Protein–RNA interactions for Protein: P12111

COL6A3, Collagen alpha-3(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 3,177 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A3P12111 MIR6080-201ENST00000617359 66 ntBASIC18.25■□□□□ 0.51
COL6A3P12111 LINC00466-208ENST00000635218 1217 ntTSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
COL6A3P12111 MOK-201ENST00000361847 1940 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
COL6A3P12111 SNX19-207ENST00000528555 1506 ntTSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
COL6A3P12111 FAM66B-202ENST00000606573 2630 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
COL6A3P12111 AC129492.1-201ENST00000399413 1804 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
COL6A3P12111 AL079301.1-201ENST00000424580 1633 ntTSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
COL6A3P12111 ZNF789-201ENST00000331410 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
COL6A3P12111 AC097637.2-201ENST00000624096 1997 ntBASIC18.25■□□□□ 0.51
COL6A3P12111 ACBD4-204ENST00000431281 2026 ntTSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
COL6A3P12111 WDR38-201ENST00000373574 1252 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
COL6A3P12111 GOLGA2P4-201ENST00000441462 777 ntBASIC18.25■□□□□ 0.51
COL6A3P12111 TMEM225B-203ENST00000453227 1041 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
COL6A3P12111 BARD1-209ENST00000613192 703 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
COL6A3P12111 BRD4-202ENST00000360016 3240 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
COL6A3P12111 TWF1-201ENST00000395510 3045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
COL6A3P12111 GOLGA7-202ENST00000405786 1903 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
COL6A3P12111 EVA1C-202ENST00000382699 1668 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
COL6A3P12111 C7orf49-202ENST00000424142 1738 ntTSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
COL6A3P12111 PCID2-202ENST00000337344 1898 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
COL6A3P12111 LURAP1-201ENST00000371980 1854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
COL6A3P12111 CSNK1G2-AS1-201ENST00000314315 1252 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
COL6A3P12111 CACNB2-206ENST00000377328 1233 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
COL6A3P12111 BAG1-202ENST00000379704 1128 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
COL6A3P12111 MFF-223ENST00000524634 647 ntTSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
COL6A3P12111 AP005482.1-201ENST00000563722 1273 ntBASIC18.24■□□□□ 0.51
COL6A3P12111 COQ4-205ENST00000609948 956 ntTSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
COL6A3P12111 SLC16A5-201ENST00000329783 1934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
COL6A3P12111 CYP2E1-205ENST00000463117 1912 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
COL6A3P12111 TOR1B-201ENST00000259339 2769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
COL6A3P12111 LTK-202ENST00000355166 2940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
COL6A3P12111 TUBA1A-201ENST00000295766 1887 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
COL6A3P12111 ZNF346-201ENST00000358149 2314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
COL6A3P12111 SEPT6-202ENST00000354228 1576 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
COL6A3P12111 TFAP2A-AS1-201ENST00000420777 1575 ntTSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
COL6A3P12111 CMTM7-201ENST00000334983 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
COL6A3P12111 AL513303.2-201ENST00000413339 536 ntTSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
COL6A3P12111 RALY-AS1-203ENST00000440595 660 ntTSL 3 BASIC18.24■□□□□ 0.51
COL6A3P12111 CDKN2AIP-205ENST00000510928 860 ntTSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
COL6A3P12111 KLK15-204ENST00000598239 855 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
COL6A3P12111 AC016727.1-203ENST00000603199 540 ntTSL 4 BASIC18.24■□□□□ 0.51
COL6A3P12111 HIST1H3I-201ENST00000616365 411 ntAPPRIS P1 BASIC18.24■□□□□ 0.51
COL6A3P12111 LRRC23-215ENST00000622489 1061 ntTSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
COL6A3P12111 SPG7-202ENST00000341316 2288 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
COL6A3P12111 BCS1L-205ENST00000412366 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
COL6A3P12111 CHID1-215ENST00000528581 1431 ntTSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
COL6A3P12111 AC018445.3-201ENST00000624177 1945 ntBASIC18.24■□□□□ 0.51
COL6A3P12111 BST1-201ENST00000265016 1480 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
COL6A3P12111 AP2A2-222ENST00000534328 1491 ntTSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
COL6A3P12111 GLYCTK-202ENST00000436784 1982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
COL6A3P12111 DCK-201ENST00000286648 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
COL6A3P12111 CEACAM16-202ENST00000587331 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
COL6A3P12111 HCK-206ENST00000518730 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
COL6A3P12111 LGMN-211ENST00000555699 1728 ntTSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
COL6A3P12111 FAM72A-202ENST00000367128 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
COL6A3P12111 FAM72D-201ENST00000400889 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
COL6A3P12111 AC008443.3-201ENST00000412295 549 ntTSL 4 BASIC18.24■□□□□ 0.51
COL6A3P12111 AL359815.1-201ENST00000457706 821 ntTSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
COL6A3P12111 AC137894.1-201ENST00000526431 547 ntTSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
COL6A3P12111 AP002008.1-201ENST00000530283 1155 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
COL6A3P12111 AL391825.1-201ENST00000457671 1364 ntBASIC18.23■□□□□ 0.51
COL6A3P12111 SERBP1-201ENST00000361219 2103 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
COL6A3P12111 PCBP3-206ENST00000400314 2202 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
COL6A3P12111 GHRHR-205ENST00000409904 1613 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
COL6A3P12111 CD1E-205ENST00000368160 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
COL6A3P12111 ZNF669-201ENST00000343381 1951 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
COL6A3P12111 LGI3-202ENST00000424267 3114 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
COL6A3P12111 POLR2J-201ENST00000292614 932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
COL6A3P12111 RNASE10-201ENST00000328444 717 ntAPPRIS P1 BASIC18.23■□□□□ 0.51
COL6A3P12111 LINC01983-203ENST00000444346 519 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
COL6A3P12111 FOS-206ENST00000555347 1280 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
COL6A3P12111 ORC6-206ENST00000568364 888 ntTSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
COL6A3P12111 WNT11-204ENST00000621122 789 ntTSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
COL6A3P12111 TMEM200B-201ENST00000420504 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
COL6A3P12111 TMEM129-201ENST00000303277 2678 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
COL6A3P12111 URAHP-203ENST00000517889 1381 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
COL6A3P12111 SEPT8-208ENST00000378721 1723 ntTSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
COL6A3P12111 NSUN5P2-205ENST00000602348 1776 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
COL6A3P12111 FAM83E-201ENST00000263266 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
COL6A3P12111 CPSF6-203ENST00000456847 1915 ntTSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
COL6A3P12111 CETN1-201ENST00000327228 1758 ntAPPRIS P1 BASIC18.23■□□□□ 0.51
COL6A3P12111 LRRC36-201ENST00000329956 2395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
COL6A3P12111 CEACAM21-203ENST00000407170 1691 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
COL6A3P12111 LINC02055-207ENST00000524346 706 ntTSL 3 BASIC18.23■□□□□ 0.51
COL6A3P12111 OMP-201ENST00000529803 492 ntAPPRIS P1 BASIC18.23■□□□□ 0.51
COL6A3P12111 AC103810.3-201ENST00000583567 96 ntBASIC18.23■□□□□ 0.51
COL6A3P12111 PI4KAP1-204ENST00000612579 1703 ntBASIC18.23■□□□□ 0.51
COL6A3P12111 PAAF1-207ENST00000536003 1639 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
COL6A3P12111 LRRC23-201ENST00000007969 1615 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
COL6A3P12111 RASL12-201ENST00000220062 2640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
COL6A3P12111 SPDYE2-202ENST00000432940 1209 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
COL6A3P12111 SPDYE2B-201ENST00000436228 1209 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
COL6A3P12111 SPDYE5-201ENST00000455862 1209 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
COL6A3P12111 SNHG12-210ENST00000483436 682 ntTSL 3 BASIC18.22■□□□□ 0.51
COL6A3P12111 SLC35F5-203ENST00000409342 2284 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
COL6A3P12111 NAPA-AS1-201ENST00000593284 1753 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
COL6A3P12111 FCGRT-202ENST00000426395 1559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
COL6A3P12111 UXT-AS1-201ENST00000590504 1525 ntBASIC18.22■□□□□ 0.51
COL6A3P12111 LAPTM4B-204ENST00000619747 2758 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
COL6A3P12111 RPS3A-212ENST00000514682 985 ntTSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.2 ms