Protein–RNA interactions for Protein: P31249

HOXD3, Homeobox protein Hox-D3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 432 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD3P31249 TCP11-228ENST00000611141 2130 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.67□□□□□ -0.22
HOXD3P31249 DLGAP1-222ENST00000639615 1898 ntTSL 5 BASIC13.67□□□□□ -0.22
HOXD3P31249 MARVELD3-202ENST00000299952 2214 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.67□□□□□ -0.22
HOXD3P31249 SEMA3B-209ENST00000456560 2221 ntTSL 1 (best) BASIC13.67□□□□□ -0.22
HOXD3P31249 PRRT2-219ENST00000637565 1733 ntTSL 5 BASIC13.67□□□□□ -0.22
HOXD3P31249 C4orf50-202ENST00000531445 6860 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC13.67□□□□□ -0.22
HOXD3P31249 ARPC4-201ENST00000397261 2582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.67□□□□□ -0.22
HOXD3P31249 ANKRD33B-201ENST00000296657 9188 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.67□□□□□ -0.22
HOXD3P31249 PKD1P5-201ENST00000532415 10291 ntBASIC13.67□□□□□ -0.22
HOXD3P31249 APP-203ENST00000354192 3167 ntTSL 1 (best) BASIC13.67□□□□□ -0.22
HOXD3P31249 HIC1-202ENST00000399849 3156 ntTSL 1 (best) BASIC13.67□□□□□ -0.22
HOXD3P31249 GCH1-207ENST00000622544 2923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.67□□□□□ -0.22
HOXD3P31249 SLC22A7-201ENST00000372574 1822 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.67□□□□□ -0.22
HOXD3P31249 ATRIP-203ENST00000357105 2403 ntTSL 2 BASIC13.66□□□□□ -0.22
HOXD3P31249 RAX2-201ENST00000555633 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.66□□□□□ -0.22
HOXD3P31249 AC242426.3-201ENST00000440377 1571 ntTSL 2 BASIC13.66□□□□□ -0.22
HOXD3P31249 WIZ-201ENST00000263381 5695 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC13.66□□□□□ -0.22
HOXD3P31249 MAEA-219ENST00000514708 1945 ntTSL 2 BASIC13.66□□□□□ -0.22
HOXD3P31249 ATP6AP2-214ENST00000636287 1904 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.66□□□□□ -0.22
HOXD3P31249 ULK3-220ENST00000569437 2611 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.66□□□□□ -0.22
HOXD3P31249 PRRT2-216ENST00000637403 2033 ntTSL 5 BASIC13.66□□□□□ -0.22
HOXD3P31249 CAMK2D-201ENST00000296402 5820 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC13.66□□□□□ -0.22
HOXD3P31249 CXorf58-201ENST00000379211 1752 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.66□□□□□ -0.22
HOXD3P31249 TAF15-211ENST00000604841 2140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.66□□□□□ -0.22
HOXD3P31249 PROSER1-201ENST00000352251 5168 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.66□□□□□ -0.22
HOXD3P31249 NLE1-203ENST00000586869 5286 ntTSL 1 (best) BASIC13.66□□□□□ -0.22
HOXD3P31249 ITSN2-201ENST00000355123 6300 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.66□□□□□ -0.22
HOXD3P31249 SCYL1-203ENST00000420247 2583 ntTSL 1 (best) BASIC13.66□□□□□ -0.22
HOXD3P31249 WNK2-201ENST00000297954 7138 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.66□□□□□ -0.22
HOXD3P31249 MARK2-211ENST00000513765 2671 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.66□□□□□ -0.22
HOXD3P31249 SOST-201ENST00000301691 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.66□□□□□ -0.22
HOXD3P31249 TNFSF13-204ENST00000396542 726 ntTSL 3 BASIC13.66□□□□□ -0.22
HOXD3P31249 MYCNOS-201ENST00000419083 770 ntTSL 1 (best) BASIC13.66□□□□□ -0.22
HOXD3P31249 METTL21A-205ENST00000426075 1051 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.66□□□□□ -0.22
HOXD3P31249 ZNF436-AS1-203ENST00000454117 997 ntTSL 1 (best) BASIC13.66□□□□□ -0.22
HOXD3P31249 KRT18P58-201ENST00000527480 1120 ntBASIC13.66□□□□□ -0.22
HOXD3P31249 MRPL49-206ENST00000531705 489 ntTSL 5 BASIC13.66□□□□□ -0.22
HOXD3P31249 MYL6-209ENST00000548293 753 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC13.66□□□□□ -0.22
HOXD3P31249 MTDHP3-201ENST00000594186 672 ntBASIC13.66□□□□□ -0.22
HOXD3P31249 FOXP1-223ENST00000622151 429 ntTSL 3 BASIC13.66□□□□□ -0.22
HOXD3P31249 DUS1L-201ENST00000306796 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.66□□□□□ -0.22
HOXD3P31249 HYAL1-204ENST00000395144 2081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.66□□□□□ -0.22
HOXD3P31249 PTCHD3-202ENST00000622555 1720 ntTSL 1 (best) BASIC13.66□□□□□ -0.22
HOXD3P31249 AC005329.3-201ENST00000626781 1366 ntTSL 5 BASIC13.66□□□□□ -0.22
HOXD3P31249 ADGRG2-209ENST00000379876 4779 ntTSL 1 (best) BASIC13.66□□□□□ -0.22
HOXD3P31249 IFFO1-212ENST00000619571 2724 ntTSL 2 BASIC13.66□□□□□ -0.22
HOXD3P31249 PMAIP1-202ENST00000316660 1948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.66□□□□□ -0.22
HOXD3P31249 UQCC3-201ENST00000377953 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.66□□□□□ -0.22
HOXD3P31249 RASA4B-201ENST00000306682 2589 ntTSL 1 (best) BASIC13.66□□□□□ -0.22
HOXD3P31249 TCAP-201ENST00000309889 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.66□□□□□ -0.22
HOXD3P31249 MVB12A-201ENST00000317040 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.66□□□□□ -0.22
HOXD3P31249 PLA2G12A-201ENST00000243501 5226 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.66□□□□□ -0.22
HOXD3P31249 RIMS4-201ENST00000372851 5203 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.66□□□□□ -0.22
HOXD3P31249 PHRF1-202ENST00000413872 5224 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.66□□□□□ -0.22
HOXD3P31249 AC097374.2-201ENST00000618617 1306 ntBASIC13.65□□□□□ -0.22
HOXD3P31249 FAM208A-209ENST00000493960 5600 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC13.65□□□□□ -0.22
HOXD3P31249 FGFBP3-201ENST00000311575 2545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
HOXD3P31249 PML-211ENST00000564428 1985 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
HOXD3P31249 ABHD11-205ENST00000437775 1447 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
HOXD3P31249 LINC01105-206ENST00000456327 1434 ntTSL 5 BASIC13.65□□□□□ -0.22
HOXD3P31249 NEFHP1-201ENST00000412845 2629 ntBASIC13.65□□□□□ -0.22
HOXD3P31249 TRIM72-201ENST00000322122 8500 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.65□□□□□ -0.22
HOXD3P31249 SMPD3-211ENST00000568373 2073 ntTSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
HOXD3P31249 KDM6A-202ENST00000382899 5789 ntTSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
HOXD3P31249 PROK2-202ENST00000353065 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
HOXD3P31249 AC023830.1-201ENST00000569678 1543 ntTSL 2 BASIC13.65□□□□□ -0.22
HOXD3P31249 PPP2R2C-209ENST00000515571 1832 ntTSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
HOXD3P31249 ANXA6-201ENST00000354546 2593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
HOXD3P31249 BPHL-203ENST00000380379 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
HOXD3P31249 NOP9-202ENST00000396802 1942 ntTSL 5 BASIC13.65□□□□□ -0.22
HOXD3P31249 EHMT1-236ENST00000637161 5049 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.65□□□□□ -0.22
HOXD3P31249 PLCB3-204ENST00000540288 4469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
HOXD3P31249 ADGRB2-202ENST00000373658 5414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.65□□□□□ -0.22
HOXD3P31249 ZNHIT1-201ENST00000305105 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
HOXD3P31249 MCRIP2-201ENST00000307650 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
HOXD3P31249 AC096633.1-201ENST00000422446 749 ntBASIC13.65□□□□□ -0.22
HOXD3P31249 AC064807.1-202ENST00000423716 936 ntTSL 2 BASIC13.65□□□□□ -0.22
HOXD3P31249 AL359915.2-201ENST00000425884 745 ntTSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
HOXD3P31249 CAMTA1-IT1-201ENST00000427317 365 ntTSL 3 BASIC13.65□□□□□ -0.22
HOXD3P31249 NCBP2-AS1-201ENST00000447775 562 ntTSL 5 BASIC13.65□□□□□ -0.22
HOXD3P31249 RNPS1P1-201ENST00000507437 918 ntBASIC13.65□□□□□ -0.22
HOXD3P31249 AC136604.3-201ENST00000508188 429 ntTSL 3 BASIC13.65□□□□□ -0.22
HOXD3P31249 DYNLL1-204ENST00000548214 616 ntTSL 2 BASIC13.65□□□□□ -0.22
HOXD3P31249 SEC23A-206ENST00000553970 574 ntTSL 4 BASIC13.65□□□□□ -0.22
HOXD3P31249 COX5A-204ENST00000567270 579 ntTSL 3 BASIC13.65□□□□□ -0.22
HOXD3P31249 MIEN1-205ENST00000577810 806 ntTSL 3 BASIC13.65□□□□□ -0.22
HOXD3P31249 AC011530.1-201ENST00000593999 558 ntTSL 2 BASIC13.65□□□□□ -0.22
HOXD3P31249 TERC-201ENST00000602385 541 ntBASIC13.65□□□□□ -0.22
HOXD3P31249 RAB34-226ENST00000636772 1180 ntTSL 5 BASIC13.65□□□□□ -0.22
HOXD3P31249 CISD2-201ENST00000273986 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
HOXD3P31249 SAMD11-212ENST00000617307 2314 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.65□□□□□ -0.22
HOXD3P31249 DNAJC28-203ENST00000402202 1480 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.65□□□□□ -0.22
HOXD3P31249 MED29-202ENST00000594368 1471 ntTSL 2 BASIC13.65□□□□□ -0.22
HOXD3P31249 CAMK1D-201ENST00000378845 1578 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
HOXD3P31249 BDKRB1-201ENST00000216629 1687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
HOXD3P31249 PTPA-201ENST00000337738 2845 ntTSL 2 BASIC13.65□□□□□ -0.22
HOXD3P31249 GRK6-202ENST00000355958 1789 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
HOXD3P31249 SEPT11-209ENST00000510515 1886 ntTSL 2 BASIC13.65□□□□□ -0.22
HOXD3P31249 CYP4F8-210ENST00000612078 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
HOXD3P31249 EMC8-201ENST00000253457 1962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.2 ms