Protein–RNA interactions for Protein: Q96CM3

RPUSD4, Mitochondrial RNA pseudouridine synthase RPUSD4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 377 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPUSD4Q96CM3 XK-201ENST00000378616 5206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.13□□□□□ -0.15
RPUSD4Q96CM3 C15orf52-202ENST00000397536 4717 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.13□□□□□ -0.15
RPUSD4Q96CM3 HCLS1-202ENST00000428394 1560 ntTSL 2 BASIC14.13□□□□□ -0.15
RPUSD4Q96CM3 GMCL1P1-201ENST00000463439 1581 ntBASIC14.13□□□□□ -0.15
RPUSD4Q96CM3 AGTPBP1-201ENST00000337006 4473 ntTSL 5 BASIC14.13□□□□□ -0.15
RPUSD4Q96CM3 NAT6-201ENST00000354862 1330 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.13□□□□□ -0.15
RPUSD4Q96CM3 STAC-201ENST00000273183 3227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.13□□□□□ -0.15
RPUSD4Q96CM3 ZNF425-201ENST00000378061 3220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.13□□□□□ -0.15
RPUSD4Q96CM3 TIGD2-202ENST00000603357 3217 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC14.13□□□□□ -0.15
RPUSD4Q96CM3 ASPH-211ENST00000518068 2744 ntTSL 1 (best) BASIC14.13□□□□□ -0.15
RPUSD4Q96CM3 SERPINH1-201ENST00000358171 2225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.13□□□□□ -0.15
RPUSD4Q96CM3 DMTN-223ENST00000523782 2235 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.13□□□□□ -0.15
RPUSD4Q96CM3 KHNYN-202ENST00000553935 3359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.13□□□□□ -0.15
RPUSD4Q96CM3 GCDH-201ENST00000222214 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.13□□□□□ -0.15
RPUSD4Q96CM3 TMEM177-204ENST00000424086 1738 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.12□□□□□ -0.15
RPUSD4Q96CM3 CYP2D7-207ENST00000612115 1734 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.12□□□□□ -0.15
RPUSD4Q96CM3 SESN1-204ENST00000436639 3509 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.12□□□□□ -0.15
RPUSD4Q96CM3 HRASLS5-206ENST00000540857 3032 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.12□□□□□ -0.15
RPUSD4Q96CM3 DUS3L-201ENST00000309061 2113 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.12□□□□□ -0.15
RPUSD4Q96CM3 C4A-243ENST00000428956 5460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.12□□□□□ -0.15
RPUSD4Q96CM3 C4B-202ENST00000435363 5460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.12□□□□□ -0.15
RPUSD4Q96CM3 WDR6-202ENST00000415265 1883 ntTSL 2 BASIC14.12□□□□□ -0.15
RPUSD4Q96CM3 RBM6-210ENST00000442092 2260 ntTSL 1 (best) BASIC14.12□□□□□ -0.15
RPUSD4Q96CM3 KCNIP4-206ENST00000447367 1641 ntTSL 5 BASIC14.12□□□□□ -0.15
RPUSD4Q96CM3 TMEM19-201ENST00000266673 5656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.12□□□□□ -0.15
RPUSD4Q96CM3 AKT1-214ENST00000555528 3066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.12□□□□□ -0.15
RPUSD4Q96CM3 FUK-207ENST00000571514 3054 ntTSL 2 BASIC14.12□□□□□ -0.15
RPUSD4Q96CM3 CHMP4A-201ENST00000347519 1393 ntTSL 1 (best) BASIC14.12□□□□□ -0.15
RPUSD4Q96CM3 SUPT20H-203ENST00000360252 2843 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.12□□□□□ -0.15
RPUSD4Q96CM3 PRSS53-201ENST00000280606 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.12□□□□□ -0.15
RPUSD4Q96CM3 PPM1M-202ENST00000323588 2193 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.12□□□□□ -0.15
RPUSD4Q96CM3 KRT81-202ENST00000615839 1505 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.12□□□□□ -0.15
RPUSD4Q96CM3 GPR83-202ENST00000539203 1909 ntTSL 5 BASIC14.12□□□□□ -0.15
RPUSD4Q96CM3 CARD10-201ENST00000251973 3934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.12□□□□□ -0.15
RPUSD4Q96CM3 KLC1-206ENST00000389744 3250 ntTSL 1 (best) BASIC14.12□□□□□ -0.15
RPUSD4Q96CM3 ZNF707-223ENST00000532205 2865 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.12□□□□□ -0.15
RPUSD4Q96CM3 KCNN2-208ENST00000631899 2098 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.12□□□□□ -0.15
RPUSD4Q96CM3 GPRIN2-201ENST00000374314 1696 ntAPPRIS P1 BASIC14.12□□□□□ -0.15
RPUSD4Q96CM3 SERF1A-201ENST00000317633 963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.12□□□□□ -0.15
RPUSD4Q96CM3 MTFP1-202ENST00000355143 891 ntTSL 2 BASIC14.12□□□□□ -0.15
RPUSD4Q96CM3 PUSL1-201ENST00000379031 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.12□□□□□ -0.15
RPUSD4Q96CM3 PSMG1-202ENST00000380900 907 ntTSL 1 (best) BASIC14.12□□□□□ -0.15
RPUSD4Q96CM3 FLYWCH2-202ENST00000396958 1036 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.12□□□□□ -0.15
RPUSD4Q96CM3 AL353807.1-201ENST00000427475 662 ntBASIC14.12□□□□□ -0.15
RPUSD4Q96CM3 NDUFS6-202ENST00000469176 550 ntTSL 2 BASIC14.12□□□□□ -0.15
RPUSD4Q96CM3 ZNF346-203ENST00000503425 1191 ntTSL 2 BASIC14.12□□□□□ -0.15
RPUSD4Q96CM3 SDR39U1-202ENST00000538105 1041 ntTSL 2 BASIC14.12□□□□□ -0.15
RPUSD4Q96CM3 JPT2-204ENST00000561516 1065 ntTSL 1 (best) BASIC14.12□□□□□ -0.15
RPUSD4Q96CM3 AL353708.3-201ENST00000610272 989 ntBASIC14.12□□□□□ -0.15
RPUSD4Q96CM3 CD24-208ENST00000622315 825 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.12□□□□□ -0.15
RPUSD4Q96CM3 ADD3-AS1-204ENST00000627565 388 ntTSL 3 BASIC14.12□□□□□ -0.15
RPUSD4Q96CM3 TK2-207ENST00000544898 3441 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.12□□□□□ -0.15
RPUSD4Q96CM3 SACS-AS1-201ENST00000443092 2234 ntTSL 2 BASIC14.12□□□□□ -0.15
RPUSD4Q96CM3 HCFC1-201ENST00000310441 8869 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.12□□□□□ -0.15
RPUSD4Q96CM3 ATP2A3-205ENST00000397041 4675 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.12□□□□□ -0.15
RPUSD4Q96CM3 CCDC120-206ENST00000603986 2379 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.12□□□□□ -0.15
RPUSD4Q96CM3 ARHGAP33-201ENST00000007510 2545 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.12□□□□□ -0.15
RPUSD4Q96CM3 STYXL1-208ENST00000451157 1570 ntTSL 1 (best) BASIC14.12□□□□□ -0.15
RPUSD4Q96CM3 TNFRSF13C-201ENST00000291232 3944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.12□□□□□ -0.15
RPUSD4Q96CM3 JKAMP-201ENST00000261247 1726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.12□□□□□ -0.15
RPUSD4Q96CM3 CYP2D6-204ENST00000389970 1714 ntTSL 5 BASIC14.12□□□□□ -0.15
RPUSD4Q96CM3 RASAL3-201ENST00000343625 3293 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC14.12□□□□□ -0.15
RPUSD4Q96CM3 KMT5C-212ENST00000630497 2037 ntTSL 1 (best) BASIC14.12□□□□□ -0.15
RPUSD4Q96CM3 LINC02199-201ENST00000506655 2702 ntBASIC14.12□□□□□ -0.15
RPUSD4Q96CM3 C1orf115-201ENST00000294889 3413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.12□□□□□ -0.15
RPUSD4Q96CM3 MAPRE1-201ENST00000375571 2623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.11□□□□□ -0.15
RPUSD4Q96CM3 PITPNA-201ENST00000313486 3912 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC14.11□□□□□ -0.15
RPUSD4Q96CM3 ADGRA1-AS1-201ENST00000366099 3236 ntBASIC14.11□□□□□ -0.15
RPUSD4Q96CM3 AL365277.1-202ENST00000331856 2241 ntTSL 2 BASIC14.11□□□□□ -0.15
RPUSD4Q96CM3 SLITRK4-201ENST00000338017 3357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.11□□□□□ -0.15
RPUSD4Q96CM3 DNAAF1-201ENST00000378553 2379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.11□□□□□ -0.15
RPUSD4Q96CM3 LGALS9-202ENST00000313648 1378 ntTSL 3 BASIC14.11□□□□□ -0.15
RPUSD4Q96CM3 UCHL5-202ENST00000367449 1507 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.11□□□□□ -0.15
RPUSD4Q96CM3 HOXA2-201ENST00000222718 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.11□□□□□ -0.15
RPUSD4Q96CM3 GLS2-216ENST00000610413 2296 ntTSL 5 BASIC14.11□□□□□ -0.15
RPUSD4Q96CM3 F11R-206ENST00000621309 4770 ntTSL 5 BASIC14.11□□□□□ -0.15
RPUSD4Q96CM3 SSH3-201ENST00000308127 2871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.11□□□□□ -0.15
RPUSD4Q96CM3 IL17C-201ENST00000244241 1044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.11□□□□□ -0.15
RPUSD4Q96CM3 SPATA2L-202ENST00000335360 1001 ntTSL 1 (best) BASIC14.11□□□□□ -0.15
RPUSD4Q96CM3 HLA-DRB1-201ENST00000360004 1229 ntAPPRIS P1 BASIC14.11□□□□□ -0.15
RPUSD4Q96CM3 TRABD2A-202ENST00000409133 1554 ntTSL 1 (best) BASIC14.11□□□□□ -0.15
RPUSD4Q96CM3 RAB29-203ENST00000414729 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.11□□□□□ -0.15
RPUSD4Q96CM3 AC004951.3-201ENST00000418645 1148 ntBASIC14.11□□□□□ -0.15
RPUSD4Q96CM3 LY6E-202ENST00000429120 1173 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.11□□□□□ -0.15
RPUSD4Q96CM3 A3GALT2-201ENST00000442999 1023 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.11□□□□□ -0.15
RPUSD4Q96CM3 ACAA1-209ENST00000450296 1570 ntTSL 5 BASIC14.11□□□□□ -0.15
RPUSD4Q96CM3 RPS2P4-201ENST00000476944 856 ntBASIC14.11□□□□□ -0.15
RPUSD4Q96CM3 PRRT4-205ENST00000489835 2313 ntTSL 1 (best) BASIC14.11□□□□□ -0.15
RPUSD4Q96CM3 SPINK2-202ENST00000504762 659 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.11□□□□□ -0.15
RPUSD4Q96CM3 KRT8P3-201ENST00000519669 1449 ntBASIC14.11□□□□□ -0.15
RPUSD4Q96CM3 ALKAL1-202ENST00000523939 536 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.11□□□□□ -0.15
RPUSD4Q96CM3 C1QBPP2-201ENST00000528754 825 ntBASIC14.11□□□□□ -0.15
RPUSD4Q96CM3 AC087498.1-201ENST00000572493 945 ntAPPRIS P1 BASIC14.11□□□□□ -0.15
RPUSD4Q96CM3 PSMC3IP-208ENST00000590760 664 ntTSL 1 (best) BASIC14.11□□□□□ -0.15
RPUSD4Q96CM3 SEPT9-237ENST00000591198 2160 ntTSL 2 BASIC14.11□□□□□ -0.15
RPUSD4Q96CM3 TPR-209ENST00000613151 2478 ntTSL 5 BASIC14.11□□□□□ -0.15
RPUSD4Q96CM3 PHKG2-204ENST00000563588 5539 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.11□□□□□ -0.15
RPUSD4Q96CM3 HELZ2-202ENST00000427522 7827 ntTSL 1 (best) BASIC14.11□□□□□ -0.15
RPUSD4Q96CM3 ADRA2A-201ENST00000280155 3745 ntAPPRIS P1 BASIC14.11□□□□□ -0.15
RPUSD4Q96CM3 PDK1-203ENST00000410055 2990 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.11□□□□□ -0.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.3 ms