Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 AC099522.2-201ENST00000607001 744 ntBASIC22.98■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 ZNF580-202ENST00000543039 1707 ntAPPRIS P1 BASIC22.98■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 PPP2R2C-209ENST00000515571 1832 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 DEPTOR-203ENST00000523492 1397 ntTSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 FBXL15-201ENST00000224862 2362 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 NKAIN4-202ENST00000370313 1421 ntTSL 3 BASIC22.98■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 AHRR-209ENST00000512529 1912 ntTSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 FBP1-201ENST00000375326 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 HDAC10-202ENST00000349505 1950 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 RAI14-201ENST00000265109 5092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 SNX19-207ENST00000528555 1506 ntTSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 SIGIRR-201ENST00000332725 1639 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 GNAZ-203ENST00000615612 3333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 CTTN-203ENST00000376561 2247 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 AHRR-204ENST00000506456 2350 ntTSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 CBX2-201ENST00000269399 1061 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 AC018685.2-201ENST00000414065 547 ntTSL 4 BASIC22.97■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 HLA-J-203ENST00000494367 1087 ntBASIC22.97■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 AC112191.1-201ENST00000523689 701 ntBASIC22.97■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 FAM181A-205ENST00000557719 1072 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 APOA5-203ENST00000542499 1929 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 ZNF211-211ENST00000541801 2629 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.97■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 TCTN1-229ENST00000614115 1965 ntTSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 C2orf27A-205ENST00000624391 1335 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 MBL1P-201ENST00000480805 1424 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 SIRT6-203ENST00000594279 1507 ntTSL 3 BASIC22.97■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 ZFAND6-201ENST00000261749 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 SLC9A6-202ENST00000370698 4631 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 UBTF-202ENST00000343638 4684 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 PRELID3A-209ENST00000592149 2001 ntTSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 TCF25-225ENST00000614813 2047 ntTSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 GTF3C5-202ENST00000372097 2406 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 CBS-203ENST00000398158 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 CBSL-206ENST00000624406 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 CD99L2-202ENST00000355149 1278 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 HRAS-204ENST00000417302 1233 ntTSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 HRAS-205ENST00000451590 1151 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 AL022341.1-201ENST00000455294 389 ntTSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 AC109322.1-201ENST00000524499 1264 ntBASIC22.96■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 AC093520.2-201ENST00000561830 333 ntBASIC22.96■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 MIR3197-201ENST00000582241 73 ntBASIC22.96■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 ICAM4-203ENST00000393717 1390 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 PSMC5-202ENST00000375812 1494 ntTSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 PLEKHH3-204ENST00000591022 2983 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 HNRNPRP1-201ENST00000453465 1695 ntBASIC22.96■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 TBXAS1-202ENST00000411653 1792 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 FERMT2-204ENST00000399304 2082 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 LRRC27-203ENST00000368613 2113 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 SEMA3B-209ENST00000456560 2221 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 ZNF517-201ENST00000359971 2335 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.96■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 ECE1-203ENST00000374893 2484 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 ZNF398-202ENST00000475153 2860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 BIRC7-201ENST00000217169 1368 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
HOXC9P31274 FCGRT-201ENST00000221466 1798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
HOXC9P31274 FOXI1-201ENST00000306268 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
HOXC9P31274 NKX2-6-201ENST00000325017 906 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
HOXC9P31274 PLEKHM2-202ENST00000375799 4122 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
HOXC9P31274 MIR770-201ENST00000390219 98 ntBASIC22.95■■□□□ 1.26
HOXC9P31274 FBXL20-202ENST00000394294 2309 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
HOXC9P31274 ARPC4-201ENST00000397261 2582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
HOXC9P31274 GRAP2-202ENST00000407075 1304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
HOXC9P31274 AL109613.1-202ENST00000427243 639 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
HOXC9P31274 HARS-203ENST00000431330 1774 ntTSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
HOXC9P31274 FAM153A-203ENST00000440605 1966 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
HOXC9P31274 RNASET2-206ENST00000476238 887 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.26
HOXC9P31274 NMU-203ENST00000507338 658 ntTSL 3 BASIC22.95■■□□□ 1.26
HOXC9P31274 CCND3-213ENST00000510503 1257 ntTSL 3 BASIC22.95■■□□□ 1.26
HOXC9P31274 LEPROTL1-203ENST00000518001 589 ntTSL 4 BASIC22.95■■□□□ 1.26
HOXC9P31274 AC103736.1-203ENST00000524565 872 ntTSL 3 BASIC22.95■■□□□ 1.26
HOXC9P31274 THAP3-201ENST00000054650 1366 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
HOXC9P31274 LYPD5-203ENST00000594013 1519 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
HOXC9P31274 RAB9A-203ENST00000618931 737 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
HOXC9P31274 SELENOH-206ENST00000622257 1291 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.26
HOXC9P31274 AC244517.11-201ENST00000624192 573 ntTSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.26
HOXC9P31274 PAPD5-203ENST00000561678 2916 ntTSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.26
HOXC9P31274 LRRC45-201ENST00000306688 2701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
HOXC9P31274 PDHX-203ENST00000448838 2653 ntTSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.26
HOXC9P31274 C1QTNF1-201ENST00000311661 2624 ntTSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
HOXC9P31274 SCYL1-203ENST00000420247 2583 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
HOXC9P31274 RCAN3-209ENST00000616511 2527 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
HOXC9P31274 SLC44A3-201ENST00000271227 2388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
HOXC9P31274 CRTC1-203ENST00000594658 2384 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
HOXC9P31274 GRM5-201ENST00000305432 4475 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
HOXC9P31274 ERMARD-210ENST00000588451 2146 ntTSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
HOXC9P31274 ALDH3A1-206ENST00000457500 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
HOXC9P31274 LRPPRC-203ENST00000409946 1848 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
HOXC9P31274 CABP7-201ENST00000216144 3259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
HOXC9P31274 WTAP-205ENST00000614346 1623 ntTSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
HOXC9P31274 SIT1-204ENST00000618781 1317 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
HOXC9P31274 AC008764.1-201ENST00000409035 2567 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
HOXC9P31274 AL355306.1-201ENST00000415580 579 ntBASIC22.94■■□□□ 1.26
HOXC9P31274 AC140658.5-201ENST00000438532 169 ntBASIC22.94■■□□□ 1.26
HOXC9P31274 AC023141.5-201ENST00000458585 616 ntBASIC22.94■■□□□ 1.26
HOXC9P31274 EEF1E1-205ENST00000507463 654 ntTSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
HOXC9P31274 AC024230.1-201ENST00000511431 889 ntTSL 3 BASIC22.94■■□□□ 1.26
HOXC9P31274 CTBP1-AS2-204ENST00000514984 533 ntTSL 4 BASIC22.94■■□□□ 1.26
HOXC9P31274 AC138304.1-201ENST00000563841 424 ntTSL 3 BASIC22.94■■□□□ 1.26
HOXC9P31274 SHKBP1-201ENST00000291842 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
HOXC9P31274 BMP2K-208ENST00000628286 3848 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
HOXC9P31274 NFS1-202ENST00000374085 2645 ntTSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 46.6 ms