Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y6I4

USP3, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 3, humanhuman

Predictions only

Length 520 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP3Q9Y6I4 PRYP5-201ENST00000451909 266 ntBASIC18.43■□□□□ 0.54
USP3Q9Y6I4 AC018712.1-201ENST00000455767 687 ntBASIC18.43■□□□□ 0.54
USP3Q9Y6I4 AL356056.2-201ENST00000506914 669 ntTSL 4 BASIC18.43■□□□□ 0.54
USP3Q9Y6I4 IGHV3-52-201ENST00000519770 353 ntBASIC18.43■□□□□ 0.54
USP3Q9Y6I4 MRPL49-206ENST00000531705 489 ntTSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
USP3Q9Y6I4 ATP5G2-204ENST00000549164 745 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.43■□□□□ 0.54
USP3Q9Y6I4 LINC01956-202ENST00000584273 612 ntTSL 3 BASIC18.43■□□□□ 0.54
USP3Q9Y6I4 AC036176.1-201ENST00000589905 785 ntTSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
USP3Q9Y6I4 ATP5G2-209ENST00000602871 668 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
USP3Q9Y6I4 MCRIP2-211ENST00000629534 341 ntTSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
USP3Q9Y6I4 CRMP1-202ENST00000397890 2911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
USP3Q9Y6I4 C9orf43-202ENST00000374165 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
USP3Q9Y6I4 DYRK1B-203ENST00000430012 2007 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
USP3Q9Y6I4 NKIRAS2-207ENST00000449471 1461 ntTSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
USP3Q9Y6I4 IFNL4-204ENST00000634967 1493 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
USP3Q9Y6I4 MIOX-202ENST00000395732 1658 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
USP3Q9Y6I4 RNF166-203ENST00000541206 2419 ntTSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
USP3Q9Y6I4 AC026471.1-201ENST00000564629 3026 ntBASIC18.43■□□□□ 0.54
USP3Q9Y6I4 PSMA1-209ENST00000530457 1527 ntTSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
USP3Q9Y6I4 PIF1-201ENST00000268043 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
USP3Q9Y6I4 ASIC3-201ENST00000297512 1718 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
USP3Q9Y6I4 FAM234A-202ENST00000301679 1936 ntTSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
USP3Q9Y6I4 SOBP-201ENST00000317357 5245 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
USP3Q9Y6I4 CACNA1B-201ENST00000277549 7158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
USP3Q9Y6I4 CACNA1B-202ENST00000277551 7158 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
USP3Q9Y6I4 ZDHHC5-201ENST00000287169 4666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
USP3Q9Y6I4 EMILIN2-201ENST00000254528 5910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
USP3Q9Y6I4 CEP78-204ENST00000415759 2623 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
USP3Q9Y6I4 ARFGAP2-229ENST00000627920 2613 ntTSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
USP3Q9Y6I4 TEAD4-201ENST00000358409 1637 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
USP3Q9Y6I4 ULK2-201ENST00000361658 3908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
USP3Q9Y6I4 MTSS1L-201ENST00000338779 4992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
USP3Q9Y6I4 LCE1F-201ENST00000334371 357 ntAPPRIS P1 BASIC18.42■□□□□ 0.54
USP3Q9Y6I4 UXT-202ENST00000335890 701 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
USP3Q9Y6I4 SLC9A3R1-202ENST00000413388 1285 ntTSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
USP3Q9Y6I4 KRT18P67-201ENST00000432816 1264 ntBASIC18.42■□□□□ 0.54
USP3Q9Y6I4 AL391650.1-205ENST00000433939 579 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.42■□□□□ 0.54
USP3Q9Y6I4 TXNRD2-212ENST00000485358 850 ntTSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
USP3Q9Y6I4 TTLL12-204ENST00000494035 888 ntTSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
USP3Q9Y6I4 NDUFA6-202ENST00000498737 1256 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
USP3Q9Y6I4 AL157871.1-202ENST00000556458 478 ntTSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
USP3Q9Y6I4 AC021087.4-201ENST00000563761 564 ntBASIC18.42■□□□□ 0.54
USP3Q9Y6I4 PAM16-208ENST00000573553 722 ntTSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
USP3Q9Y6I4 NDUFA6-203ENST00000602404 1080 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
USP3Q9Y6I4 APOA5-203ENST00000542499 1929 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
USP3Q9Y6I4 SHANK1-203ENST00000391813 4785 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
USP3Q9Y6I4 CLDN15-208ENST00000611078 1509 ntTSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
USP3Q9Y6I4 STAMBPL1-203ENST00000371926 2532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
USP3Q9Y6I4 MAPKAP1-205ENST00000373503 3045 ntTSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
USP3Q9Y6I4 GNE-201ENST00000377902 2565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
USP3Q9Y6I4 ISG20-201ENST00000306072 1856 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
USP3Q9Y6I4 DUS3L-201ENST00000309061 2113 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
USP3Q9Y6I4 ZCWPW1-202ENST00000398027 2356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
USP3Q9Y6I4 CEACAM21-203ENST00000407170 1691 ntTSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
USP3Q9Y6I4 TGDS-201ENST00000261296 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
USP3Q9Y6I4 LMNA-208ENST00000448611 1943 ntTSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
USP3Q9Y6I4 AL355312.1-201ENST00000407115 2176 ntBASIC18.41■□□□□ 0.54
USP3Q9Y6I4 AR-207ENST00000612010 3896 ntTSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
USP3Q9Y6I4 CMIP-209ENST00000566513 2288 ntTSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
USP3Q9Y6I4 AC003669.1-201ENST00000334569 611 ntBASIC18.41■□□□□ 0.54
USP3Q9Y6I4 PSMA7-201ENST00000370858 925 ntTSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
USP3Q9Y6I4 MYCLP1-201ENST00000372451 1075 ntBASIC18.41■□□□□ 0.54
USP3Q9Y6I4 UPK3A-202ENST00000396082 627 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
USP3Q9Y6I4 NKTR-203ENST00000442970 646 ntTSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
USP3Q9Y6I4 RAB42-202ENST00000465518 857 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
USP3Q9Y6I4 RNPS1P1-201ENST00000507437 918 ntBASIC18.41■□□□□ 0.54
USP3Q9Y6I4 RNA5SP419-201ENST00000515908 135 ntBASIC18.41■□□□□ 0.54
USP3Q9Y6I4 KLK12-203ENST00000525263 1077 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
USP3Q9Y6I4 AL662844.1-201ENST00000546340 181 ntBASIC18.41■□□□□ 0.54
USP3Q9Y6I4 RNPS1-222ENST00000567147 830 ntTSL 3 BASIC18.41■□□□□ 0.54
USP3Q9Y6I4 ANO2-212ENST00000612575 1087 ntTSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
USP3Q9Y6I4 NFIB-212ENST00000622520 1274 ntTSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
USP3Q9Y6I4 SOD2-215ENST00000546087 2558 ntTSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
USP3Q9Y6I4 CHAC1-202ENST00000446533 1849 ntTSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
USP3Q9Y6I4 PVR-204ENST00000406449 1344 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
USP3Q9Y6I4 FLT3LG-204ENST00000595510 1301 ntTSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
USP3Q9Y6I4 CFLAR-208ENST00000423241 2128 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
USP3Q9Y6I4 GRAMD2B-218ENST00000542322 2977 ntTSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
USP3Q9Y6I4 P2RX5-209ENST00000552276 1642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
USP3Q9Y6I4 UBE2D2-202ENST00000398733 2702 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
USP3Q9Y6I4 CALB2-202ENST00000349553 1373 ntTSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
USP3Q9Y6I4 SYT15-201ENST00000374321 1369 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
USP3Q9Y6I4 SLC35G6-201ENST00000412468 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
USP3Q9Y6I4 SLCO4A1-AS1-202ENST00000433126 1420 ntTSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
USP3Q9Y6I4 PRKAG1-206ENST00000548065 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
USP3Q9Y6I4 LGI3-201ENST00000306317 3272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
USP3Q9Y6I4 PRSS12-201ENST00000296498 4809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
USP3Q9Y6I4 BMP1-202ENST00000306385 4229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
USP3Q9Y6I4 C1orf159-204ENST00000379339 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
USP3Q9Y6I4 NFIX-202ENST00000360105 5459 ntTSL 5 BASIC18.4■□□□□ 0.54
USP3Q9Y6I4 HTD2-201ENST00000461393 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
USP3Q9Y6I4 HAUS8-201ENST00000253669 1568 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
USP3Q9Y6I4 AC138969.1-205ENST00000381497 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
USP3Q9Y6I4 MRPL28-201ENST00000199706 1098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
USP3Q9Y6I4 HBA2-201ENST00000251595 605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
USP3Q9Y6I4 MED22-202ENST00000371999 987 ntTSL 3 BASIC18.4■□□□□ 0.54
USP3Q9Y6I4 CENPM-203ENST00000402338 1002 ntTSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
USP3Q9Y6I4 RPL13P5-203ENST00000421824 845 ntTSL 3 BASIC18.4■□□□□ 0.54
USP3Q9Y6I4 AL020989.1-201ENST00000422979 469 ntBASIC18.4■□□□□ 0.54
USP3Q9Y6I4 C1orf109-203ENST00000464085 919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.2 ms