Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 IFNL4-204ENST00000634967 1493 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 MBD1-204ENST00000347968 3091 ntTSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 ARID5A-203ENST00000454558 3079 ntTSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 REEP4-201ENST00000306306 1710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 GRK6-202ENST00000355958 1789 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 SIGLEC10-204ENST00000436984 1776 ntTSL 2 BASIC15.82■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 LIN28B-AS1-203ENST00000636682 1797 ntTSL 3 BASIC15.82■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 FMR1-207ENST00000439526 3699 ntTSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 PILRB-208ENST00000452089 2099 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.82■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 AC126763.1-201ENST00000552015 2118 ntBASIC15.82■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 KLHDC10-201ENST00000335420 6437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 CHST8-201ENST00000262622 2479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 PPP2R2B-206ENST00000453001 2569 ntTSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 VSX2-201ENST00000261980 2995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 SLC19A2-202ENST00000367804 2976 ntTSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 ELF2-204ENST00000394235 4012 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.81■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 LAMTOR5-201ENST00000256644 868 ntTSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 ZDHHC2-201ENST00000262096 6377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 NABP2-201ENST00000267023 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 PPP1R7-202ENST00000272983 1954 ntTSL 2 BASIC15.81■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 CHST11-201ENST00000303694 5709 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 AC135776.1-201ENST00000319817 2481 ntBASIC15.81■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 DKK3-201ENST00000326932 2636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 S100A16-204ENST00000368706 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 ACP6-201ENST00000392988 1555 ntTSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 RPL13P5-203ENST00000421824 845 ntTSL 3 BASIC15.81■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 PIP4K2C-202ENST00000422156 1558 ntTSL 2 BASIC15.81■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 RPS2P1-201ENST00000434010 821 ntBASIC15.81■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 ABCB8-211ENST00000477092 1596 ntTSL 5 BASIC15.81■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 LAMTOR5-204ENST00000483260 694 ntTSL 2 BASIC15.81■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 PPP2R2C-206ENST00000507294 1667 ntTSL 2 BASIC15.81■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 ZNF264-202ENST00000536056 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 AP002770.1-201ENST00000540547 428 ntTSL 4 BASIC15.81■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 ZNF211-211ENST00000541801 2629 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.81■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 NFATC4-222ENST00000555590 2830 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 AC105339.3-201ENST00000560043 636 ntBASIC15.81■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 PSMD8-207ENST00000592035 1581 ntTSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 SIGLEC16-201ENST00000599858 1437 ntBASIC15.81■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 LAMTOR5-206ENST00000602318 634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 ACYP2-209ENST00000607452 831 ntTSL 2 BASIC15.81■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 NOMO2-212ENST00000622306 4252 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 STK39-201ENST00000355999 3820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 AGO4-201ENST00000373210 7116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 NCOA5-201ENST00000290231 3220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 SLC8B1-210ENST00000550047 2493 ntTSL 2 BASIC15.8■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 PIGW-204ENST00000614443 2312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 HCK-202ENST00000375852 2082 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 ZBTB32-201ENST00000262630 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 ST3GAL6-214ENST00000483910 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 CLUH-201ENST00000435359 5224 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.8■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 KLF3-201ENST00000261438 5122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 EEPD1-201ENST00000242108 4765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 TMUB2-213ENST00000589856 1505 ntTSL 2 BASIC15.8■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 AP001273.2-201ENST00000638767 2993 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.8■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 PROK1-201ENST00000271331 1338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 COLEC11-202ENST00000349077 1259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 C6orf48-203ENST00000375638 847 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.8■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 C6orf48-207ENST00000375642 962 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.8■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 GAR1-202ENST00000394631 1011 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 UBE2J2-204ENST00000400929 1057 ntTSL 3 BASIC15.8■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 C2orf49-202ENST00000410049 854 ntTSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 AL591424.1-201ENST00000442569 1213 ntBASIC15.8■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 AC091180.3-201ENST00000506504 963 ntTSL 3 BASIC15.8■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 IGHV3-22-201ENST00000520721 359 ntBASIC15.8■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 BEAN1-203ENST00000561796 1078 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 TMEM220-AS1-202ENST00000580899 561 ntTSL 4 BASIC15.8■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 AC025062.2-201ENST00000605477 670 ntBASIC15.8■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 TEX264-216ENST00000614067 1174 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.8■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 LCE1E-203ENST00000619588 267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.8■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 GDF7-201ENST00000272224 9749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 RCC1-202ENST00000373832 2424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 SOST-201ENST00000301691 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 ARMC10-209ENST00000454559 2347 ntTSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 SLC47A2-202ENST00000350657 2285 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 FOXD4L4-201ENST00000377413 2230 ntAPPRIS P1 BASIC15.8■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 SLC35F5-201ENST00000245680 4412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 MFSD2A-202ENST00000372811 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 HYOU1-212ENST00000532519 2162 ntTSL 5 BASIC15.8■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 WSCD1-209ENST00000574232 2129 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.8■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 GYPC-202ENST00000356887 2067 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 NOL4L-205ENST00000375678 2042 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.8■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 C14orf180-202ENST00000410013 2009 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 NAT9-201ENST00000357814 1875 ntTSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 SH3BP5-203ENST00000408919 1880 ntTSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 ZNF668-201ENST00000300849 2762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 KCTD20-210ENST00000536244 5345 ntTSL 2 BASIC15.8■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 SPECC1-203ENST00000395525 2536 ntTSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 TOM1L1-204ENST00000570371 2442 ntTSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 GPANK1-201ENST00000375893 1598 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 FAM109A-204ENST00000548163 2317 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 C11orf68-203ENST00000530188 1528 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 MIDN-201ENST00000300952 3790 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 VOPP1-201ENST00000285279 2962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 AC138028.1-201ENST00000333666 2137 ntTSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 AC008764.6-201ENST00000595909 2069 ntBASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 C16orf70-208ENST00000569600 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 FAM49B-214ENST00000519540 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 CLN3-216ENST00000565316 1318 ntTSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 WWC1-201ENST00000265293 7130 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 NPB-201ENST00000333383 704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.6 ms