Protein–RNA interactions for Protein: P02461

COL3A1, Collagen alpha-1(III) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,466 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL3A1P02461 PIGT-257ENST00000640210 1715 ntTSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
COL3A1P02461 GRAMD2B-218ENST00000542322 2977 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
COL3A1P02461 ADRA1A-202ENST00000354550 1765 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
COL3A1P02461 ZNRF2-201ENST00000323037 3460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
COL3A1P02461 RAD51D-201ENST00000335858 1353 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
COL3A1P02461 C17orf62-202ENST00000342572 1849 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
COL3A1P02461 OSBP2-202ENST00000401475 2468 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL3A1P02461 AP004609.1-201ENST00000498872 1646 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL3A1P02461 AC092919.2-201ENST00000623631 1645 ntBASIC22.75■■□□□ 1.23
COL3A1P02461 RABGGTA-201ENST00000216840 2088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL3A1P02461 NECAB2-203ENST00000565691 2064 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL3A1P02461 TSPAN4-205ENST00000397406 1426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL3A1P02461 C22orf39-201ENST00000333059 1221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL3A1P02461 HUS1B-201ENST00000380907 1025 ntAPPRIS P1 BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL3A1P02461 ADARB2-201ENST00000381305 703 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL3A1P02461 LINC01503-203ENST00000436710 901 ntTSL 3 BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL3A1P02461 CD99L2-206ENST00000466436 988 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL3A1P02461 TMUB1-204ENST00000476627 882 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL3A1P02461 YBX1P5-201ENST00000509441 847 ntBASIC22.75■■□□□ 1.23
COL3A1P02461 CYB561D1-208ENST00000528785 1271 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL3A1P02461 AL390334.1-205ENST00000555797 411 ntTSL 3 BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL3A1P02461 ARHGDIA-208ENST00000581876 709 ntTSL 3 BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL3A1P02461 AC002985.2-201ENST00000601106 957 ntTSL 4 BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL3A1P02461 NAGPA-201ENST00000312251 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL3A1P02461 LGALS12-205ENST00000425950 1789 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL3A1P02461 HARS-203ENST00000431330 1774 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL3A1P02461 EXOSC6-201ENST00000435634 5153 ntAPPRIS P1 BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL3A1P02461 WLS-205ENST00000370976 2332 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL3A1P02461 C21orf58-203ENST00000397680 2624 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL3A1P02461 TMEM50B-210ENST00000542230 2375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL3A1P02461 DOCK7-203ENST00000404627 2678 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL3A1P02461 HSD17B1-202ENST00000585807 4982 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL3A1P02461 LSP1-202ENST00000381775 2016 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL3A1P02461 PILRB-208ENST00000452089 2099 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL3A1P02461 PRKN-202ENST00000366892 1505 ntTSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL3A1P02461 UBE2G1-204ENST00000572484 1514 ntTSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL3A1P02461 UPF3AP3-201ENST00000420996 769 ntBASIC22.74■■□□□ 1.23
COL3A1P02461 LINC01705-201ENST00000438158 562 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL3A1P02461 RNASET2-206ENST00000476238 887 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL3A1P02461 DDIAS-202ENST00000524921 607 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL3A1P02461 HAGH-208ENST00000566709 1291 ntTSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL3A1P02461 AC139530.3-201ENST00000620344 690 ntBASIC22.74■■□□□ 1.23
COL3A1P02461 AC055717.3-201ENST00000622967 595 ntBASIC22.74■■□□□ 1.23
COL3A1P02461 GULP1-209ENST00000410051 1595 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL3A1P02461 MFSD2A-202ENST00000372811 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL3A1P02461 C2orf27A-205ENST00000624391 1335 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL3A1P02461 AC092053.1-201ENST00000605787 1936 ntBASIC22.74■■□□□ 1.23
COL3A1P02461 UBAP1-203ENST00000379186 2524 ntTSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL3A1P02461 KLHDC8B-201ENST00000332780 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL3A1P02461 RNF165-205ENST00000588679 2904 ntBASIC22.74■■□□□ 1.23
COL3A1P02461 RPAIN-203ENST00000381209 1535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL3A1P02461 RGS19-202ENST00000395042 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL3A1P02461 CPT2-208ENST00000636891 2746 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL3A1P02461 ANP32E-201ENST00000369114 1048 ntTSL 3 BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL3A1P02461 HMGN4-201ENST00000377575 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL3A1P02461 CCNL2-202ENST00000408918 1186 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL3A1P02461 RNF212-203ENST00000433731 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL3A1P02461 AC093714.2-201ENST00000489626 763 ntTSL 3 BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL3A1P02461 AC009567.1-201ENST00000515071 525 ntTSL 4 BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL3A1P02461 AC005256.1-202ENST00000592934 415 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL3A1P02461 FFAR2-201ENST00000246549 2051 ntAPPRIS P1 BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL3A1P02461 BCAR1-209ENST00000546196 1340 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
COL3A1P02461 AC129492.6-201ENST00000611383 1305 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
COL3A1P02461 TATDN3-214ENST00000532324 1381 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL3A1P02461 ETV3L-201ENST00000454449 1976 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL3A1P02461 GATA2-202ENST00000430265 2525 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL3A1P02461 NFATC1-210ENST00000587635 2195 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL3A1P02461 STX10-201ENST00000242770 1099 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL3A1P02461 FALEC-201ENST00000416894 566 ntTSL 3 BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL3A1P02461 CDKN2A-209ENST00000498628 926 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL3A1P02461 DUSP6-204ENST00000547291 1074 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL3A1P02461 AL359317.2-203ENST00000557409 538 ntTSL 4 BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL3A1P02461 STX10-204ENST00000587230 1136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL3A1P02461 AC068137.2-201ENST00000605408 478 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
COL3A1P02461 AL078644.1-201ENST00000609881 752 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
COL3A1P02461 FOXP4-203ENST00000373060 5948 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL3A1P02461 FOXP4-204ENST00000373063 5910 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL3A1P02461 ZNF140-210ENST00000544426 2340 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL3A1P02461 R3HDML-201ENST00000217043 1377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
COL3A1P02461 MAT2A-202ENST00000409017 1927 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
COL3A1P02461 F12-201ENST00000253496 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
COL3A1P02461 NADK-201ENST00000341426 3235 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
COL3A1P02461 PHGDH-208ENST00000641023 2096 ntAPPRIS P1 BASIC22.72■■□□□ 1.23
COL3A1P02461 AP003071.5-201ENST00000641568 2695 ntAPPRIS P1 BASIC22.72■■□□□ 1.23
COL3A1P02461 MRFAP1-205ENST00000617365 2112 ntTSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
COL3A1P02461 ECE2-205ENST00000404464 3229 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
COL3A1P02461 HOXA2-201ENST00000222718 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
COL3A1P02461 FNDC11-202ENST00000370098 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
COL3A1P02461 AC007193.2-201ENST00000596807 472 ntTSL 3 BASIC22.72■■□□□ 1.23
COL3A1P02461 LINC01128-210ENST00000609139 455 ntTSL 3 BASIC22.72■■□□□ 1.23
COL3A1P02461 CBS-201ENST00000352178 2583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL3A1P02461 IFFO1-201ENST00000336604 2686 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL3A1P02461 LEMD2-214ENST00000614475 2883 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL3A1P02461 EED-202ENST00000327320 2033 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL3A1P02461 AL162586.1-201ENST00000439298 2055 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL3A1P02461 PCDHB18P-201ENST00000524813 2368 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
COL3A1P02461 RAB11FIP5-201ENST00000258098 4342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL3A1P02461 LUC7L2-202ENST00000354926 2645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL3A1P02461 FENDRR-206ENST00000599749 2843 ntTSL 3 BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL3A1P02461 RAMP1-201ENST00000254661 910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 65.3 ms