Protein–RNA interactions for Protein: Q9NXS3

KLHL28, Kelch-like protein 28, humanhuman

Predictions only

Length 571 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
KLHL28Q9NXS3 SMYD3-204ENST00000403792 1209 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
KLHL28Q9NXS3 AL603832.1-201ENST00000421943 449 ntTSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
KLHL28Q9NXS3 UBE2E1-AS1-201ENST00000426702 778 ntTSL 3 BASIC16.38■□□□□ 0.21
KLHL28Q9NXS3 AC099669.1-201ENST00000457331 456 ntTSL 3 BASIC16.38■□□□□ 0.21
KLHL28Q9NXS3 AC092597.1-201ENST00000487352 616 ntBASIC16.38■□□□□ 0.21
KLHL28Q9NXS3 TFF3-204ENST00000518498 1109 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
KLHL28Q9NXS3 AC092118.1-202ENST00000568697 718 ntTSL 3 BASIC16.38■□□□□ 0.21
KLHL28Q9NXS3 BANP-227ENST00000626016 2144 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
KLHL28Q9NXS3 BEST2-202ENST00000549706 2183 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
KLHL28Q9NXS3 PHKA1-202ENST00000373539 4476 ntTSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
KLHL28Q9NXS3 RASGRF1-202ENST00000419573 6294 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
KLHL28Q9NXS3 DYRK1B-203ENST00000430012 2007 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
KLHL28Q9NXS3 IL27RA-201ENST00000263379 2962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
KLHL28Q9NXS3 NKX2-2-201ENST00000377142 2092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
KLHL28Q9NXS3 BFSP1-201ENST00000377868 2063 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
KLHL28Q9NXS3 CROCCP2-202ENST00000412962 2773 ntBASIC16.38■□□□□ 0.21
KLHL28Q9NXS3 PKD1P5-201ENST00000532415 10291 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
KLHL28Q9NXS3 CDH24-201ENST00000267383 2873 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
KLHL28Q9NXS3 REXO1L11P-201ENST00000620964 1927 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
KLHL28Q9NXS3 DIDO1-201ENST00000266070 8574 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
KLHL28Q9NXS3 CARNS1-201ENST00000307823 3942 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
KLHL28Q9NXS3 MAGEA6-201ENST00000329342 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
KLHL28Q9NXS3 MAGEA3-201ENST00000370278 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
KLHL28Q9NXS3 PTCHD3-202ENST00000622555 1720 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
KLHL28Q9NXS3 CDS1-201ENST00000295887 4461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
KLHL28Q9NXS3 CYTH2-204ENST00000452733 4780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
KLHL28Q9NXS3 LMNA-205ENST00000368299 2253 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
KLHL28Q9NXS3 HBZP1-201ENST00000354915 429 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
KLHL28Q9NXS3 IPPK-202ENST00000375522 882 ntTSL 3 BASIC16.37■□□□□ 0.21
KLHL28Q9NXS3 CRELD2-204ENST00000407217 1230 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
KLHL28Q9NXS3 LINC01315-202ENST00000424852 1142 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
KLHL28Q9NXS3 TOLLIP-AS1-201ENST00000530897 939 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
KLHL28Q9NXS3 AP003396.3-201ENST00000530918 778 ntTSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
KLHL28Q9NXS3 ISCU-208ENST00000539593 1071 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
KLHL28Q9NXS3 SPEG-225ENST00000617028 815 ntTSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
KLHL28Q9NXS3 CPEB2-201ENST00000259997 5612 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
KLHL28Q9NXS3 RWDD4-202ENST00000327570 2590 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC16.37■□□□□ 0.21
KLHL28Q9NXS3 AC026954.2-202ENST00000575474 2571 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
KLHL28Q9NXS3 RREB1-204ENST00000379938 8778 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
KLHL28Q9NXS3 LTV1-201ENST00000367576 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
KLHL28Q9NXS3 ABHD14B-203ENST00000395008 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
KLHL28Q9NXS3 ZNF644-201ENST00000337393 5763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
KLHL28Q9NXS3 DYM-201ENST00000269445 5049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
KLHL28Q9NXS3 WDR13-201ENST00000218056 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
KLHL28Q9NXS3 COL2A1-202ENST00000380518 5071 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
KLHL28Q9NXS3 NAT9-201ENST00000357814 1875 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
KLHL28Q9NXS3 AC004890.2-201ENST00000426347 2419 ntTSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
KLHL28Q9NXS3 RSBN1-205ENST00000615321 2418 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
KLHL28Q9NXS3 OPRK1-202ENST00000520287 1602 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
KLHL28Q9NXS3 AC106820.2-201ENST00000563775 3264 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
KLHL28Q9NXS3 SCAP-201ENST00000265565 4394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
KLHL28Q9NXS3 STXBP3-201ENST00000370008 2478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
KLHL28Q9NXS3 NSMF-204ENST00000371473 3556 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
KLHL28Q9NXS3 PSENEN-202ENST00000587708 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
KLHL28Q9NXS3 GABARAPL1-201ENST00000266458 1957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
KLHL28Q9NXS3 SSB-201ENST00000260956 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
KLHL28Q9NXS3 ZNF48-205ENST00000613509 3339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
KLHL28Q9NXS3 TSNARE1-204ENST00000519651 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
KLHL28Q9NXS3 HADHB-208ENST00000537713 2142 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
KLHL28Q9NXS3 HOXA2-201ENST00000222718 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
KLHL28Q9NXS3 KMT5A-201ENST00000330479 3069 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
KLHL28Q9NXS3 C6orf47-202ENST00000375911 2475 ntAPPRIS P1 BASIC16.36■□□□□ 0.21
KLHL28Q9NXS3 RGPD8-201ENST00000302558 5576 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
KLHL28Q9NXS3 THNSL2-203ENST00000377254 1560 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
KLHL28Q9NXS3 ODF2-204ENST00000372814 2249 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
KLHL28Q9NXS3 HOPX-201ENST00000317745 1129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
KLHL28Q9NXS3 FAM187B-201ENST00000324675 1184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
KLHL28Q9NXS3 IGHGP-201ENST00000390555 1178 ntBASIC16.36■□□□□ 0.21
KLHL28Q9NXS3 DARS-AS1-202ENST00000419808 772 ntTSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
KLHL28Q9NXS3 AC093585.1-201ENST00000425183 428 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
KLHL28Q9NXS3 AC092159.3-201ENST00000439196 571 ntTSL 4 BASIC16.36■□□□□ 0.21
KLHL28Q9NXS3 SPDYE13P-201ENST00000445314 798 ntBASIC16.36■□□□□ 0.21
KLHL28Q9NXS3 AC106771.1-201ENST00000502209 372 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
KLHL28Q9NXS3 CLDN7-204ENST00000571881 735 ntTSL 3 BASIC16.36■□□□□ 0.21
KLHL28Q9NXS3 LINC00092-202ENST00000580908 580 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
KLHL28Q9NXS3 LIMD2-211ENST00000583211 1298 ntTSL 3 BASIC16.36■□□□□ 0.21
KLHL28Q9NXS3 MIR2117HG-201ENST00000588060 506 ntTSL 4 BASIC16.36■□□□□ 0.21
KLHL28Q9NXS3 NDUFV2-AS1-203ENST00000608008 779 ntBASIC16.36■□□□□ 0.21
KLHL28Q9NXS3 SETD3-209ENST00000630307 1281 ntTSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
KLHL28Q9NXS3 HSPB9-201ENST00000565659 1922 ntAPPRIS P1 BASIC16.36■□□□□ 0.21
KLHL28Q9NXS3 RAD51-203ENST00000423169 1611 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
KLHL28Q9NXS3 ALDH3B1-204ENST00000614849 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
KLHL28Q9NXS3 DDX1-207ENST00000617198 2257 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
KLHL28Q9NXS3 NEK10-202ENST00000341435 2638 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
KLHL28Q9NXS3 NFS1-202ENST00000374085 2645 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
KLHL28Q9NXS3 DNASE1L2-201ENST00000320700 1326 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
KLHL28Q9NXS3 ZACN-201ENST00000334586 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
KLHL28Q9NXS3 MMAB-204ENST00000537236 1342 ntTSL 3 BASIC16.36■□□□□ 0.21
KLHL28Q9NXS3 STAT5A-201ENST00000345506 4301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
KLHL28Q9NXS3 ATXN7-210ENST00000487717 3683 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
KLHL28Q9NXS3 YKT6-201ENST00000223369 2696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
KLHL28Q9NXS3 FBXO21-208ENST00000622495 6040 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
KLHL28Q9NXS3 U2AF2-201ENST00000308924 1698 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
KLHL28Q9NXS3 LOXL3-205ENST00000409986 2005 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
KLHL28Q9NXS3 MTMR14-203ENST00000353332 2368 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
KLHL28Q9NXS3 RDH8-203ENST00000591589 1715 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
KLHL28Q9NXS3 DMRTA2-201ENST00000404795 3137 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
KLHL28Q9NXS3 KRT15-201ENST00000254043 5237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
KLHL28Q9NXS3 ARHGAP44-202ENST00000340825 4211 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
KLHL28Q9NXS3 ARHGAP44-203ENST00000379672 4228 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.6 ms