Protein–RNA interactions for Protein: Q96CM3

RPUSD4, Mitochondrial RNA pseudouridine synthase RPUSD4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 377 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPUSD4Q96CM3 TYSND1-201ENST00000287078 3644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.07□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 SLC22A18-203ENST00000380574 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.06□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 SELENOF-207ENST00000611507 1785 ntTSL 5 BASIC14.06□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 TMEM25-203ENST00000354284 1456 ntTSL 2 BASIC14.06□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 SNAP91-205ENST00000439399 4452 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC14.06□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 P2RX6-201ENST00000401443 1834 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.06□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 PCBP4-203ENST00000428823 1835 ntTSL 5 BASIC14.06□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 BCAR1-206ENST00000535626 2894 ntTSL 2 BASIC14.06□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 DNAL4-201ENST00000216068 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.06□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 NORAD-201ENST00000565493 5339 ntBASIC14.06□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 SLC39A13-202ENST00000362021 2296 ntTSL 1 (best) BASIC14.06□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 LMNA-205ENST00000368299 2253 ntTSL 1 (best) BASIC14.06□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 UQCC3-201ENST00000377953 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.06□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 ANKRD24-206ENST00000600132 4026 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC14.06□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 COQ7-201ENST00000321998 2657 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.06□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 TLE2-217ENST00000590536 2344 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.06□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 NUDT16-203ENST00000537561 5943 ntTSL 5 BASIC14.06□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 ASNS-206ENST00000437628 1638 ntTSL 2 BASIC14.06□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 ACOT8-201ENST00000217455 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.06□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 AP000593.1-201ENST00000393668 712 ntBASIC14.06□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 ANKRD54-204ENST00000411961 946 ntTSL 5 BASIC14.06□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 FAM207BP-201ENST00000447172 505 ntBASIC14.06□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 BABAM1-202ENST00000447614 930 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.06□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 CHAC1-203ENST00000487220 853 ntTSL 3 BASIC14.06□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 HGNC:18790-208ENST00000506380 798 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC14.06□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 RPPH1-201ENST00000516869 333 ntBASIC14.06□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 TK2-204ENST00000525974 1178 ntTSL 2 BASIC14.06□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 IRX5-204ENST00000560154 879 ntTSL 5 BASIC14.06□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 AC073195.1-201ENST00000607241 877 ntBASIC14.06□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 JADE2-211ENST00000612830 1251 ntTSL 1 (best) BASIC14.06□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 IRX5-205ENST00000620085 881 ntTSL 1 (best) BASIC14.06□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 INVS-203ENST00000374921 1654 ntTSL 1 (best) BASIC14.06□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 CORO2B-201ENST00000261861 3569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.06□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 CORO2B-204ENST00000566799 3566 ntTSL 1 (best) BASIC14.06□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 PIGQ-201ENST00000026218 2846 ntTSL 1 (best) BASIC14.06□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 DNAAF2-202ENST00000406043 2819 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.06□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 COPS7B-206ENST00000410017 2051 ntTSL 3 BASIC14.06□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 CCDC8-201ENST00000307522 3213 ntAPPRIS P1 BASIC14.06□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 ZSCAN10-201ENST00000252463 2463 ntTSL 1 (best) BASIC14.06□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 TACR3-201ENST00000304883 5190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.06□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 TMEM59L-205ENST00000600490 1717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.06□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 PRSS50-202ENST00000315170 1372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.06□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 PLPPR5-202ENST00000370188 4139 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.06□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 PML-206ENST00000395135 2199 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.06□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 PUS1-208ENST00000542167 2151 ntTSL 5 BASIC14.06□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 MYLK2-202ENST00000375994 2956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.06□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 WAC-203ENST00000354911 3042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.06□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 SYDE1-204ENST00000600440 3058 ntTSL 1 (best) BASIC14.06□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 TCTN1-204ENST00000397659 1885 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.06□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 FAM131B-206ENST00000443739 4382 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.06□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 ROBO1-209ENST00000495273 5600 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.06□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 AL121758.1-201ENST00000488788 2714 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.06□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 BRD2-202ENST00000374831 4807 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.06□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 HSPA1A-202ENST00000608703 1909 ntTSL 2 BASIC14.05□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 ARHGEF10-201ENST00000349830 5590 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.05□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 CHST8-201ENST00000262622 2479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.05□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 VPS26B-202ENST00000525095 1558 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.05□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 FAM208A-201ENST00000355628 5239 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.05□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 UNC119-204ENST00000470125 2050 ntTSL 1 (best) BASIC14.05□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 AC133548.2-201ENST00000568567 2605 ntTSL 1 (best) BASIC14.05□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 TMEM237-202ENST00000409444 5592 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.05□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 ANKRD26P3-201ENST00000454044 2748 ntBASIC14.05□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 CTAG2-201ENST00000247306 993 ntTSL 1 (best) BASIC14.05□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 MAL-201ENST00000309988 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.05□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 INS-203ENST00000397262 639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.05□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 RARRES2P10-201ENST00000564312 460 ntBASIC14.05□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 CKBP1-201ENST00000565489 1086 ntBASIC14.05□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 AC004771.5-201ENST00000575985 542 ntTSL 4 BASIC14.05□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 ARMC4P1-202ENST00000576034 643 ntTSL 2 BASIC14.05□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 AF186192.3-201ENST00000583427 947 ntBASIC14.05□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 TYROBP-209ENST00000589517 415 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.05□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 PNMA8A-203ENST00000602246 572 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC14.05□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 MMD2-204ENST00000612910 778 ntTSL 5 BASIC14.05□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 FAM197Y4-202ENST00000622692 608 ntBASIC14.05□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 FAM53A-201ENST00000308132 2802 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.05□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 OSBP2-211ENST00000446658 2836 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.05□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 XPO1-201ENST00000401558 4915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.05□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 GPR42-201ENST00000454971 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.05□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 PAXBP1-202ENST00000331923 3995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.05□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 SMN1-209ENST00000514951 1308 ntTSL 2 BASIC14.05□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 KIF26A-201ENST00000315264 6714 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.05□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 ACVRL1-202ENST00000419526 1356 ntTSL 2 BASIC14.05□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 LINC00554-201ENST00000564841 3011 ntBASIC14.05□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 NAP1L4-222ENST00000620138 2479 ntTSL 2 BASIC14.05□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 AKIP1-207ENST00000529876 1421 ntTSL 2 BASIC14.05□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 LINC01097-201ENST00000627163 2122 ntTSL 2 BASIC14.05□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 PSMD8-210ENST00000620216 1538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.05□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 PGR-209ENST00000617858 2816 ntTSL 5 BASIC14.05□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 GJA4-201ENST00000342280 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.04□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 HAUS4-218ENST00000555986 1626 ntTSL 5 BASIC14.04□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 HEYL-201ENST00000372852 3661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.04□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 ACBD4-215ENST00000592162 1684 ntTSL 5 BASIC14.04□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 YTHDF3-215ENST00000621957 2387 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC14.04□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 RAD23A-201ENST00000316856 1736 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.04□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 FGFR4-201ENST00000292408 3122 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.04□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 MAGI1-201ENST00000330909 7415 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.04□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 TMEM57-202ENST00000399766 3294 ntTSL 1 (best) BASIC14.04□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 PHGDH-223ENST00000641597 2585 ntAPPRIS P1 BASIC14.04□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 PLPPR4-203ENST00000457765 4846 ntTSL 2 BASIC14.04□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 SLC16A3-211ENST00000581287 4830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.04□□□□□ -0.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.7 ms