Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 AFDN-202ENST00000351017 5823 ntTSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 TPT1-AS1-215ENST00000522673 1519 ntTSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 SNX19-207ENST00000528555 1506 ntTSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 STX10-201ENST00000242770 1099 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 NEK7-201ENST00000367383 586 ntTSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 PTTG1-202ENST00000393964 1070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 LINC01485-205ENST00000523617 586 ntTSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 BRF1-219ENST00000551787 824 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 STXBP2-222ENST00000612033 1188 ntTSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 ZNF445-205ENST00000617032 1291 ntTSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 TRABD-201ENST00000303434 2329 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 CLDN4-201ENST00000340958 1831 ntAPPRIS P1 BASIC21.47■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 RAB7A-203ENST00000482525 1589 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 GATB-213ENST00000515812 1893 ntTSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 ATP6V0E2-202ENST00000425642 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 GNE-204ENST00000539208 2190 ntTSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 R3HDML-201ENST00000217043 1377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 ELOC-209ENST00000602840 2780 ntTSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 CHRM2-201ENST00000320658 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 ADCY1-202ENST00000432715 1693 ntTSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 INTS10-201ENST00000397977 2804 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 CCDC94-201ENST00000262962 1434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 IL2RG-202ENST00000374188 1432 ntTSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 LZTS2-202ENST00000370223 2883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 HECTD2-203ENST00000371681 2175 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 CXXC1P1-201ENST00000483225 1897 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 MRNIP-201ENST00000292586 1238 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 BAX-203ENST00000354470 433 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 PIK3CD-AS2-201ENST00000415330 939 ntTSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 BX276092.7-202ENST00000422194 696 ntTSL 3 BASIC21.46■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 Z97056.1-201ENST00000433230 556 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 ADH5P3-201ENST00000433842 1137 ntBASIC21.46■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 DARS-AS1-203ENST00000438432 768 ntTSL 3 BASIC21.46■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 AC140658.5-201ENST00000438532 169 ntBASIC21.46■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 NMU-203ENST00000507338 658 ntTSL 3 BASIC21.46■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 AP000344.2-201ENST00000512987 629 ntBASIC21.46■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 CCND1-203ENST00000536559 553 ntTSL 3 BASIC21.46■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 MARVELD3-206ENST00000567566 850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 AC027796.2-201ENST00000575326 344 ntBASIC21.46■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 FXYD1-208ENST00000589209 428 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 RAMP2-205ENST00000589683 858 ntTSL 3 BASIC21.46■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 LINC01128-208ENST00000608189 824 ntTSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 FXYD1-211ENST00000612146 690 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.46■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 AC105339.1-204ENST00000636249 355 ntBASIC21.46■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 GRIN1-208ENST00000371561 5149 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 HOXC6-202ENST00000394331 2943 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 HS3ST2-201ENST00000261374 2314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 GNAZ-203ENST00000615612 3333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 COTL1-203ENST00000564057 1677 ntTSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 KMT5B-201ENST00000304363 5837 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 MAGI2-201ENST00000354212 6880 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 SLC22A5-203ENST00000435065 1746 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 STPG3-AS1-201ENST00000612170 1701 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 TXNRD2-203ENST00000400519 3155 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 HARS-203ENST00000431330 1774 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 HYAL3-205ENST00000450982 1402 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 KCNK9-203ENST00000520439 1441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 HMOX2-217ENST00000619528 1829 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 MXRA8-202ENST00000342753 2231 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 ST6GALNAC6-201ENST00000291839 2280 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
TRIM28Q13263 GMPPA-202ENST00000341142 1524 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
TRIM28Q13263 TCIRG1-213ENST00000532635 2457 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
TRIM28Q13263 TMEM205-202ENST00000447337 916 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
TRIM28Q13263 SFTPC-204ENST00000520605 519 ntTSL 3 BASIC21.45■■□□□ 1.02
TRIM28Q13263 SFTPC-210ENST00000524255 681 ntTSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
TRIM28Q13263 MIR4515-201ENST00000584082 81 ntBASIC21.45■■□□□ 1.02
TRIM28Q13263 AC104971.3-201ENST00000589794 335 ntTSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
TRIM28Q13263 PRELID3A-208ENST00000590956 777 ntTSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
TRIM28Q13263 TBX18-206ENST00000606784 1230 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
TRIM28Q13263 AC244153.1-202ENST00000617855 482 ntTSL 3 BASIC21.45■■□□□ 1.02
TRIM28Q13263 ITPKB-203ENST00000429204 6162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
TRIM28Q13263 DOK4-218ENST00000569548 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
TRIM28Q13263 FAM222A-202ENST00000538780 3294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
TRIM28Q13263 RAVER2-201ENST00000294428 4398 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
TRIM28Q13263 WDR25-202ENST00000402312 1969 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
TRIM28Q13263 ZCCHC23-201ENST00000500526 1951 ntTSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
TRIM28Q13263 PPARD-202ENST00000337400 2041 ntTSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
TRIM28Q13263 JPT1-209ENST00000482348 1614 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
TRIM28Q13263 HMGA1-205ENST00000447654 2159 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
TRIM28Q13263 CLASRP-201ENST00000221455 2234 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
TRIM28Q13263 FAM53C-202ENST00000434981 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
TRIM28Q13263 RUSC1-209ENST00000471876 1749 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
TRIM28Q13263 POC1A-203ENST00000474012 1760 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
TRIM28Q13263 ANKRD6-204ENST00000447838 2968 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
TRIM28Q13263 TECR-201ENST00000215567 1171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
TRIM28Q13263 ROPN1L-201ENST00000274134 1066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
TRIM28Q13263 TMEM179B-201ENST00000333449 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
TRIM28Q13263 CRLF2-202ENST00000381567 1013 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
TRIM28Q13263 FAM181A-205ENST00000557719 1072 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
TRIM28Q13263 AC027612.4-201ENST00000605371 583 ntBASIC21.44■■□□□ 1.02
TRIM28Q13263 BSG-214ENST00000614867 960 ntTSL 3 BASIC21.44■■□□□ 1.02
TRIM28Q13263 GCDH-201ENST00000222214 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
TRIM28Q13263 RSPO4-201ENST00000217260 2707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
TRIM28Q13263 LYSMD4-201ENST00000332728 2847 ntTSL 4 BASIC21.44■■□□□ 1.02
TRIM28Q13263 DCLK1-203ENST00000379892 2101 ntTSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
TRIM28Q13263 CDKN2C-201ENST00000262662 2904 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
TRIM28Q13263 CLDN7-201ENST00000360325 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
TRIM28Q13263 ARFRP1-212ENST00000618838 1623 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
TRIM28Q13263 TPR-209ENST00000613151 2478 ntTSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
TRIM28Q13263 CBWD1-201ENST00000314367 1771 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
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