Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 AC009779.2-201ENST00000552576 1443 ntTSL 4 BASIC20.74■□□□□ 0.91
LIMCH1Q9UPQ0 CRNDE-210ENST00000560912 459 ntTSL 5 BASIC20.74■□□□□ 0.91
LIMCH1Q9UPQ0 CLEC10A-204ENST00000571664 1442 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
LIMCH1Q9UPQ0 PSMD8-202ENST00000585598 541 ntTSL 5 BASIC20.74■□□□□ 0.91
LIMCH1Q9UPQ0 mascRNA-menRNA.2-201ENST00000616984 58 ntBASIC20.74■□□□□ 0.91
LIMCH1Q9UPQ0 ASAH1-251ENST00000637561 929 ntTSL 2 BASIC20.74■□□□□ 0.91
LIMCH1Q9UPQ0 TOM1L1-221ENST00000575882 2507 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
LIMCH1Q9UPQ0 HIBCH-201ENST00000359678 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
LIMCH1Q9UPQ0 ANHX-201ENST00000419717 1765 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.74■□□□□ 0.91
LIMCH1Q9UPQ0 GFI1B-208ENST00000636263 1604 ntTSL 5 BASIC20.74■□□□□ 0.91
LIMCH1Q9UPQ0 NTMT1-203ENST00000372483 1315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
LIMCH1Q9UPQ0 ARHGAP9-204ENST00000430041 2323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
LIMCH1Q9UPQ0 PLTP-202ENST00000372420 1530 ntTSL 2 BASIC20.73■□□□□ 0.91
LIMCH1Q9UPQ0 RIMS4-201ENST00000372851 5203 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
LIMCH1Q9UPQ0 TUBB2B-201ENST00000259818 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
LIMCH1Q9UPQ0 AC011676.5-201ENST00000624864 2660 ntBASIC20.73■□□□□ 0.91
LIMCH1Q9UPQ0 EDARADD-201ENST00000334232 858 ntTSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
LIMCH1Q9UPQ0 TFPT-203ENST00000391759 1205 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
LIMCH1Q9UPQ0 PON3-205ENST00000451904 1053 ntTSL 3 BASIC20.73■□□□□ 0.91
LIMCH1Q9UPQ0 TEAD2-204ENST00000593945 2141 ntTSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
LIMCH1Q9UPQ0 RNF128-201ENST00000255499 2817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
LIMCH1Q9UPQ0 PEX16-201ENST00000241041 1479 ntTSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
LIMCH1Q9UPQ0 AMT-250ENST00000637682 1823 ntTSL 5 BASIC20.73■□□□□ 0.91
LIMCH1Q9UPQ0 IQGAP2-201ENST00000274364 5844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
LIMCH1Q9UPQ0 DAGLB-202ENST00000425398 2044 ntTSL 2 BASIC20.73■□□□□ 0.91
LIMCH1Q9UPQ0 ICAM3-205ENST00000589261 2024 ntTSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
LIMCH1Q9UPQ0 PDLIM7-202ENST00000355841 1689 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
LIMCH1Q9UPQ0 CALHM3-201ENST00000369783 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
LIMCH1Q9UPQ0 SFTPB-202ENST00000409383 1867 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
LIMCH1Q9UPQ0 GHDC-202ENST00000414034 2496 ntTSL 2 BASIC20.72■□□□□ 0.91
LIMCH1Q9UPQ0 LINC00595-204ENST00000434974 2692 ntTSL 2 BASIC20.72■□□□□ 0.91
LIMCH1Q9UPQ0 AUNIP-201ENST00000374298 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
LIMCH1Q9UPQ0 MBOAT1-201ENST00000324607 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
LIMCH1Q9UPQ0 SNTB1-201ENST00000395601 5164 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.72■□□□□ 0.91
LIMCH1Q9UPQ0 GCH1-204ENST00000491895 2943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
LIMCH1Q9UPQ0 PML-206ENST00000395135 2199 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
LIMCH1Q9UPQ0 PPA2-202ENST00000348706 1414 ntTSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
LIMCH1Q9UPQ0 MRPL4-203ENST00000393733 1620 ntTSL 5 BASIC20.72■□□□□ 0.91
LIMCH1Q9UPQ0 SYNGR2-206ENST00000589711 2041 ntTSL 5 BASIC20.72■□□□□ 0.91
LIMCH1Q9UPQ0 MGLL-204ENST00000434178 4941 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
LIMCH1Q9UPQ0 NSMF-204ENST00000371473 3556 ntTSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
LIMCH1Q9UPQ0 MMEL1-201ENST00000378412 2849 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.72■□□□□ 0.91
LIMCH1Q9UPQ0 SULT2B1-201ENST00000201586 1295 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
LIMCH1Q9UPQ0 IGLL1-201ENST00000249053 716 ntTSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
LIMCH1Q9UPQ0 KLK14-202ENST00000391802 1133 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.72■□□□□ 0.91
LIMCH1Q9UPQ0 MIEN1-201ENST00000394231 1006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
LIMCH1Q9UPQ0 SLC52A2-205ENST00000526752 710 ntTSL 3 BASIC20.72■□□□□ 0.91
LIMCH1Q9UPQ0 IFI27L1-206ENST00000554562 571 ntTSL 3 BASIC20.72■□□□□ 0.91
LIMCH1Q9UPQ0 POLD4-205ENST00000529704 1486 ntTSL 2 BASIC20.72■□□□□ 0.91
LIMCH1Q9UPQ0 TAPBP-233ENST00000426633 1888 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
LIMCH1Q9UPQ0 MTA1-201ENST00000331320 2876 ntTSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
LIMCH1Q9UPQ0 MCU-201ENST00000357157 2874 ntTSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
LIMCH1Q9UPQ0 ARID5A-203ENST00000454558 3079 ntTSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
LIMCH1Q9UPQ0 GAL3ST4-201ENST00000360039 2537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
LIMCH1Q9UPQ0 WLS-205ENST00000370976 2332 ntTSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
LIMCH1Q9UPQ0 MMP17-206ENST00000535291 2301 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
LIMCH1Q9UPQ0 BATF2-202ENST00000435842 1949 ntTSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
LIMCH1Q9UPQ0 SASH1-201ENST00000367467 7711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
LIMCH1Q9UPQ0 POC1A-203ENST00000474012 1760 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.72■□□□□ 0.91
LIMCH1Q9UPQ0 RIC8B-203ENST00000392839 2440 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
LIMCH1Q9UPQ0 SUSD4-208ENST00000494793 1833 ntTSL 5 BASIC20.71■□□□□ 0.91
LIMCH1Q9UPQ0 DCP1B-201ENST00000280665 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
LIMCH1Q9UPQ0 NINL-201ENST00000278886 4969 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
LIMCH1Q9UPQ0 DSCAM-201ENST00000400454 8552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
LIMCH1Q9UPQ0 RNF121-203ENST00000393713 2132 ntTSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
LIMCH1Q9UPQ0 PACSIN2-205ENST00000407585 3080 ntTSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
LIMCH1Q9UPQ0 MAP7-203ENST00000438100 2633 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.71■□□□□ 0.91
LIMCH1Q9UPQ0 KCNV2-201ENST00000382082 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
LIMCH1Q9UPQ0 CLCN2-204ENST00000434054 2897 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.71■□□□□ 0.91
LIMCH1Q9UPQ0 TPBG-203ENST00000543496 2881 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.71■□□□□ 0.91
LIMCH1Q9UPQ0 C20orf196-201ENST00000303142 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
LIMCH1Q9UPQ0 HRAS-201ENST00000311189 894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
LIMCH1Q9UPQ0 LBX1-AS1-204ENST00000456391 421 ntTSL 5 BASIC20.71■□□□□ 0.91
LIMCH1Q9UPQ0 RN7SL606P-201ENST00000472779 293 ntBASIC20.71■□□□□ 0.91
LIMCH1Q9UPQ0 AF250324.1-201ENST00000506276 703 ntTSL 3 BASIC20.71■□□□□ 0.91
LIMCH1Q9UPQ0 AC022616.7-201ENST00000525383 220 ntBASIC20.71■□□□□ 0.91
LIMCH1Q9UPQ0 CLN6-204ENST00000564752 900 ntTSL 3 BASIC20.71■□□□□ 0.91
LIMCH1Q9UPQ0 TK1-204ENST00000590430 683 ntTSL 3 BASIC20.71■□□□□ 0.91
LIMCH1Q9UPQ0 CLN6-214ENST00000636314 442 ntTSL 3 BASIC20.71■□□□□ 0.91
LIMCH1Q9UPQ0 AL772307.1-201ENST00000639363 1066 ntTSL 2 BASIC20.71■□□□□ 0.91
LIMCH1Q9UPQ0 ABLIM2-203ENST00000361737 3396 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.71■□□□□ 0.91
LIMCH1Q9UPQ0 SH2B1-216ENST00000618521 2935 ntTSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
LIMCH1Q9UPQ0 PCDHA6-202ENST00000527624 2231 ntTSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
LIMCH1Q9UPQ0 HMBS-203ENST00000442944 1548 ntTSL 5 BASIC20.71■□□□□ 0.91
LIMCH1Q9UPQ0 SORCS3-202ENST00000369701 5757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF623-201ENST00000458270 2733 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
LIMCH1Q9UPQ0 MSC-201ENST00000325509 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
LIMCH1Q9UPQ0 BRPF1-203ENST00000424362 4712 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
LIMCH1Q9UPQ0 BLCAP-201ENST00000373537 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
LIMCH1Q9UPQ0 RHBDF1P1-201ENST00000427504 1941 ntBASIC20.7■□□□□ 0.91
LIMCH1Q9UPQ0 YIF1B-204ENST00000392124 1404 ntTSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
LIMCH1Q9UPQ0 SLCO4A1-AS1-202ENST00000433126 1420 ntTSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
LIMCH1Q9UPQ0 ADO-201ENST00000373783 3627 ntAPPRIS P1 BASIC20.7■□□□□ 0.9
LIMCH1Q9UPQ0 RAB8A-201ENST00000300935 2827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
LIMCH1Q9UPQ0 ANKIB1-201ENST00000265742 6081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
LIMCH1Q9UPQ0 FAM187B-201ENST00000324675 1184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
LIMCH1Q9UPQ0 RASGRP2-205ENST00000377489 583 ntTSL 3 BASIC20.7■□□□□ 0.9
LIMCH1Q9UPQ0 ISG15-201ENST00000379389 711 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
LIMCH1Q9UPQ0 SAPCD2P2-201ENST00000431719 1174 ntBASIC20.7■□□□□ 0.9
LIMCH1Q9UPQ0 IFT74-203ENST00000433700 2119 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.7■□□□□ 0.9
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.6 ms