Protein–RNA interactions for Protein: Q4G0X9

CCDC40, Coiled-coil domain-containing protein 40, humanhuman

Predictions only

Length 1,142 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC40Q4G0X9 TYMP-203ENST00000395680 1608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
CCDC40Q4G0X9 TYMP-204ENST00000395681 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
CCDC40Q4G0X9 PRR5-202ENST00000336985 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
CCDC40Q4G0X9 MAP4K3-211ENST00000484274 407 ntTSL 2 BASIC26.73■■□□□ 1.87
CCDC40Q4G0X9 AC126177.7-201ENST00000547904 679 ntBASIC26.73■■□□□ 1.87
CCDC40Q4G0X9 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC26.73■■□□□ 1.87
CCDC40Q4G0X9 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC26.73■■□□□ 1.87
CCDC40Q4G0X9 AMH-201ENST00000221496 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
CCDC40Q4G0X9 C2CD4D-201ENST00000454109 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.73■■□□□ 1.87
CCDC40Q4G0X9 AL359504.2-201ENST00000605506 1601 ntBASIC26.72■■□□□ 1.87
CCDC40Q4G0X9 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC26.72■■□□□ 1.87
CCDC40Q4G0X9 SNTA1-201ENST00000217381 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
CCDC40Q4G0X9 COMT-204ENST00000403710 1548 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.71■■□□□ 1.87
CCDC40Q4G0X9 MYPOP-201ENST00000322217 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
CCDC40Q4G0X9 FBXL8-201ENST00000258200 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
CCDC40Q4G0X9 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.71■■□□□ 1.87
CCDC40Q4G0X9 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC26.7■■□□□ 1.87
CCDC40Q4G0X9 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
CCDC40Q4G0X9 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
CCDC40Q4G0X9 FSD1-204ENST00000597590 1634 ntTSL 5 BASIC26.68■■□□□ 1.86
CCDC40Q4G0X9 PHYH-201ENST00000263038 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
CCDC40Q4G0X9 REXO4-202ENST00000371942 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
CCDC40Q4G0X9 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
CCDC40Q4G0X9 TSPOAP1-AS1-205ENST00000580022 2337 ntTSL 2 BASIC26.68■■□□□ 1.86
CCDC40Q4G0X9 SLC16A11-202ENST00000447225 1779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.68■■□□□ 1.86
CCDC40Q4G0X9 SP5-201ENST00000375281 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
CCDC40Q4G0X9 SLC15A3-201ENST00000227880 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
CCDC40Q4G0X9 BIN1-211ENST00000409400 2143 ntTSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
CCDC40Q4G0X9 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.67■■□□□ 1.86
CCDC40Q4G0X9 NPAS3-201ENST00000346562 5847 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
CCDC40Q4G0X9 CTBP2-211ENST00000494626 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
CCDC40Q4G0X9 TIMM29-201ENST00000270502 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
CCDC40Q4G0X9 TMEM150A-201ENST00000306353 1484 ntTSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
CCDC40Q4G0X9 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
CCDC40Q4G0X9 PCYT2-202ENST00000538721 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
CCDC40Q4G0X9 ZNF821-201ENST00000313565 1874 ntTSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
CCDC40Q4G0X9 ERN1-208ENST00000606895 2068 ntBASIC26.66■■□□□ 1.86
CCDC40Q4G0X9 IZUMO4-202ENST00000395301 1021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
CCDC40Q4G0X9 RFWD2-201ENST00000308769 2124 ntTSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
CCDC40Q4G0X9 PPP1R14C-201ENST00000361131 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.86
CCDC40Q4G0X9 ZDHHC16-206ENST00000370854 1798 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.86
CCDC40Q4G0X9 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.86
CCDC40Q4G0X9 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.86
CCDC40Q4G0X9 WNT5A-AS1-201ENST00000469484 500 ntTSL 3 BASIC26.64■■□□□ 1.86
CCDC40Q4G0X9 AKT1S1-201ENST00000344175 1760 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.63■■□□□ 1.85
CCDC40Q4G0X9 PEX26-202ENST00000399744 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
CCDC40Q4G0X9 PROCA1-201ENST00000301039 1566 ntTSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
CCDC40Q4G0X9 KLF3-AS1-202ENST00000440181 2368 ntTSL 2 BASIC26.63■■□□□ 1.85
CCDC40Q4G0X9 TMCO6-201ENST00000252100 1834 ntTSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
CCDC40Q4G0X9 YRDC-201ENST00000373044 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
CCDC40Q4G0X9 LAT-201ENST00000354453 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.63■■□□□ 1.85
CCDC40Q4G0X9 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC26.63■■□□□ 1.85
CCDC40Q4G0X9 RSPH1-201ENST00000291536 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
CCDC40Q4G0X9 SH3GL1-201ENST00000269886 2516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
CCDC40Q4G0X9 PACS2-201ENST00000325438 3708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
CCDC40Q4G0X9 SOD3-201ENST00000382120 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
CCDC40Q4G0X9 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
CCDC40Q4G0X9 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC26.62■■□□□ 1.85
CCDC40Q4G0X9 PBX1-202ENST00000367897 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
CCDC40Q4G0X9 TARBP1-201ENST00000040877 5130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
CCDC40Q4G0X9 RABL6-202ENST00000357466 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
CCDC40Q4G0X9 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC26.61■■□□□ 1.85
CCDC40Q4G0X9 FBXL20-203ENST00000577399 1620 ntTSL 5 BASIC26.61■■□□□ 1.85
CCDC40Q4G0X9 ATP6V0A2-209ENST00000613625 1620 ntTSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
CCDC40Q4G0X9 GDF1-201ENST00000247005 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
CCDC40Q4G0X9 CERS1-204ENST00000623882 2517 ntTSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
CCDC40Q4G0X9 NELFB-201ENST00000343053 2698 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
CCDC40Q4G0X9 AC010501.1-201ENST00000606270 1962 ntBASIC26.6■■□□□ 1.85
CCDC40Q4G0X9 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
CCDC40Q4G0X9 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
CCDC40Q4G0X9 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC26.6■■□□□ 1.85
CCDC40Q4G0X9 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
CCDC40Q4G0X9 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
CCDC40Q4G0X9 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
CCDC40Q4G0X9 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
CCDC40Q4G0X9 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
CCDC40Q4G0X9 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
CCDC40Q4G0X9 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
CCDC40Q4G0X9 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
CCDC40Q4G0X9 DDX42-201ENST00000359353 2783 ntTSL 5 BASIC26.6■■□□□ 1.85
CCDC40Q4G0X9 FOXA3-201ENST00000302177 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
CCDC40Q4G0X9 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
CCDC40Q4G0X9 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC26.59■■□□□ 1.85
CCDC40Q4G0X9 CAPN10-208ENST00000404753 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.59■■□□□ 1.85
CCDC40Q4G0X9 HNRNPL-201ENST00000221419 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
CCDC40Q4G0X9 C1QTNF5-202ENST00000528368 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
CCDC40Q4G0X9 DNAH9-209ENST00000579828 1986 ntTSL 2 BASIC26.58■■□□□ 1.85
CCDC40Q4G0X9 IGFBP7-201ENST00000295666 1427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
CCDC40Q4G0X9 KLC1-203ENST00000347839 2271 ntTSL 5 BASIC26.57■■□□□ 1.84
CCDC40Q4G0X9 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.57■■□□□ 1.84
CCDC40Q4G0X9 P2RX4-203ENST00000359949 1836 ntTSL 5 BASIC26.57■■□□□ 1.84
CCDC40Q4G0X9 TM6SF1-204ENST00000379390 1638 ntTSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
CCDC40Q4G0X9 AC020928.2-201ENST00000588717 2197 ntBASIC26.57■■□□□ 1.84
CCDC40Q4G0X9 SNX5-201ENST00000377759 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
CCDC40Q4G0X9 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC26.56■■□□□ 1.84
CCDC40Q4G0X9 HABP4-202ENST00000375251 2304 ntTSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
CCDC40Q4G0X9 ANKRD16-202ENST00000380092 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
CCDC40Q4G0X9 KAT8-206ENST00000543774 1846 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.55■■□□□ 1.84
CCDC40Q4G0X9 TRIM54-201ENST00000296098 2027 ntTSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
CCDC40Q4G0X9 TSPAN13-201ENST00000262067 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 64.9 ms