 PPOX-214ENST00000535223 664 ntTSL 3 BASIC20.02■□□□□ 0.8
LIG1P18858 HOXB8-203ENST00000576562 743 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.02■□□□□ 0.8
LIG1P18858 AL390719.2-201ENST00000606993 987 ntBASIC20.02■□□□□ 0.8
LIG1P18858 AQP5-201ENST00000293599 1450 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
LIG1P18858 THNSL2-203ENST00000377254 1560 ntTSL 2 BASIC20.02■□□□□ 0.8
LIG1P18858 KRT28-201ENST00000306658 1685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
LIG1P18858 EIF4H-201ENST00000265753 2679 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC20.02■□□□□ 0.8
LIG1P18858 KCNQ2-236ENST00000637193 2983 ntTSL 5 BASIC20.02■□□□□ 0.8
LIG1P18858 KLF10-201ENST00000285407 3097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
LIG1P18858 DENND6B-201ENST00000413817 4939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.79
LIG1P18858 FAM210B-201ENST00000371384 3046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.79
LIG1P18858 C15orf38-AP3S2-201ENST00000398333 2439 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.02■□□□□ 0.79
LIG1P18858 SLC2A6-201ENST00000371897 2301 ntTSL 2 BASIC20.02■□□□□ 0.79
LIG1P18858 HYAL3-201ENST00000336307 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.79
LIG1P18858 HR-201ENST00000312841 5351 ntTSL 5 BASIC20.02■□□□□ 0.79
LIG1P18858 ETV4-211ENST00000591713 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.79
LIG1P18858 SRSF1-201ENST00000258962 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.79
LIG1P18858 PLTP-202ENST00000372420 1530 ntTSL 2 BASIC20.02■□□□□ 0.79
LIG1P18858 WIPI2-201ENST00000288828 4476 ntTSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.79
LIG1P18858 P2RY6-207ENST00000538328 1425 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.02■□□□□ 0.79
LIG1P18858 MCTP2-205ENST00000543482 1422 ntTSL 2 BASIC20.02■□□□□ 0.79
LIG1P18858 JMJD6-205ENST00000585429 1330 ntTSL 5 BASIC20.02■□□□□ 0.79
LIG1P18858 GPAT2-201ENST00000359548 2761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
LIG1P18858 SOD2-215ENST00000546087 2558 ntTSL 2 BASIC20.01■□□□□ 0.79
LIG1P18858 RND2-202ENST00000587250 4147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
LIG1P18858 SLC5A2-201ENST00000330498 2271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
LIG1P18858 STXBP2-201ENST00000221283 1876 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
LIG1P18858 PRELID3A-203ENST00000587735 1694 ntTSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
LIG1P18858 TPSD1-201ENST00000211076 1499 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
LIG1P18858 CCDC74B-202ENST00000392984 1353 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.01■□□□□ 0.79
LIG1P18858 SLC19A2-202ENST00000367804 2976 ntTSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
LIG1P18858 RBM14-RBM4-203ENST00000500635 829 ntTSL 2 BASIC20.01■□□□□ 0.79
LIG1P18858 KCNE1B-204ENST00000623803 811 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
LIG1P18858 SPACA6-213ENST00000637797 1073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
LIG1P18858 SYNGR2-206ENST00000589711 2041 ntTSL 5 BASIC20.01■□□□□ 0.79
LIG1P18858 E2F2-201ENST00000361729 5191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
LIG1P18858 NFE2L3-201ENST00000056233 3686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
LIG1P18858 TRAF2-201ENST00000247668 2264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
LIG1P18858 HYAL3-202ENST00000359051 1635 ntTSL 5 BASIC20.01■□□□□ 0.79
LIG1P18858 RAD51-203ENST00000423169 1611 ntTSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
LIG1P18858 RASSF8-AS1-202ENST00000500276 2610 ntTSL 2 BASIC20.01■□□□□ 0.79
LIG1P18858 SDCBP2-201ENST00000339987 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
LIG1P18858 SLC10A3-204ENST00000393587 1862 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.01■□□□□ 0.79
LIG1P18858 KRT18P1-202ENST00000452408 1331 ntBASIC20.01■□□□□ 0.79
LIG1P18858 GJB3-201ENST00000373362 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
LIG1P18858 LSP1-203ENST00000405957 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20■□□□□ 0.79
LIG1P18858 MRPS30-202ENST00000507110 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
LIG1P18858 TTLL10-201ENST00000379288 2114 ntTSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
LIG1P18858 HECTD2-204ENST00000446394 4939 ntTSL 2 BASIC20■□□□□ 0.79
LIG1P18858 LAT2-204ENST00000398475 2453 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
LIG1P18858 KCNJ8-201ENST00000240662 2389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
LIG1P18858 MYC-202ENST00000377970 2351 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
LIG1P18858 AC092053.1-201ENST00000605787 1936 ntBASIC20■□□□□ 0.79
LIG1P18858 ELMO3-203ENST00000477898 2281 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20■□□□□ 0.79
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38 ms