Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 ACSL6-205ENST00000379246 2622 ntTSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 MADD-208ENST00000405573 1823 ntTSL 5 BASIC17.88■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 PRR22-202ENST00000419421 1392 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.88■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 AC074389.1-201ENST00000382528 1423 ntTSL 2 BASIC17.88■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 ZNF692-204ENST00000451251 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.88■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 ZNF296-202ENST00000622376 1631 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 PLEKHH3-204ENST00000591022 2983 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 METTL26-201ENST00000301686 794 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 METTL26-205ENST00000397666 726 ntTSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 ACTG1P4-201ENST00000425123 1122 ntBASIC17.87■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 RHOQP3-201ENST00000437982 621 ntBASIC17.87■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 CCDC74BP1-201ENST00000508880 1123 ntBASIC17.87■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 HIST4H4-204ENST00000539745 577 ntAPPRIS P1 BASIC17.87■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 DHRS4-205ENST00000558263 1089 ntTSL 5 BASIC17.87■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 DHRS4L2-207ENST00000558753 556 ntTSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 METTL23-203ENST00000586738 1059 ntTSL 5 BASIC17.87■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 METTL23-205ENST00000588302 925 ntTSL 5 BASIC17.87■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 SBDS-205ENST00000617799 953 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.87■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 CITED2-204ENST00000618718 901 ntTSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 AC244517.11-201ENST00000624192 573 ntTSL 5 BASIC17.87■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 LINC02415-201ENST00000508505 1315 ntTSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 DOLPP1-203ENST00000406974 2037 ntTSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 SLC23A3-203ENST00000409878 2010 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 GPER1-204ENST00000401670 1542 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 HAUS8-201ENST00000253669 1568 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 PIP4K2C-202ENST00000422156 1558 ntTSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 CD55-206ENST00000391921 2433 ntTSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 MYO19-225ENST00000621344 1640 ntTSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 NOP14-202ENST00000398071 2535 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 NDUFS7-210ENST00000539480 1743 ntTSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 ACVR1B-203ENST00000426655 1782 ntTSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 HIBADH-201ENST00000265395 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 PML-211ENST00000564428 1985 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 KDM4B-202ENST00000381759 3058 ntTSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 CMTM3-201ENST00000361909 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 RRP7BP-201ENST00000357802 2375 ntTSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 HELT-204ENST00000515777 841 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 IL18BP-211ENST00000531053 853 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 LINC01481-203ENST00000549651 883 ntTSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 AL096865.1-201ENST00000606796 927 ntBASIC17.87■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 FGF2-202ENST00000608478 3880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 EIF4A1-203ENST00000577269 1319 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 CRB3-203ENST00000598494 1443 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 CHAC1-204ENST00000617768 1560 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 PCBP4-210ENST00000471622 1784 ntTSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 TPRA1-204ENST00000450633 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 GCGR-202ENST00000570996 1872 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 ISOC1-201ENST00000173527 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 FOLH1-203ENST00000343844 2258 ntTSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 MSLN-207ENST00000566549 2418 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 PRKAR1B-212ENST00000544935 2494 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 C6orf223-202ENST00000439969 2757 ntTSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 POLR2C-201ENST00000219252 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 ERICH1-201ENST00000262109 1813 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 MCOLN2-201ENST00000284027 1729 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 LRCH4-201ENST00000310300 2552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 FAM206A-201ENST00000322940 2134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 GCAT-202ENST00000323205 1656 ntTSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 LINC00313-201ENST00000332440 579 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 ZDHHC4-206ENST00000405731 1348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 LINC00029-202ENST00000414668 1117 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 RANGRF-203ENST00000439238 1140 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 PRSS29P-201ENST00000440800 595 ntBASIC17.86■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 WT1-205ENST00000452863 2768 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 FAM153C-206ENST00000507848 1071 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 DTX3-204ENST00000548804 2067 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 AJ003147.2-201ENST00000576468 629 ntTSL 3 BASIC17.86■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 MFSD11-219ENST00000593181 1922 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 GTPBP3-222ENST00000600625 2493 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 AC025580.3-201ENST00000617932 1424 ntBASIC17.86■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 NOP56-201ENST00000329276 2400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 LIN54-209ENST00000510557 2257 ntTSL 2 BASIC17.85■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 AC138356.1-201ENST00000330539 2086 ntTSL 2 BASIC17.85■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 BSG-201ENST00000333511 1974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 SLC2A8-202ENST00000373360 1937 ntTSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 ATP6AP2-214ENST00000636287 1904 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 DPM2-201ENST00000314392 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 HSD17B6-203ENST00000554150 1547 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 HTATSF1-204ENST00000535601 3019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 TM2D3-207ENST00000559107 1353 ntTSL 3 BASIC17.85■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 CLN6-202ENST00000538696 1343 ntTSL 2 BASIC17.85■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 PSMG3-201ENST00000252329 1007 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.85■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 POLR3GL-202ENST00000369314 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 CRLF2-202ENST00000381567 1013 ntTSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 PTCHD3P3-201ENST00000403073 906 ntBASIC17.85■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 ITGB1BP1-205ENST00000456913 1043 ntTSL 2 BASIC17.85■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 ITGB1BP1-216ENST00000488451 874 ntTSL 3 BASIC17.85■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 AC002558.1-201ENST00000488906 803 ntBASIC17.85■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 CD63-210ENST00000550776 870 ntTSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 AC010618.3-201ENST00000596643 775 ntTSL 3 BASIC17.85■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 AC022145.2-201ENST00000598203 171 ntBASIC17.85■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 AL390955.2-201ENST00000603032 514 ntBASIC17.85■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 AL353135.1-201ENST00000606729 504 ntBASIC17.85■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 COLCA2-204ENST00000610738 975 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 AQP12B-206ENST00000621682 1080 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 COLCA2-206ENST00000638573 1080 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 AP000997.3-201ENST00000623333 2250 ntBASIC17.85■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 EEF1D-205ENST00000442189 2207 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 BANP-202ENST00000355022 2164 ntTSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 SYNGR2-206ENST00000589711 2041 ntTSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.7 ms