Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

Predictions only

Length 1,073 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 AC145285.3-201ENST00000564603 959 ntBASIC17.05■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 NAA60-217ENST00000572942 1089 ntTSL 2 BASIC17.05■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 AD001527.2-201ENST00000622994 785 ntBASIC17.05■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 IQSEC2-210ENST00000639161 936 ntTSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 AL022326.1-202ENST00000641533 845 ntBASIC17.05■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 WWP1-202ENST00000517970 4686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 GATA2-203ENST00000487848 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 MIF4GD-204ENST00000577542 1531 ntTSL 3 BASIC17.05■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 LARGE2-201ENST00000325468 2522 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 FCER2-202ENST00000360067 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.05■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 ISY1-201ENST00000273541 1704 ntTSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 AZU1-202ENST00000592205 1713 ntTSL 2 BASIC17.04■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 AC090206.1-201ENST00000615734 1678 ntTSL 5 BASIC17.04■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 THUMPD2-204ENST00000505747 1970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 SCYL1-203ENST00000420247 2583 ntTSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 PLPPR2-208ENST00000591608 2552 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.04■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 DCAF4-201ENST00000353777 1940 ntTSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 C12orf65-202ENST00000366329 1901 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.04■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 NPEPL1-204ENST00000525967 1917 ntTSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 MYO19-225ENST00000621344 1640 ntTSL 2 BASIC17.04■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 CLN3-216ENST00000565316 1318 ntTSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 CACTIN-201ENST00000221899 2797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 TPRA1-204ENST00000450633 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 ABCB8-211ENST00000477092 1596 ntTSL 5 BASIC17.04■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 GUK1-202ENST00000366716 940 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 C2orf49-202ENST00000410049 854 ntTSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 AC103564.2-201ENST00000432853 1299 ntBASIC17.04■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 EVX1-202ENST00000496902 2955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 ANKRD13D-218ENST00000515828 1111 ntTSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 AL450267.1-201ENST00000557174 520 ntTSL 5 BASIC17.04■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 AL139424.1-201ENST00000607572 797 ntBASIC17.04■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 NPAS4-204ENST00000639555 878 ntTSL 5 BASIC17.04■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 ENTPD6-209ENST00000433259 2654 ntTSL 5 BASIC17.04■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 MMP9-201ENST00000372330 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 GAB3-203ENST00000424127 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 RGN-204ENST00000457380 2041 ntTSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 SRPX-202ENST00000432886 1725 ntTSL 2 BASIC17.04■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 TMSB4Y-201ENST00000284856 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 MAEA-219ENST00000514708 1945 ntTSL 2 BASIC17.04■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 EIF2B5-201ENST00000273783 2655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 MAN2A1-201ENST00000261483 4667 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 COL5A3-201ENST00000264828 6174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 FAM110A-202ENST00000304189 1856 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.03■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 RGS11-203ENST00000359740 1371 ntTSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 SULT1A1-204ENST00000395609 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 PPP1R18-201ENST00000274853 4599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 PPP1R18-205ENST00000615527 4597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 LRP3-201ENST00000253193 3807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 ZNF302-206ENST00000505242 2849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 KIAA1522-202ENST00000373480 5294 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 KIAA1522-203ENST00000373481 5293 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.03■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 ZNF274-212ENST00000617501 2538 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 TCTEX1D1-201ENST00000282670 2001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 TCP11L2-203ENST00000547153 1788 ntTSL 2 BASIC17.03■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 PCCA-203ENST00000376286 2481 ntTSL 2 BASIC17.03■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 POC1B-GALNT4-201ENST00000547474 2207 ntTSL 2 BASIC17.03■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 UXT-202ENST00000335890 701 ntTSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 SIGLEC8-202ENST00000340550 1293 ntTSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 COLEC11-202ENST00000349077 1259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 VMO1-202ENST00000354194 651 ntTSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 OARD1-201ENST00000373154 1129 ntTSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 PRR29-203ENST00000425164 1266 ntTSL 2 BASIC17.03■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 NDUFB2-208ENST00000471136 499 ntTSL 3 BASIC17.03■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 GSTZ1-207ENST00000553586 979 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.03■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 AC034105.1-201ENST00000563488 319 ntBASIC17.03■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 SLC25A3P1-206ENST00000569142 925 ntTSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 AC027601.4-201ENST00000611259 610 ntBASIC17.03■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 AC073592.5-201ENST00000624854 528 ntBASIC17.03■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 MBD1-206ENST00000382948 2434 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.03■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 KIAA1522-204ENST00000401073 5438 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.03■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 AC002310.2-202ENST00000492040 1488 ntTSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 AC093627.4-201ENST00000484550 5008 ntTSL 2 BASIC17.03■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 ADGRD2-201ENST00000334810 3244 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.03■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 CBLC-202ENST00000341505 1441 ntTSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 TMEM59L-201ENST00000262817 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 SKIDA1-202ENST00000449193 6598 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC17.03■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 ANKRD10-201ENST00000267339 2495 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.03■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 SLC23A3-203ENST00000409878 2010 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.03■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 TMEM216-203ENST00000515837 1958 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 ZNF213-202ENST00000416391 2996 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.02■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 AL445238.1-203ENST00000606050 1525 ntTSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 PAK4-209ENST00000599470 1715 ntTSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 ADAD1-203ENST00000388725 1918 ntTSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 POLR1D-220ENST00000637071 1943 ntTSL 5 BASIC17.02■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 RSPO4-201ENST00000217260 2707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 SMPD3-211ENST00000568373 2073 ntTSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 RNF146-213ENST00000610153 2070 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 ZNF446-207ENST00000610298 1869 ntTSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 MRPL28-201ENST00000199706 1098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 RPS12-201ENST00000230050 631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 TM2D1-201ENST00000294613 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 GPRC5C-201ENST00000342648 1273 ntTSL 5 BASIC17.02■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 ZHX1-C8orf76-201ENST00000357082 1257 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 TM2D1-204ENST00000371180 1248 ntTSL 5 BASIC17.02■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 C11orf74-203ENST00000446510 1062 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.02■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 PACS2-203ENST00000447393 6365 ntTSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 FLJ20021-201ENST00000527564 790 ntTSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 ARAP1-AS1-201ENST00000542022 388 ntTSL 5 BASIC17.02■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 BEAN1-203ENST00000561796 1078 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 AL356488.2-201ENST00000602755 427 ntBASIC17.02■□□□□ 0.32
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 79 ms