Protein–RNA interactions for Protein: P18827

SDC1, Syndecan-1, humanhuman

Predictions only

Length 310 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC1P18827 AD000864.1-201ENST00000624076 2295 ntBASIC16.87■□□□□ 0.29
SDC1P18827 DTX2-206ENST00000430490 2623 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
SDC1P18827 CHRNA7-207ENST00000635884 1975 ntTSL 5 BASIC16.87■□□□□ 0.29
SDC1P18827 NSD3-201ENST00000316985 3995 ntTSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
SDC1P18827 NTMT1-211ENST00000617943 1346 ntTSL 3 BASIC16.87■□□□□ 0.29
SDC1P18827 TFRC-202ENST00000392396 5032 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
SDC1P18827 SENP2-201ENST00000296257 5717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
SDC1P18827 UPP1-203ENST00000395564 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
SDC1P18827 GGPS1-206ENST00000488594 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
SDC1P18827 LPAR3-201ENST00000370611 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
SDC1P18827 DTX3-204ENST00000548804 2067 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.87■□□□□ 0.29
SDC1P18827 SLC5A10-204ENST00000395647 2140 ntTSL 2 BASIC16.87■□□□□ 0.29
SDC1P18827 LINC00905-202ENST00000588117 1768 ntTSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
SDC1P18827 LINC01105-206ENST00000456327 1434 ntTSL 5 BASIC16.87■□□□□ 0.29
SDC1P18827 LINC01311-201ENST00000565162 1445 ntBASIC16.87■□□□□ 0.29
SDC1P18827 C6orf141-206ENST00000529246 1450 ntAPPRIS P1 BASIC16.86■□□□□ 0.29
SDC1P18827 GGN-201ENST00000334928 2239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
SDC1P18827 SMOX-205ENST00000379460 2230 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.86■□□□□ 0.29
SDC1P18827 SPAG1-201ENST00000251809 3748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.86■□□□□ 0.29
SDC1P18827 RMDN3-202ENST00000338376 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
SDC1P18827 FAM9A-202ENST00000543214 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
SDC1P18827 PRSS36-207ENST00000569305 2723 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
SDC1P18827 PDE2A-226ENST00000544570 3119 ntTSL 5 BASIC16.86■□□□□ 0.29
SDC1P18827 KLK5-201ENST00000336334 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
SDC1P18827 CSTB-204ENST00000640406 2354 ntTSL 2 BASIC16.86■□□□□ 0.29
SDC1P18827 CHRNA5-201ENST00000299565 3623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
SDC1P18827 OR6D1P-202ENST00000641007 5290 ntBASIC16.86■□□□□ 0.29
SDC1P18827 CCDC78-201ENST00000293889 1611 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
SDC1P18827 WIPI2-201ENST00000288828 4476 ntTSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
SDC1P18827 PYDC1-201ENST00000302964 813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
SDC1P18827 AC114763.1-202ENST00000414911 867 ntTSL 3 BASIC16.86■□□□□ 0.29
SDC1P18827 MRPS24-203ENST00000418740 743 ntTSL 2 BASIC16.86■□□□□ 0.29
SDC1P18827 MALL-203ENST00000427178 1070 ntTSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
SDC1P18827 SPDYE13P-201ENST00000445314 798 ntBASIC16.86■□□□□ 0.29
SDC1P18827 TMEM64-204ENST00000519519 873 ntTSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
SDC1P18827 AC012213.1-202ENST00000523422 449 ntTSL 3 BASIC16.86■□□□□ 0.29
SDC1P18827 SPAG7-207ENST00000575142 1094 ntTSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
SDC1P18827 FCGRT-210ENST00000596975 1054 ntTSL 5 BASIC16.86■□□□□ 0.29
SDC1P18827 EML2-AS1-203ENST00000623430 886 ntTSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
SDC1P18827 SCARB2-201ENST00000264896 4792 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
SDC1P18827 TADA1-201ENST00000367874 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
SDC1P18827 GRK6-202ENST00000355958 1789 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
SDC1P18827 CLEC4G-201ENST00000328853 1360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
SDC1P18827 KCNQ1-201ENST00000155840 3245 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
SDC1P18827 ZNF668-201ENST00000300849 2762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
SDC1P18827 KRT8-201ENST00000293308 1882 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.86■□□□□ 0.29
SDC1P18827 SPSB3-201ENST00000301717 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
SDC1P18827 MCRS1-202ENST00000357123 1428 ntTSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
SDC1P18827 CLK2-202ENST00000361168 1934 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
SDC1P18827 MFSD11-219ENST00000593181 1922 ntTSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
SDC1P18827 FIGNL2-202ENST00000618634 4812 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.86■□□□□ 0.29
SDC1P18827 CD151-203ENST00000397421 1486 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
SDC1P18827 PDE4A-201ENST00000293683 2583 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
SDC1P18827 ING5-201ENST00000313552 5196 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
SDC1P18827 KAT2A-201ENST00000225916 3109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
SDC1P18827 IQGAP2-201ENST00000274364 5844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
SDC1P18827 LAT-203ENST00000395456 1616 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
SDC1P18827 P2RY6-209ENST00000540342 1611 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.85■□□□□ 0.29
SDC1P18827 Z83836.1-201ENST00000624605 1642 ntBASIC16.85■□□□□ 0.29
SDC1P18827 LYRM9-203ENST00000460380 2196 ntTSL 2 BASIC16.85■□□□□ 0.29
SDC1P18827 NAGPA-201ENST00000312251 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
SDC1P18827 SWAP70-202ENST00000447399 3538 ntTSL 2 BASIC16.85■□□□□ 0.29
SDC1P18827 SASH1-201ENST00000367467 7711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
SDC1P18827 EMILIN3-201ENST00000332312 3796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
SDC1P18827 METTL21C-201ENST00000267273 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
SDC1P18827 GLRX2-201ENST00000367439 701 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
SDC1P18827 SELENOF-202ENST00000370554 1220 ntTSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
SDC1P18827 AC007731.5-201ENST00000429594 644 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.85■□□□□ 0.29
SDC1P18827 AP001625.2-201ENST00000442605 575 ntTSL 2 BASIC16.85■□□□□ 0.29
SDC1P18827 LBX1-AS1-203ENST00000454527 740 ntTSL 5 BASIC16.85■□□□□ 0.29
SDC1P18827 AC092647.4-201ENST00000457211 535 ntBASIC16.85■□□□□ 0.29
SDC1P18827 RPL29-204ENST00000479017 670 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.85■□□□□ 0.29
SDC1P18827 ECSIT-207ENST00000588998 818 ntTSL 3 BASIC16.85■□□□□ 0.29
SDC1P18827 EXTL3-201ENST00000220562 6483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
SDC1P18827 NFATC4-215ENST00000554661 2631 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
SDC1P18827 SCP2-202ENST00000371513 2003 ntTSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
SDC1P18827 PFKFB3-215ENST00000536985 2094 ntTSL 2 BASIC16.85■□□□□ 0.29
SDC1P18827 RASA4-202ENST00000449970 2787 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.85■□□□□ 0.29
SDC1P18827 SMPD4-202ENST00000409031 4896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
SDC1P18827 MSLNL-201ENST00000442466 2109 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.85■□□□□ 0.29
SDC1P18827 UBE3A-201ENST00000232165 5051 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.85■□□□□ 0.29
SDC1P18827 MFSD2A-201ENST00000372809 2173 ntTSL 2 BASIC16.85■□□□□ 0.29
SDC1P18827 ITGB2-AS1-202ENST00000441379 2282 ntTSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
SDC1P18827 ACSF3-202ENST00000378345 1541 ntTSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
SDC1P18827 MBD4-202ENST00000393278 1684 ntTSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
SDC1P18827 CTNNAL1-204ENST00000374595 2522 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
SDC1P18827 SRPX-202ENST00000432886 1725 ntTSL 2 BASIC16.84■□□□□ 0.29
SDC1P18827 MTMR1-208ENST00000445323 4516 ntTSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
SDC1P18827 SORCS3-202ENST00000369701 5757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
SDC1P18827 PLCH2-203ENST00000378486 4837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
SDC1P18827 PLCH2-204ENST00000419816 4837 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.84■□□□□ 0.29
SDC1P18827 SYBU-224ENST00000529690 1983 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.84■□□□□ 0.29
SDC1P18827 RNF34-201ENST00000361234 2066 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
SDC1P18827 GCGR-201ENST00000400723 2051 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
SDC1P18827 AGBL5-202ENST00000360131 3177 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
SDC1P18827 FOSB-209ENST00000590335 2170 ntTSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
SDC1P18827 SCARB2-223ENST00000640640 4608 ntTSL 5 BASIC16.84■□□□□ 0.29
SDC1P18827 CD24-204ENST00000619133 2513 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.84■□□□□ 0.29
SDC1P18827 RABAC1-201ENST00000222008 821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
SDC1P18827 H2AFB2-201ENST00000354514 348 ntAPPRIS P1 BASIC16.84■□□□□ 0.29
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.2 ms