Protein–RNA interactions for Protein: P31249

HOXD3, Homeobox protein Hox-D3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 432 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD3P31249 ARHGAP8-201ENST00000336963 1487 ntTSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
HOXD3P31249 APOA4-201ENST00000357780 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
HOXD3P31249 AC062028.1-203ENST00000447433 1472 ntTSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
HOXD3P31249 GPANK1-202ENST00000375895 1800 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.59□□□□□ -0.23
HOXD3P31249 ACBD6-201ENST00000367595 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
HOXD3P31249 C2orf27B-201ENST00000623129 1325 ntTSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
HOXD3P31249 BX276092.7-203ENST00000637198 1536 ntBASIC13.59□□□□□ -0.23
HOXD3P31249 FOLH1-204ENST00000356696 2403 ntTSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
HOXD3P31249 SNAPC3-202ENST00000380821 5680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
HOXD3P31249 SEPHS1-206ENST00000545675 2988 ntTSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
HOXD3P31249 ISY1-201ENST00000273541 1704 ntTSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
HOXD3P31249 PSRC1-203ENST00000369907 1717 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
HOXD3P31249 PSRC1-206ENST00000409267 1730 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC13.59□□□□□ -0.23
HOXD3P31249 ALDH1A3-201ENST00000329841 3924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.23
HOXD3P31249 AMZ2-203ENST00000392720 1378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.23
HOXD3P31249 NPEPL1-204ENST00000525967 1917 ntTSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.23
HOXD3P31249 HSPA1A-202ENST00000608703 1909 ntTSL 2 BASIC13.58□□□□□ -0.23
HOXD3P31249 ADAMTS16-203ENST00000511368 2682 ntTSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.23
HOXD3P31249 POM121C-208ENST00000615331 5835 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 HPDL-201ENST00000334815 1629 ntAPPRIS P1 BASIC13.58□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 SMPD4-202ENST00000409031 4896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 FAM210A-201ENST00000322247 4340 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.58□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 RPS2P28-201ENST00000314255 741 ntBASIC13.58□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 MRPL52-202ENST00000355151 1118 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 FAM99B-201ENST00000382166 1067 ntTSL 5 BASIC13.58□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 COX5BP2-201ENST00000392354 334 ntBASIC13.58□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 GAR1-202ENST00000394631 1011 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 MIEF2-202ENST00000395703 718 ntTSL 3 BASIC13.58□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 MRPL52-203ENST00000397496 1111 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC13.58□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 CTNS-203ENST00000399306 803 ntTSL 3 BASIC13.58□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 GGT1-207ENST00000404532 853 ntTSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 RBM17P3-201ENST00000417687 1192 ntBASIC13.58□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 PON3-205ENST00000451904 1053 ntTSL 3 BASIC13.58□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 AC122714.2-201ENST00000502787 707 ntBASIC13.58□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 ANAPC11-210ENST00000574924 722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 PIN1-206ENST00000587625 878 ntTSL 2 BASIC13.58□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 AC005944.1-201ENST00000592758 564 ntTSL 3 BASIC13.58□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 AC107896.1-201ENST00000593212 548 ntTSL 4 BASIC13.58□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 LRRC23-215ENST00000622489 1061 ntTSL 5 BASIC13.58□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 ILDR1-203ENST00000393631 1456 ntTSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 ST8SIA5-202ENST00000536490 1499 ntTSL 2 BASIC13.58□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 BPGM-203ENST00000418040 1870 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.58□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 ZNF419-207ENST00000442920 1857 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.58□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 CACNA1H-206ENST00000565831 7815 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 USP18-201ENST00000215794 2129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 RIN1-205ENST00000530056 2122 ntTSL 2 BASIC13.58□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 NFKBID-210ENST00000606253 1736 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 ZNF839-202ENST00000442396 2987 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC13.58□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 TESMIN-201ENST00000255087 2579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 CLEC10A-201ENST00000254868 1797 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 NSUN5P2-201ENST00000388955 1789 ntTSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 NSUN5P2-205ENST00000602348 1776 ntTSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 RBFOX1-222ENST00000585867 1580 ntTSL 2 BASIC13.58□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 GFOD1-203ENST00000379287 8751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 NIPAL2-201ENST00000341166 4581 ntTSL 2 BASIC13.57□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 CASKIN2-201ENST00000321617 5015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 RELA-226ENST00000612991 2266 ntTSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 TSKS-201ENST00000246801 1883 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 KIF1BP-204ENST00000626493 2337 ntTSL 5 BASIC13.57□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 LONP1-201ENST00000360614 3236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 CLPB-212ENST00000543042 2133 ntTSL 2 BASIC13.57□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 PDE4A-202ENST00000344979 2579 ntTSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 CHPF-201ENST00000243776 3013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 TTC19-201ENST00000261647 3002 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 JMY-201ENST00000396137 9042 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.57□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 CLDND1-204ENST00000394185 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.57□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 NXPH2-201ENST00000272641 1052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 FTMT-201ENST00000321339 879 ntAPPRIS P1 BASIC13.57□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 SZT2-202ENST00000372450 1191 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 HCCS-202ENST00000380762 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 RFXANK-202ENST00000392324 1059 ntTSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 RPS2P1-201ENST00000434010 821 ntBASIC13.57□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 DYNC1LI2-202ENST00000440564 1145 ntTSL 2 BASIC13.57□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 UBXN1-210ENST00000529640 1110 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC13.57□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 GABARAP-204ENST00000571253 837 ntTSL 2 BASIC13.57□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 ZPBP2-204ENST00000584588 1277 ntTSL 5 BASIC13.57□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 ANO2-212ENST00000612575 1087 ntTSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 CLASRP-201ENST00000221455 2234 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 AL445238.1-203ENST00000606050 1525 ntTSL 2 BASIC13.57□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 LARGE2-206ENST00000529052 2459 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.57□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 ARHGAP6-202ENST00000337414 5117 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 SERPINF2-202ENST00000382061 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 PVR-204ENST00000406449 1344 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 CNIH3-201ENST00000272133 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 ITPK1-202ENST00000354313 2803 ntTSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 NKIRAS1-207ENST00000437230 1898 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC13.57□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 FAM135A-205ENST00000418814 6415 ntTSL 5 BASIC13.57□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 WIPI2-201ENST00000288828 4476 ntTSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 LGALS12-201ENST00000255684 1667 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 CLEC10A-204ENST00000571664 1442 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 AC104109.2-201ENST00000602919 1418 ntBASIC13.56□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 TMEM206-201ENST00000261455 2475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 SEPT2-208ENST00000407971 3267 ntTSL 5 BASIC13.56□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 CAPN1-201ENST00000279247 3007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 RAB17-201ENST00000264601 1966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 CACTIN-201ENST00000221899 2797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 FAM213B-201ENST00000378424 2765 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.56□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 RELL2-201ENST00000297164 2520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 SMOC1-201ENST00000361956 2040 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 GINS4-206ENST00000520710 2022 ntTSL 2 BASIC13.56□□□□□ -0.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 44.6 ms