Protein–RNA interactions for Protein: Q9UGP4

LIMD1, LIM domain-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 676 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMD1Q9UGP4 VMO1-202ENST00000354194 651 ntTSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
LIMD1Q9UGP4 TMEM205-201ENST00000354882 1034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
LIMD1Q9UGP4 AL512785.2-202ENST00000367932 830 ntTSL 4 BASIC18.45■□□□□ 0.54
LIMD1Q9UGP4 RPA2-202ENST00000373909 1162 ntTSL 3 BASIC18.45■□□□□ 0.54
LIMD1Q9UGP4 CSNK2B-203ENST00000375882 948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
LIMD1Q9UGP4 WWOX-204ENST00000408984 1227 ntTSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
LIMD1Q9UGP4 CRYGEP-201ENST00000412192 528 ntBASIC18.45■□□□□ 0.54
LIMD1Q9UGP4 CNN2P11-201ENST00000429351 262 ntBASIC18.45■□□□□ 0.54
LIMD1Q9UGP4 AFG3L1P-209ENST00000429663 458 ntTSL 3 BASIC18.45■□□□□ 0.54
LIMD1Q9UGP4 ANKRD13D-218ENST00000515828 1111 ntTSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
LIMD1Q9UGP4 AL121820.2-201ENST00000556301 279 ntTSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
LIMD1Q9UGP4 TMEM205-205ENST00000586590 677 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
LIMD1Q9UGP4 TMEM205-207ENST00000586956 1003 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
LIMD1Q9UGP4 AC005944.1-201ENST00000592758 564 ntTSL 3 BASIC18.45■□□□□ 0.54
LIMD1Q9UGP4 LINC00894-202ENST00000425602 1597 ntTSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
LIMD1Q9UGP4 IFFO1-212ENST00000619571 2724 ntTSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
LIMD1Q9UGP4 RNF146-201ENST00000309649 2624 ntAPPRIS P3 TSL 4 BASIC18.45■□□□□ 0.54
LIMD1Q9UGP4 FNBP1-202ENST00000420781 5410 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
LIMD1Q9UGP4 KRT81-201ENST00000327741 1929 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
LIMD1Q9UGP4 ATF5-201ENST00000423777 2069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
LIMD1Q9UGP4 SMC4-201ENST00000344722 5356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
LIMD1Q9UGP4 TLNRD1-201ENST00000267984 4845 ntAPPRIS P1 BASIC18.44■□□□□ 0.54
LIMD1Q9UGP4 TESMIN-201ENST00000255087 2579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
LIMD1Q9UGP4 ACD-202ENST00000393919 1974 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
LIMD1Q9UGP4 CCT5-214ENST00000515676 1997 ntTSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
LIMD1Q9UGP4 PLCH2-205ENST00000449969 5450 ntTSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
LIMD1Q9UGP4 FDXR-205ENST00000544854 1827 ntTSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
LIMD1Q9UGP4 SWSAP1-201ENST00000312423 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
LIMD1Q9UGP4 ANKRD53-202ENST00000360589 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
LIMD1Q9UGP4 PPIC-201ENST00000306442 1380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
LIMD1Q9UGP4 LRRC20-205ENST00000395010 2959 ntTSL 3 BASIC18.44■□□□□ 0.54
LIMD1Q9UGP4 NIFK-201ENST00000285814 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
LIMD1Q9UGP4 CD177-203ENST00000618265 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
LIMD1Q9UGP4 LRRC4B-202ENST00000599957 3019 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.44■□□□□ 0.54
LIMD1Q9UGP4 PDCD2L-201ENST00000246535 1171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
LIMD1Q9UGP4 PFN4-201ENST00000313213 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
LIMD1Q9UGP4 DNAJC4-203ENST00000355040 759 ntTSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
LIMD1Q9UGP4 PRYP5-201ENST00000451909 266 ntBASIC18.44■□□□□ 0.54
LIMD1Q9UGP4 AC005020.2-201ENST00000455905 830 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.44■□□□□ 0.54
LIMD1Q9UGP4 PXN-AS1-201ENST00000535200 1170 ntTSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
LIMD1Q9UGP4 BRICD5-202ENST00000562360 783 ntTSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
LIMD1Q9UGP4 AP002472.1-201ENST00000577490 586 ntBASIC18.44■□□□□ 0.54
LIMD1Q9UGP4 C20orf181-201ENST00000623918 480 ntBASIC18.44■□□□□ 0.54
LIMD1Q9UGP4 HOXC10-201ENST00000303460 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
LIMD1Q9UGP4 CNIH3-201ENST00000272133 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
LIMD1Q9UGP4 AC105001.2-201ENST00000554914 1753 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
LIMD1Q9UGP4 TBC1D19-201ENST00000264866 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
LIMD1Q9UGP4 HPDL-201ENST00000334815 1629 ntAPPRIS P1 BASIC18.44■□□□□ 0.54
LIMD1Q9UGP4 TCTA-201ENST00000273590 2146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
LIMD1Q9UGP4 BAIAP2L2-202ENST00000381669 2146 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
LIMD1Q9UGP4 BLOC1S3-201ENST00000433642 2601 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
LIMD1Q9UGP4 TRIM7-205ENST00000422067 1954 ntTSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
LIMD1Q9UGP4 FAM124A-202ENST00000322475 4761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
LIMD1Q9UGP4 GAS2L1-210ENST00000621062 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
LIMD1Q9UGP4 AL138781.2-201ENST00000617896 1843 ntBASIC18.44■□□□□ 0.54
LIMD1Q9UGP4 CD55-201ENST00000314754 2220 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
LIMD1Q9UGP4 SDCBP2-201ENST00000339987 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
LIMD1Q9UGP4 ERCC2-203ENST00000391944 2334 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
LIMD1Q9UGP4 RNF114-201ENST00000244061 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
LIMD1Q9UGP4 AC020922.1-201ENST00000591954 3058 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
LIMD1Q9UGP4 CACNA1B-203ENST00000371355 9647 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
LIMD1Q9UGP4 MSL1-202ENST00000398532 4707 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
LIMD1Q9UGP4 LGI3-201ENST00000306317 3272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
LIMD1Q9UGP4 FGFBP2-201ENST00000259989 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
LIMD1Q9UGP4 TYROBP-201ENST00000262629 568 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
LIMD1Q9UGP4 ARMC12-201ENST00000288065 1169 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
LIMD1Q9UGP4 FIGLA-201ENST00000332372 722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
LIMD1Q9UGP4 CD82-202ENST00000342935 967 ntTSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
LIMD1Q9UGP4 ANP32E-201ENST00000369114 1048 ntTSL 3 BASIC18.43■□□□□ 0.54
LIMD1Q9UGP4 UBE2F-202ENST00000409332 1138 ntTSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
LIMD1Q9UGP4 PDE6D-202ENST00000409772 672 ntTSL 3 BASIC18.43■□□□□ 0.54
LIMD1Q9UGP4 AC131097.3-202ENST00000439270 331 ntTSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
LIMD1Q9UGP4 AC234772.2-201ENST00000456532 375 ntTSL 3 BASIC18.43■□□□□ 0.54
LIMD1Q9UGP4 PLA2G12A-202ENST00000502283 1189 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
LIMD1Q9UGP4 AC010522.1-205ENST00000598031 606 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.43■□□□□ 0.54
LIMD1Q9UGP4 SLC22A23-203ENST00000406686 5658 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
LIMD1Q9UGP4 KLHL17-201ENST00000338591 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
LIMD1Q9UGP4 PLPPR2-208ENST00000591608 2552 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
LIMD1Q9UGP4 SLC16A3-221ENST00000617373 2048 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
LIMD1Q9UGP4 SLC16A3-222ENST00000619321 2015 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
LIMD1Q9UGP4 TMEM255B-202ENST00000375353 6100 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
LIMD1Q9UGP4 ATP2A2-201ENST00000308664 4453 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
LIMD1Q9UGP4 COL18A1-204ENST00000400337 5436 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
LIMD1Q9UGP4 UTP18-201ENST00000225298 1894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
LIMD1Q9UGP4 DPYSL4-202ENST00000368627 1545 ntTSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
LIMD1Q9UGP4 DBNL-213ENST00000452943 1513 ntTSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
LIMD1Q9UGP4 WIPI2-211ENST00000484262 1504 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
LIMD1Q9UGP4 RGS9BP-201ENST00000334176 2894 ntAPPRIS P1 BASIC18.43■□□□□ 0.54
LIMD1Q9UGP4 FGFBP3-201ENST00000311575 2545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
LIMD1Q9UGP4 AC027312.1-201ENST00000523591 1571 ntTSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
LIMD1Q9UGP4 AC013268.5-201ENST00000454928 1959 ntTSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
LIMD1Q9UGP4 AL499627.1-201ENST00000569373 2188 ntBASIC18.42■□□□□ 0.54
LIMD1Q9UGP4 HIPK1-207ENST00000369561 3777 ntTSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
LIMD1Q9UGP4 ANKRD13D-201ENST00000308440 2219 ntTSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
LIMD1Q9UGP4 DMKN-213ENST00000447113 1611 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
LIMD1Q9UGP4 KMT5B-203ENST00000401547 2666 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
LIMD1Q9UGP4 GRK6-201ENST00000355472 2939 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
LIMD1Q9UGP4 CRADD-201ENST00000332896 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
LIMD1Q9UGP4 DUSP12-201ENST00000367943 1270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
LIMD1Q9UGP4 MRPS18A-202ENST00000372133 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.5 ms