Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 PNCK-203ENST00000370145 1455 ntTSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 CCDC188-201ENST00000439765 1475 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 TEX264-215ENST00000611400 1488 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 LGALS12-201ENST00000255684 1667 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 MUTYH-202ENST00000355498 1776 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 ISL2-201ENST00000290759 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 DHRS12-201ENST00000218981 1970 ntTSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 TLE4-205ENST00000376544 4871 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 DAG1-219ENST00000538711 5582 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 NRG2-205ENST00000361474 3020 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 GGNBP2-212ENST00000613102 2847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 PPP2R5B-201ENST00000164133 2745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 CREG2-201ENST00000324768 6383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 AC005498.3-201ENST00000596587 2045 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 TCF25-225ENST00000614813 2047 ntTSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 RPL32-202ENST00000396953 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 TMEM25-225ENST00000533102 1410 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 FLT3LG-204ENST00000595510 1301 ntTSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 LINC01502-201ENST00000445997 2471 ntTSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 PODNL1-202ENST00000339560 2165 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 TSC22D1-AS1-201ENST00000616360 2845 ntTSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 GPAT3-202ENST00000395226 2631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 FERMT2-203ENST00000395631 3369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 DYNLL1-209ENST00000550845 1376 ntTSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 SPIN3-224ENST00000639583 2245 ntTSL 5 BASIC15.93■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 SENP2-201ENST00000296257 5717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 GHSR-201ENST00000241256 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 TRA2B-202ENST00000342294 288 ntTSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 KANK4-204ENST00000371153 4665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 GGT1-207ENST00000404532 853 ntTSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 AL096828.1-201ENST00000423020 542 ntTSL 4 BASIC15.93■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 AP000688.4-201ENST00000436303 446 ntTSL 3 BASIC15.93■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 LINC01615-202ENST00000449466 603 ntTSL 3 BASIC15.93■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 AP000344.1-201ENST00000454268 641 ntTSL 5 BASIC15.93■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 LAT-205ENST00000454369 1262 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.93■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 AP000344.1-202ENST00000457193 586 ntTSL 4 BASIC15.93■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 AC122714.2-201ENST00000502787 707 ntBASIC15.93■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 AC139887.3-201ENST00000568585 713 ntBASIC15.93■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 GABARAP-204ENST00000571253 837 ntTSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 SHBG-211ENST00000574539 938 ntTSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 AC012615.3-201ENST00000592884 500 ntTSL 3 BASIC15.93■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 AC011530.1-201ENST00000593999 558 ntTSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 PRSS23-209ENST00000533902 2043 ntTSL 4 BASIC15.93■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 SIGIRR-203ENST00000431843 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 DMKN-213ENST00000447113 1611 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 GFI1B-208ENST00000636263 1604 ntTSL 5 BASIC15.93■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 GRAMD1A-211ENST00000599564 2825 ntTSL 5 BASIC15.93■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 RNFT2-202ENST00000319176 2180 ntTSL 5 BASIC15.93■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 RNFT2-209ENST00000622220 2176 ntTSL 5 BASIC15.93■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 B3GALT5-206ENST00000615480 2617 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 PRRT4-201ENST00000446477 3544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.93■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 TBX20-201ENST00000408931 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 QSOX2-201ENST00000358701 4530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 TMEM216-201ENST00000334888 1306 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 JKAMP-215ENST00000616435 2338 ntTSL 5 BASIC15.93■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 PLEKHG5-212ENST00000537245 4794 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 SUPT20H-202ENST00000356185 2681 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 LBX1-AS1-201ENST00000430651 2553 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 HSPA4-205ENST00000617074 2358 ntTSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 WDR18-204ENST00000587001 1465 ntTSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 WIZP1-201ENST00000531444 2299 ntBASIC15.92■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 GPANK1-204ENST00000375900 1814 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 ZSWIM5-201ENST00000359600 5819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 ADAM11-203ENST00000535346 2529 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 LTBP1-203ENST00000404816 6333 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 AC103564.2-201ENST00000432853 1299 ntBASIC15.92■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 MPIG6B-210ENST00000480039 790 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 AC091133.2-201ENST00000505903 428 ntTSL 3 BASIC15.92■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 AP001107.6-201ENST00000526655 516 ntTSL 3 BASIC15.92■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 L2HGDH-205ENST00000555423 841 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 AC010522.1-205ENST00000598031 606 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.92■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 AC148477.8-201ENST00000624298 468 ntBASIC15.92■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 IRF3-203ENST00000377139 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 DIP2A-204ENST00000457905 3044 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 UBXN2A-201ENST00000309033 6066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 NFATC4-220ENST00000555393 2235 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 CTSA-201ENST00000191018 1898 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 AP001351.1-201ENST00000501397 1865 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 GCDH-216ENST00000591470 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 HTD2-201ENST00000461393 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 SHKBP1-201ENST00000291842 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 SRGAP2B-207ENST00000641863 2367 ntAPPRIS P5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 GPER1-202ENST00000397088 2639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 HR-202ENST00000381418 6336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 CLK2-202ENST00000361168 1934 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 TACC3-201ENST00000313288 2781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 BANP-202ENST00000355022 2164 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 C5orf30-203ENST00000515669 1573 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.92■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 AC073592.3-201ENST00000625118 1834 ntBASIC15.91■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 TRMT6-201ENST00000203001 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 ILDR1-203ENST00000393631 1456 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 TNFSF14-202ENST00000599359 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 FAM110A-203ENST00000381939 1737 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.91■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 FBXO18-201ENST00000362091 3560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 PSTPIP1-203ENST00000558012 1896 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 SLC39A13-202ENST00000362021 2296 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 FAM157B-201ENST00000446912 1795 ntTSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 DBNDD2-204ENST00000372712 1537 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 IGLL1-202ENST00000330377 901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 SZT2-202ENST00000372450 1191 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.3 ms