Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 IGHV3-62-201ENST00000520057 340 ntBASIC23.05■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 LINC01089-211ENST00000543334 1282 ntTSL 4 BASIC23.05■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 STX17-212ENST00000534052 2424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 LYSMD4-202ENST00000344791 2885 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 AL590787.1-201ENST00000568856 1315 ntBASIC23.05■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 PSRC1-203ENST00000369907 1717 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 PSRC1-206ENST00000409267 1730 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 EOMES-202ENST00000449599 2829 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 TMEM177-201ENST00000272521 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 NECAB1-201ENST00000417640 5289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 GPR35-201ENST00000319838 2249 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 FAM129C-201ENST00000332386 2222 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 UMOD-203ENST00000396138 2399 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 SNX1-208ENST00000559844 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 RAB11FIP2-201ENST00000355624 6061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 PSMA8-203ENST00000415576 1280 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 PTPA-213ENST00000419582 952 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 AC097493.3-201ENST00000509725 367 ntBASIC23.04■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 AC069120.2-201ENST00000524091 540 ntBASIC23.04■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 ZNF606-202ENST00000546715 636 ntTSL 4 BASIC23.04■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 COQ6-210ENST00000554920 649 ntTSL 3 BASIC23.04■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 AC026150.2-201ENST00000564693 1156 ntBASIC23.04■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 MZF1-202ENST00000594108 1110 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 AL158211.3-201ENST00000607385 239 ntBASIC23.04■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 RAB34-224ENST00000636513 888 ntTSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 FBXO24-201ENST00000241071 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 MBL1P-201ENST00000480805 1424 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 PRSS36-202ENST00000418068 2446 ntTSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 IL18BP-214ENST00000620017 1566 ntTSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 SDCBP-201ENST00000260130 2167 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 OBSL1-203ENST00000373876 5503 ntTSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 EFR3A-201ENST00000254624 5438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 CCNA1-202ENST00000440264 1758 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 MAEA-219ENST00000514708 1945 ntTSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 PGS1-201ENST00000262764 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 DENND1A-203ENST00000373624 5010 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 KIF21B-203ENST00000422435 5519 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 DMWD-201ENST00000270223 3305 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 MED9-201ENST00000268711 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 PNKD-201ENST00000248451 758 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 CMTM2-202ENST00000379486 904 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 FYCO1-203ENST00000438446 1072 ntTSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 KRT17P7-201ENST00000451704 1104 ntBASIC23.03■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 AC108047.1-201ENST00000457407 404 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 COQ9-214ENST00000567933 882 ntTSL 3 BASIC23.03■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 AC092070.4-201ENST00000599803 507 ntTSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 ZNF398-202ENST00000475153 2860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 PHGDH-209ENST00000641074 1780 ntBASIC23.03■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 YTHDF3-214ENST00000621890 2296 ntTSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 SHANK1-202ENST00000359082 6459 ntTSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 SOX11-201ENST00000322002 8719 ntAPPRIS P1 BASIC23.03■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 CPEB2-202ENST00000345451 2013 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 PCBP3-206ENST00000400314 2202 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 JAKMIP1-201ENST00000282924 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 CDH23-212ENST00000616684 4814 ntTSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 TCTA-201ENST00000273590 2146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 FCMR-201ENST00000367091 1950 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 USP21-201ENST00000289865 2195 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 SRP19-201ENST00000282999 937 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 COX5BP8-201ENST00000416911 349 ntBASIC23.02■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 SPDYE7P-202ENST00000420373 878 ntBASIC23.02■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 SPDYE2-202ENST00000432940 1209 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 SPDYE2B-201ENST00000436228 1209 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 RPSAP31-202ENST00000445165 716 ntTSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 SPDYE5-201ENST00000455862 1209 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 DUTP2-201ENST00000519164 463 ntBASIC23.02■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 WASHC3-213ENST00000545679 865 ntTSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 RARRES2P8-201ENST00000566335 367 ntBASIC23.02■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 SBK3-202ENST00000612221 1270 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 FAM198A-202ENST00000430121 3121 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 TMPRSS12-201ENST00000398458 1450 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 NUAK1-201ENST00000261402 6828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 PCDHA2-203ENST00000526136 5254 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 EIF4A1-203ENST00000577269 1319 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 AL139398.1-201ENST00000638795 1529 ntTSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 ZNF296-201ENST00000303809 1744 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 GOLGA7-202ENST00000405786 1903 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 TNFSF11-203ENST00000398795 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 TCTEX1D1-201ENST00000282670 2001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 NF2-203ENST00000353887 1845 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 ABHD14B-203ENST00000395008 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 CPEB2-AS1-201ENST00000500394 1630 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 SULT1A1-204ENST00000395609 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 CYP51A1P2-201ENST00000419457 1499 ntBASIC23.01■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 CASR-204ENST00000638421 5088 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 ALG5-201ENST00000239891 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 GRHPR-201ENST00000318158 1280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 C9orf24-204ENST00000379127 596 ntTSL 3 BASIC23.01■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 PIN1P1-201ENST00000412108 996 ntBASIC23.01■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 SPCS2P4-201ENST00000436160 681 ntBASIC23.01■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 INS-205ENST00000512523 297 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 MRPL52-208ENST00000553711 586 ntTSL 3 BASIC23.01■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 SPDYE22P-201ENST00000582158 798 ntBASIC23.01■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 AC087645.2-201ENST00000586321 799 ntTSL 3 BASIC23.01■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 MIR6080-201ENST00000617359 66 ntBASIC23.01■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 SRP9-204ENST00000619790 377 ntTSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 GAREM2-201ENST00000401533 4161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 PCDHGB3-202ENST00000618934 2445 ntAPPRIS P1 BASIC23.01■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 COMMD5-202ENST00000402718 1305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 ADRA1A-202ENST00000354550 1765 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 47.1 ms