Protein–RNA interactions for Protein: Q9UK41

VPS28, Vacuolar protein sorting-associated protein 28 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 221 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS28Q9UK41 DMKN-213ENST00000447113 1611 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 GFI1B-208ENST00000636263 1604 ntTSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 RHOB-201ENST00000272233 2372 ntAPPRIS P1 BASIC18.24■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 ISY1-201ENST00000273541 1704 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 UBXN6-202ENST00000394765 1809 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 COPS7A-210ENST00000539735 1832 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 ARID1B-203ENST00000350026 7962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 HDDC3-201ENST00000330334 1047 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 DFFB-203ENST00000341385 572 ntTSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 CHCHD1-201ENST00000372833 835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 RCN1P2-201ENST00000398357 915 ntBASIC18.24■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 METTL21A-205ENST00000426075 1051 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 ICAM2-203ENST00000449662 1221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 ZNF436-AS1-203ENST00000454117 997 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 DCTPP1-204ENST00000568434 853 ntTSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 MIR5100-201ENST00000579544 119 ntBASIC18.24■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 AL591684.3-201ENST00000605187 298 ntBASIC18.24■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 ADCY3-201ENST00000260600 5050 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 AC005865.2-201ENST00000505276 2303 ntTSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 GPANK1-201ENST00000375893 1598 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 CD276-201ENST00000318424 2738 ntTSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 GOLGA6L2-204ENST00000567107 3030 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 SULT1A1-204ENST00000395609 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 THAP12-201ENST00000260045 3300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 ZMYND11-214ENST00000509513 2065 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 KCNC2-203ENST00000393288 2485 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 CYP2D7-208ENST00000614967 1504 ntTSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 TMEM59L-201ENST00000262817 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 NLE1-201ENST00000360831 1726 ntTSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 ACSM2B-208ENST00000565322 1834 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 TBXA2R-204ENST00000589966 1814 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 TCTEX1D1-201ENST00000282670 2001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 VASH1-201ENST00000167106 5728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 TSHZ3-201ENST00000240587 5176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 KMT5A-201ENST00000330479 3069 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 KLHL33-202ENST00000636854 2394 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 ADRA1A-205ENST00000380582 2089 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 AC120049.1-201ENST00000592638 2065 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 TPRA1-204ENST00000450633 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 HHATL-201ENST00000310417 1750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 SCRN2-202ENST00000407215 1779 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 SNAP91-201ENST00000195649 4434 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 SNAP91-204ENST00000369694 4449 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 METTL21C-201ENST00000267273 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 AC004870.1-201ENST00000315132 882 ntBASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 AP2S1-202ENST00000352203 793 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 C2orf82-202ENST00000409230 663 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 CAMTA1-IT1-201ENST00000427317 365 ntTSL 3 BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 UBXN10-AS1-201ENST00000442226 510 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 AC136604.3-201ENST00000508188 429 ntTSL 3 BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 COX5A-204ENST00000567270 579 ntTSL 3 BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 AP2S1-204ENST00000597020 707 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 IGHV3OR16-7-201ENST00000604106 360 ntBASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 DNASE1L2-206ENST00000613572 1260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 RAB34-226ENST00000636772 1180 ntTSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 HR-201ENST00000312841 5351 ntTSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 BOD1L2-201ENST00000585477 3239 ntAPPRIS P1 BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 CAPN5-205ENST00000529629 2333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 AL590648.2-201ENST00000427949 2225 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 ZNF454-202ENST00000519564 2142 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 PLBD2-201ENST00000280800 4800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 UQCC3-201ENST00000377953 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 TMEM214-201ENST00000238788 2990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 MRI1-201ENST00000040663 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 IGSF9B-206ENST00000533871 5050 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 FARP2-202ENST00000373287 2580 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 AC002310.5-201ENST00000569360 1515 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 TBX2-201ENST00000240328 3339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 TEX264-204ENST00000415259 2290 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 TMEM216-203ENST00000515837 1958 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 AC100803.2-201ENST00000562459 1963 ntBASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 SEPT11-209ENST00000510515 1886 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 TEFM-205ENST00000581216 1891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 ENC1-201ENST00000302351 5520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 ZNF500-202ENST00000545009 2440 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 RABL6-201ENST00000311502 3091 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 MCF2L-208ENST00000397030 6580 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 MRC2-201ENST00000303375 5988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 PRSS23-201ENST00000280258 4015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 SF1-203ENST00000377387 2947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 NDUFS7-201ENST00000233627 1039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 EMC9-202ENST00000419198 953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 AC068134.1-202ENST00000439072 356 ntTSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 ACP6-203ENST00000487562 1258 ntTSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 AL512357.1-201ENST00000557687 518 ntTSL 4 BASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 CCDC61-202ENST00000594087 1017 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 AC011467.2-201ENST00000598425 242 ntBASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 PLAUR-214ENST00000601723 1205 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 NAA60-201ENST00000360862 2522 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 FLJ13224-201ENST00000313737 1514 ntBASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 KIRREL2-205ENST00000592409 2563 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 IL15-201ENST00000296545 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 FAM111A-204ENST00000528737 6189 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 SDCBP2-204ENST00000381812 1550 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 MAEA-219ENST00000514708 1945 ntTSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 RPS6KA3-201ENST00000379565 7918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 TNFAIP2-201ENST00000333007 4175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 IDH3G-201ENST00000217901 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 AC002310.2-202ENST00000492040 1488 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 MCOLN1-201ENST00000264079 2082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.3 ms