Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 TMEM106C-203ENST00000449758 1414 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 IL4I1-201ENST00000341114 2349 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 MYO19-225ENST00000621344 1640 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 HYOU1-212ENST00000532519 2162 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 ABHD11-203ENST00000395147 812 ntTSL 3 BASIC22■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 SLC22A18-206ENST00000449793 1225 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 NMU-203ENST00000507338 658 ntTSL 3 BASIC22■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 CIRBP-204ENST00000585630 870 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC22■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 ZNF445-205ENST00000617032 1291 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 PSRC1-205ENST00000409138 1826 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 SOX4-201ENST00000244745 5852 ntAPPRIS P1 BASIC22■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 AGPAT5-201ENST00000285518 3685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 SYNGR2-206ENST00000589711 2041 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 ZNF74-203ENST00000403682 2789 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 EVA1C-202ENST00000382699 1668 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 NLE1-201ENST00000360831 1726 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 SLC2A8-202ENST00000373360 1937 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 CDK1-204ENST00000448257 1948 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 RPRD1A-209ENST00000590898 1945 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 TTC22-201ENST00000371274 2149 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 TNFRSF13B-201ENST00000261652 1357 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 PPFIA1-202ENST00000389547 4133 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 GNRHR2-201ENST00000312753 1599 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 AFDN-202ENST00000351017 5823 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 CMTM4-201ENST00000330687 3414 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 DSCR9-201ENST00000454482 1644 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 NPNT-203ENST00000427316 2481 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 FBP1-201ENST00000375326 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 CD99L2-202ENST00000355149 1278 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 AC002056.1-201ENST00000395613 760 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 PNPO-202ENST00000434554 1196 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 TIMM8BP1-201ENST00000452384 211 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 CTBP1-AS2-204ENST00000514984 533 ntTSL 4 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 PUDP-206ENST00000540122 825 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 AC099522.2-201ENST00000607001 744 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 AQP12B-206ENST00000621682 1080 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 SOX21-201ENST00000376945 2778 ntAPPRIS P1 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 REXO1L11P-201ENST00000620964 1927 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 AGTR1-201ENST00000349243 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 AC026362.1-201ENST00000540866 5618 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 BAALC-203ENST00000309982 2831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 AC129492.6-201ENST00000611383 1305 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 AC008073.3-201ENST00000610442 2281 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 NR1H3-202ENST00000405576 1352 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 CYP4F2-201ENST00000011989 2067 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 FAM214B-203ENST00000378561 5771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 PROB1-201ENST00000434752 5122 ntAPPRIS P1 BASIC21.98■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 TGDS-201ENST00000261296 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 PIP5K1C-201ENST00000335312 5080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 EWSR1-208ENST00000414183 2189 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 WDR74-204ENST00000525239 1736 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 PTBP1-220ENST00000627714 2201 ntTSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 RPN2-201ENST00000237530 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 TBC1D19-201ENST00000264866 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 SCHIP1-205ENST00000482804 1799 ntTSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 FLJ13224-201ENST00000313737 1514 ntBASIC21.98■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 AL355306.1-201ENST00000415580 579 ntBASIC21.98■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 AL627223.1-201ENST00000416693 442 ntBASIC21.98■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 GATB-205ENST00000508611 605 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 FXYD6-209ENST00000530956 579 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 AC040963.1-202ENST00000589729 644 ntTSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 TMIGD2-203ENST00000600114 489 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 AJ011932.1-201ENST00000621707 465 ntBASIC21.98■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 AC009093.7-201ENST00000623853 1223 ntBASIC21.98■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 AL035252.4-201ENST00000624174 288 ntBASIC21.98■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 FAM238C-204ENST00000640224 1268 ntTSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 AF228730.6-201ENST00000641497 218 ntBASIC21.98■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 AC084121.3-201ENST00000641716 218 ntBASIC21.98■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 AC105233.6-201ENST00000642093 218 ntBASIC21.98■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 GGT2-202ENST00000405188 1845 ntTSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 LYSMD4-202ENST00000344791 2885 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 RRP7BP-201ENST00000357802 2375 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 FAM239A-202ENST00000438107 2155 ntTSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 PLA2G2F-201ENST00000375102 2723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 GADD45B-201ENST00000215631 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 ISLR2-208ENST00000565159 2824 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.98■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 TREX2-201ENST00000330912 2262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 TPD52-209ENST00000518937 2856 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 BAGE2-202ENST00000474011 1482 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 ADRA1A-202ENST00000354550 1765 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 PRPF31-202ENST00000391755 1767 ntTSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 DUS1L-201ENST00000306796 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 NRSN2-202ENST00000382291 2088 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 RIN1-201ENST00000311320 2693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 APOA5-201ENST00000227665 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 KCNK6-201ENST00000263372 5722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 AC005034.1-201ENST00000426657 489 ntBASIC21.97■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 LAMTOR4-206ENST00000473459 720 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 RNA5SP421-201ENST00000516864 134 ntBASIC21.97■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 LEPROTL1-203ENST00000518001 589 ntTSL 4 BASIC21.97■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 RBM7-207ENST00000544582 692 ntTSL 3 BASIC21.97■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 TVP23B-206ENST00000574226 1080 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 AC103808.2-201ENST00000582755 594 ntTSL 4 BASIC21.97■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 COLCA2-204ENST00000610738 975 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 AC026120.1-201ENST00000611536 926 ntBASIC21.97■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 Z92544.3-201ENST00000624747 417 ntBASIC21.97■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 COLCA2-206ENST00000638573 1080 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 MAGEF1-201ENST00000317897 1636 ntAPPRIS P1 BASIC21.97■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 SLC35G6-201ENST00000412468 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 DLGAP4-204ENST00000373913 5056 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.4 ms