Protein–RNA interactions for Protein: Q68DE3

USF3, Basic helix-loop-helix domain-containing protein USF3, humanhuman

Predictions only

Length 2,245 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USF3Q68DE3 AC005944.1-201ENST00000592758 564 ntTSL 3 BASIC15.11■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 MTDHP4-201ENST00000600287 670 ntBASIC15.11■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 Z83851.2-201ENST00000609564 659 ntBASIC15.11■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 TEF-201ENST00000266304 4394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 HECTD2-204ENST00000446394 4939 ntTSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 PRRG3-205ENST00000538575 1303 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 PLA2R1-202ENST00000392771 5160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 AC105001.2-201ENST00000554914 1753 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 ACYP2-203ENST00000406041 1913 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 TRAM1-205ENST00000521425 3394 ntTSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 OLA1-201ENST00000284719 4417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 ZIC3-202ENST00000370606 1968 ntTSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 PDZD3-202ENST00000355547 2252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 SLC43A1-201ENST00000278426 2598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 GOLGA6L2-204ENST00000567107 3030 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 FBXL17-201ENST00000359660 4510 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 NRBP1-204ENST00000379863 2174 ntTSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 UBE2J2-204ENST00000400929 1057 ntTSL 3 BASIC15.1■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 AC007967.2-201ENST00000432613 625 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 RGN-204ENST00000457380 2041 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 NT5C3B-215ENST00000521789 993 ntTSL 3 BASIC15.1■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 AC009533.2-201ENST00000543664 586 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 L2HGDH-206ENST00000555610 804 ntTSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 FAM197Y3-203ENST00000618346 717 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 GIPR-201ENST00000263281 1791 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 PAX4-204ENST00000463946 1613 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 ADGRB1-201ENST00000323289 5527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 ADPGK-AS1-201ENST00000563592 2730 ntTSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 STRA6-209ENST00000563965 2565 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 EEPD1-201ENST00000242108 4765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 HOTTIP-202ENST00000472494 2285 ntTSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 BCAR1-201ENST00000162330 3221 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 TCP11-228ENST00000611141 2130 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 FNBP1-201ENST00000355681 1977 ntTSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 CYP2D7-208ENST00000614967 1504 ntTSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 SNAP91-201ENST00000195649 4434 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 SNAP91-204ENST00000369694 4449 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 TFEB-206ENST00000403298 2162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 FNDC8-201ENST00000158009 1388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 SYCE1-203ENST00000368517 1377 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 FOXP3-206ENST00000557224 1371 ntTSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 SSC5D-201ENST00000389623 4845 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 TMPRSS2-206ENST00000458356 1701 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 SBF2-AS1-201ENST00000498905 2709 ntTSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 GPANK1-201ENST00000375893 1598 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 MCOLN1-201ENST00000264079 2082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 WNK1-206ENST00000535572 9886 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 PCDHA8-201ENST00000378123 2616 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 ALKBH6-201ENST00000252984 955 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 UXT-202ENST00000335890 701 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 PAXX-201ENST00000371620 812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 AC131097.3-201ENST00000413820 1228 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 LAGE3P1-201ENST00000425356 484 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 AC002116.1-201ENST00000473572 1130 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 TSPAN4-214ENST00000525201 834 ntTSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 FAU-209ENST00000531743 697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 FIP1L1-207ENST00000507922 1335 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 GABRB1-201ENST00000295454 2143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 AC010460.3-201ENST00000511359 1579 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 IL27RA-201ENST00000263379 2962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 CAPN15-201ENST00000219611 4744 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 MYO9A-214ENST00000566885 5111 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 SMIM11A-202ENST00000399295 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 IMP4-203ENST00000409935 958 ntTSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 FIS1-203ENST00000442303 631 ntTSL 3 BASIC15.09■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 RAB42-202ENST00000465518 857 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 FAM172A-207ENST00000509739 1031 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 SDR39U1-202ENST00000538105 1041 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 BLOC1S6-214ENST00000567461 1052 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 AL022328.4-201ENST00000608025 1001 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 LINC00623-201ENST00000613486 486 ntTSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 SMIM11B-207ENST00000624758 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 AC107918.4-202ENST00000641623 219 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 ALKBH3-201ENST00000302708 1474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 ARSE-201ENST00000381134 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 BECN1-201ENST00000361523 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 WSCD1-209ENST00000574232 2129 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 P2RY6-204ENST00000393592 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 MIF4GD-204ENST00000577542 1531 ntTSL 3 BASIC15.09■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 ZNF74-201ENST00000357502 2788 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 DDX17-211ENST00000640332 2190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 DDX17-212ENST00000640668 2196 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 CASKIN1-201ENST00000343516 5759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 GMCL1P1-201ENST00000463439 1581 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 PRMT5-204ENST00000397441 2418 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 NUDC-201ENST00000321265 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 POLI-207ENST00000579434 2705 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 LY6E-207ENST00000520466 1419 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 ATP1B1-201ENST00000367815 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 PDLIM3-201ENST00000284767 2589 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 TCF4-201ENST00000354452 3482 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 WDTC1-201ENST00000319394 4819 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 PLCB2-201ENST00000260402 4616 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 GTF2IRD2-207ENST00000625377 1910 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 PDCD7-201ENST00000204549 2851 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 ANKRD54-202ENST00000406423 954 ntTSL 3 BASIC15.08■□□□□ 0
USF3Q68DE3 AC211486.1-202ENST00000416371 468 ntBASIC15.08■□□□□ 0
USF3Q68DE3 LINC00237-202ENST00000455890 1220 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
USF3Q68DE3 AC234772.2-201ENST00000456532 375 ntTSL 3 BASIC15.08■□□□□ 0
USF3Q68DE3 AC211476.1-201ENST00000503899 468 ntBASIC15.08■□□□□ 0
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.2 ms