Protein–RNA interactions for Protein: P27658

COL8A1, Collagen alpha-1(VIII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 744 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL8A1P27658 ZSWIM4-201ENST00000254323 4339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 EDA-204ENST00000374553 5272 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 KBTBD2-201ENST00000304056 3745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 C16orf59-204ENST00000563531 1864 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 GPR148-201ENST00000309926 1267 ntAPPRIS P1 BASIC15.34■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 CTHRC1-201ENST00000330295 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 AC003669.1-201ENST00000334569 611 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 PSMA7-201ENST00000370858 925 ntTSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 FAM159B-201ENST00000389074 847 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 AC055876.3-201ENST00000431496 288 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 AL121832.1-203ENST00000433121 475 ntTSL 3 BASIC15.34■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 LINC01143-201ENST00000449073 625 ntTSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 HOXB-AS4-202ENST00000480386 566 ntTSL 4 BASIC15.34■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 LEPROTL1-204ENST00000518192 847 ntTSL 3 BASIC15.34■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 AKR1E2-212ENST00000532248 844 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 NOP2-220ENST00000545915 630 ntTSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 VPS29-207ENST00000549970 818 ntTSL 3 BASIC15.34■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 GCHFR-204ENST00000559445 626 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 AC127496.4-201ENST00000571591 549 ntTSL 4 BASIC15.34■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 AC138649.4-201ENST00000612222 287 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 HSPB9-201ENST00000565659 1922 ntAPPRIS P1 BASIC15.34■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 RIPK2-201ENST00000220751 2584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 SLC38A11-202ENST00000409058 1647 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 DMKN-213ENST00000447113 1611 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 GABRD-201ENST00000378585 1961 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 ZBTB33-202ENST00000557385 2346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 RUSC1-214ENST00000490373 1700 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 TPGS2-219ENST00000593035 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 RNF135-205ENST00000535306 2098 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 TIGD6-202ENST00000515406 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 FOXC2-201ENST00000320354 2478 ntAPPRIS P1 BASIC15.34■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 MRGPRG-AS1-201ENST00000420873 1818 ntTSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 COPS7A-210ENST00000539735 1832 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 IGSF11-209ENST00000491903 1487 ntTSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 UQCC3-201ENST00000377953 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 GABBR1-204ENST00000377016 4299 ntTSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 AC010460.3-201ENST00000511359 1579 ntBASIC15.33■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 NKIRAS1-202ENST00000412028 1605 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
COL8A1P27658 FAM129C-208ENST00000599164 2073 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
COL8A1P27658 S100A14-204ENST00000368702 1218 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.33■□□□□ 0.04
COL8A1P27658 AL049612.1-201ENST00000427017 694 ntTSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
COL8A1P27658 RHOQP3-201ENST00000437982 621 ntBASIC15.33■□□□□ 0.04
COL8A1P27658 S100A14-206ENST00000476873 1025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
COL8A1P27658 AP000892.1-201ENST00000504906 488 ntTSL 3 BASIC15.33■□□□□ 0.04
COL8A1P27658 DDIAS-202ENST00000524921 607 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC15.33■□□□□ 0.04
COL8A1P27658 GSTO1-207ENST00000539281 1052 ntTSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
COL8A1P27658 RNF24-204ENST00000545616 1128 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
COL8A1P27658 RIC8B-209ENST00000549643 571 ntTSL 4 BASIC15.33■□□□□ 0.04
COL8A1P27658 LINC02560-201ENST00000596379 459 ntBASIC15.33■□□□□ 0.04
COL8A1P27658 GRIFIN-202ENST00000614228 461 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
COL8A1P27658 SLC11A2-208ENST00000546743 1740 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
COL8A1P27658 FAM239A-202ENST00000438107 2155 ntTSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
COL8A1P27658 PPM1B-201ENST00000282412 2606 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
COL8A1P27658 FOXS1-201ENST00000375978 1319 ntAPPRIS P1 BASIC15.33■□□□□ 0.04
COL8A1P27658 REM2-202ENST00000536884 1331 ntTSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
COL8A1P27658 RTKN-201ENST00000233330 2220 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
COL8A1P27658 RNF157-201ENST00000269391 4955 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
COL8A1P27658 MUTYH-203ENST00000372098 1839 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
COL8A1P27658 MUTYH-204ENST00000372104 1823 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
COL8A1P27658 MUTYH-205ENST00000372110 1809 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
COL8A1P27658 CD1B-201ENST00000368168 1395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
COL8A1P27658 PIANP-201ENST00000320591 2323 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
COL8A1P27658 HIBADH-201ENST00000265395 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
COL8A1P27658 FBXW11-202ENST00000296933 4539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
COL8A1P27658 ALDH5A1-202ENST00000357578 5248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
COL8A1P27658 MEN1-206ENST00000377321 2614 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
COL8A1P27658 GULP1-209ENST00000410051 1595 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
COL8A1P27658 ASGR1-208ENST00000574388 1552 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
COL8A1P27658 TMEM86B-201ENST00000327042 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
COL8A1P27658 CDC42EP1-201ENST00000249014 2181 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
COL8A1P27658 GGN-201ENST00000334928 2239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
COL8A1P27658 EPN3-216ENST00000537145 2223 ntTSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
COL8A1P27658 CASD1-201ENST00000297273 3942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
COL8A1P27658 SRRM2-201ENST00000301740 9353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
COL8A1P27658 NPM1-201ENST00000296930 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
COL8A1P27658 PHF2-202ENST00000375376 3045 ntTSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
COL8A1P27658 CRTC1-204ENST00000601916 1834 ntTSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
COL8A1P27658 SMPD4-202ENST00000409031 4896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
COL8A1P27658 DMD-208ENST00000378680 1858 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
COL8A1P27658 CYP4F8-210ENST00000612078 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
COL8A1P27658 POP7-201ENST00000303151 927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
COL8A1P27658 ITLN1-201ENST00000326245 1183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
COL8A1P27658 EIF5A-201ENST00000336452 1256 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
COL8A1P27658 MIR943-201ENST00000401286 94 ntBASIC15.32■□□□□ 0.04
COL8A1P27658 CENPM-203ENST00000402338 1002 ntTSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
COL8A1P27658 LINC01640-201ENST00000452505 550 ntTSL 4 BASIC15.32■□□□□ 0.04
COL8A1P27658 AC067863.1-201ENST00000494933 530 ntBASIC15.32■□□□□ 0.04
COL8A1P27658 APBB2-208ENST00000504305 1274 ntTSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
COL8A1P27658 ATG10-207ENST00000513443 978 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
COL8A1P27658 JPH4-203ENST00000544177 1124 ntTSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
COL8A1P27658 AC217774.2-201ENST00000580347 560 ntTSL 4 BASIC15.32■□□□□ 0.04
COL8A1P27658 ZNF667-AS1-204ENST00000588158 921 ntTSL 3 BASIC15.32■□□□□ 0.04
COL8A1P27658 AC023141.13-201ENST00000604991 943 ntBASIC15.32■□□□□ 0.04
COL8A1P27658 IRF8-203ENST00000563180 1394 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
COL8A1P27658 ZNF286A-204ENST00000464847 5616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
COL8A1P27658 ISLR2-208ENST00000565159 2824 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.32■□□□□ 0.04
COL8A1P27658 DIAPH2-205ENST00000373061 4983 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
COL8A1P27658 SDCBP2-201ENST00000339987 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
COL8A1P27658 TFRC-202ENST00000392396 5032 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
COL8A1P27658 MALT1-202ENST00000348428 9368 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.1 ms