Protein–RNA interactions for Protein: Q9BRZ2

TRIM56, E3 ubiquitin-protein ligase TRIM56, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 755 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM56Q9BRZ2 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.55
TRIM56Q9BRZ2 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.54
TRIM56Q9BRZ2 PLEKHF2-202ENST00000519516 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.7■■□□□ 1.54
TRIM56Q9BRZ2 SRR-201ENST00000344595 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
TRIM56Q9BRZ2 PICALM-224ENST00000630913 2261 ntTSL 5 BASIC24.7■■□□□ 1.54
TRIM56Q9BRZ2 MYPOP-201ENST00000322217 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
TRIM56Q9BRZ2 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
TRIM56Q9BRZ2 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC24.69■■□□□ 1.54
TRIM56Q9BRZ2 TSPAN13-201ENST00000262067 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
TRIM56Q9BRZ2 TADA2B-201ENST00000310074 4350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
TRIM56Q9BRZ2 YBX2-201ENST00000007699 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
TRIM56Q9BRZ2 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
TRIM56Q9BRZ2 AC113189.4-201ENST00000575331 5553 ntTSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
TRIM56Q9BRZ2 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC24.68■■□□□ 1.54
TRIM56Q9BRZ2 ARHGEF35-201ENST00000378115 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
TRIM56Q9BRZ2 AMH-201ENST00000221496 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
TRIM56Q9BRZ2 TMCO6-201ENST00000252100 1834 ntTSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
TRIM56Q9BRZ2 AFDN-201ENST00000344191 5249 ntTSL 5 BASIC24.67■■□□□ 1.54
TRIM56Q9BRZ2 ZNF821-201ENST00000313565 1874 ntTSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
TRIM56Q9BRZ2 SPOCK3-221ENST00000512648 1456 ntTSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
TRIM56Q9BRZ2 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC24.67■■□□□ 1.54
TRIM56Q9BRZ2 MED25-210ENST00000612854 801 ntTSL 5 BASIC24.67■■□□□ 1.54
TRIM56Q9BRZ2 MED25-213ENST00000620467 1293 ntTSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
TRIM56Q9BRZ2 MED25-214ENST00000622402 642 ntTSL 5 BASIC24.67■■□□□ 1.54
TRIM56Q9BRZ2 CABP1-202ENST00000316803 1658 ntTSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
TRIM56Q9BRZ2 PORCN-202ENST00000355961 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
TRIM56Q9BRZ2 P2RX4-203ENST00000359949 1836 ntTSL 5 BASIC24.66■■□□□ 1.54
TRIM56Q9BRZ2 CACNA1H-201ENST00000348261 8208 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
TRIM56Q9BRZ2 SLC16A11-202ENST00000447225 1779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.66■■□□□ 1.54
TRIM56Q9BRZ2 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
TRIM56Q9BRZ2 HAS1-205ENST00000601714 2086 ntTSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
TRIM56Q9BRZ2 EPB41L4A-AS2-201ENST00000623705 1396 ntBASIC24.66■■□□□ 1.54
TRIM56Q9BRZ2 RINL-208ENST00000598904 1846 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.65■■□□□ 1.54
TRIM56Q9BRZ2 ZDHHC16-206ENST00000370854 1798 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
TRIM56Q9BRZ2 TBL1X-201ENST00000217964 5871 ntTSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
TRIM56Q9BRZ2 CMPK2-203ENST00000458098 1224 ntTSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
TRIM56Q9BRZ2 CCND3-205ENST00000415497 1843 ntTSL 2 BASIC24.65■■□□□ 1.54
TRIM56Q9BRZ2 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC24.65■■□□□ 1.54
TRIM56Q9BRZ2 KIF13A-207ENST00000502704 1330 ntTSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
TRIM56Q9BRZ2 AL359258.2-201ENST00000564063 1566 ntBASIC24.64■■□□□ 1.54
TRIM56Q9BRZ2 KCNG2-201ENST00000316249 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
TRIM56Q9BRZ2 PEX26-202ENST00000399744 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
TRIM56Q9BRZ2 MAD2L2-201ENST00000235310 1860 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.64■■□□□ 1.53
TRIM56Q9BRZ2 YRDC-201ENST00000373044 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
TRIM56Q9BRZ2 PCYT2-202ENST00000538721 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
TRIM56Q9BRZ2 MXD3-201ENST00000423571 1534 ntTSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
TRIM56Q9BRZ2 MAP3K5-201ENST00000359015 5197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
TRIM56Q9BRZ2 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
TRIM56Q9BRZ2 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
TRIM56Q9BRZ2 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC24.63■■□□□ 1.53
TRIM56Q9BRZ2 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC24.63■■□□□ 1.53
TRIM56Q9BRZ2 SLCO3A1-201ENST00000318445 5115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
TRIM56Q9BRZ2 SPG21-201ENST00000204566 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
TRIM56Q9BRZ2 RAP2A-201ENST00000245304 5487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
TRIM56Q9BRZ2 CCND3-202ENST00000372988 2133 ntTSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
TRIM56Q9BRZ2 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
TRIM56Q9BRZ2 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC24.62■■□□□ 1.53
TRIM56Q9BRZ2 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC24.62■■□□□ 1.53
TRIM56Q9BRZ2 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
TRIM56Q9BRZ2 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.62■■□□□ 1.53
TRIM56Q9BRZ2 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
TRIM56Q9BRZ2 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC24.61■■□□□ 1.53
TRIM56Q9BRZ2 CADPS-203ENST00000383710 5471 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
TRIM56Q9BRZ2 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
TRIM56Q9BRZ2 CEBPA-AS1-201ENST00000592982 2198 ntBASIC24.6■■□□□ 1.53
TRIM56Q9BRZ2 GAL3ST3-203ENST00000527878 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
TRIM56Q9BRZ2 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC24.6■■□□□ 1.53
TRIM56Q9BRZ2 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
TRIM56Q9BRZ2 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC24.6■■□□□ 1.53
TRIM56Q9BRZ2 TBC1D10A-201ENST00000215790 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
TRIM56Q9BRZ2 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
TRIM56Q9BRZ2 SHD-201ENST00000543264 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
TRIM56Q9BRZ2 LAT-201ENST00000354453 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
TRIM56Q9BRZ2 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
TRIM56Q9BRZ2 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC24.59■■□□□ 1.53
TRIM56Q9BRZ2 AL359504.2-201ENST00000605506 1601 ntBASIC24.59■■□□□ 1.53
TRIM56Q9BRZ2 AKT1S1-201ENST00000344175 1760 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.59■■□□□ 1.53
TRIM56Q9BRZ2 WDR86-204ENST00000477459 1428 ntTSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
TRIM56Q9BRZ2 AMIGO1-201ENST00000369862 2229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.53
TRIM56Q9BRZ2 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.53
TRIM56Q9BRZ2 GSK3A-201ENST00000222330 2188 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
TRIM56Q9BRZ2 KAT8-206ENST00000543774 1846 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.57■■□□□ 1.52
TRIM56Q9BRZ2 AC010501.1-201ENST00000606270 1962 ntBASIC24.57■■□□□ 1.52
TRIM56Q9BRZ2 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.57■■□□□ 1.52
TRIM56Q9BRZ2 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC24.57■■□□□ 1.52
TRIM56Q9BRZ2 CYS1-201ENST00000381813 2738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
TRIM56Q9BRZ2 CRIM1-201ENST00000280527 5912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
TRIM56Q9BRZ2 ST6GALNAC2-201ENST00000225276 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
TRIM56Q9BRZ2 FSD1-204ENST00000597590 1634 ntTSL 5 BASIC24.57■■□□□ 1.52
TRIM56Q9BRZ2 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
TRIM56Q9BRZ2 FANCE-201ENST00000229769 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
TRIM56Q9BRZ2 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC24.56■■□□□ 1.52
TRIM56Q9BRZ2 FOXP4-203ENST00000373060 5948 ntTSL 5 BASIC24.56■■□□□ 1.52
TRIM56Q9BRZ2 FOXP4-204ENST00000373063 5910 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
TRIM56Q9BRZ2 MBD3-202ENST00000434436 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
TRIM56Q9BRZ2 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC24.55■■□□□ 1.52
TRIM56Q9BRZ2 NFKBIE-201ENST00000275015 2581 ntTSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
TRIM56Q9BRZ2 ESRRA-203ENST00000406310 2218 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
TRIM56Q9BRZ2 CTU1-201ENST00000421832 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.55■■□□□ 1.52
TRIM56Q9BRZ2 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.1 ms