Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBR4

LHX3, LIM/homeobox protein Lhx3, humanhuman

Predictions only

Length 397 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX3Q9UBR4 MPG-203ENST00000397817 1039 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.83■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 UBE2J2-204ENST00000400929 1057 ntTSL 3 BASIC17.83■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 BLOC1S1-204ENST00000549147 1229 ntTSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 SMAD3-210ENST00000559092 584 ntTSL 4 BASIC17.83■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 AC026336.2-201ENST00000563922 763 ntTSL 2 BASIC17.83■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 AC003688.1-201ENST00000577138 489 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.83■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 FUT6-212ENST00000592563 1095 ntTSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 AC104692.2-201ENST00000603054 253 ntBASIC17.83■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 AL121912.1-201ENST00000603683 238 ntBASIC17.83■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 AC011247.3-202ENST00000605062 570 ntTSL 4 BASIC17.83■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 LINC01451-201ENST00000623792 534 ntBASIC17.83■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 AC073592.5-201ENST00000624854 528 ntBASIC17.83■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 RBL2-201ENST00000262133 4906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 SMPD3-201ENST00000219334 5453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 AC132938.5-201ENST00000624980 1813 ntBASIC17.83■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 RNFT2-204ENST00000407967 2415 ntTSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 PDE4D-204ENST00000358923 2969 ntTSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 STIM2-212ENST00000639640 2241 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 AL355312.1-201ENST00000407115 2176 ntBASIC17.83■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 HMGA1-205ENST00000447654 2159 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 MIDN-206ENST00000591446 3243 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 BCS1L-202ENST00000392109 1583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 BCS1L-204ENST00000392111 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 FUT8-AS1-201ENST00000621019 1521 ntBASIC17.82■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 CASD1-201ENST00000297273 3942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 DDX31-201ENST00000310532 2408 ntTSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 FAM234A-202ENST00000301679 1936 ntTSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 CGB7-202ENST00000596965 1949 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 SVOPL-204ENST00000436657 1420 ntTSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 CABP1-201ENST00000288616 1369 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 CNTNAP3B-203ENST00000377561 5379 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 CTTN-203ENST00000376561 2247 ntTSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 ZHX1-C8orf76-201ENST00000357082 1257 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 CREM-211ENST00000374726 1207 ntTSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 TLE1-202ENST00000376484 666 ntTSL 3 BASIC17.82■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 SUMF2-203ENST00000395435 1287 ntTSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 SMN1-203ENST00000503079 1219 ntTSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 NOP16-205ENST00000509257 1000 ntTSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 MUC1-224ENST00000611577 1023 ntTSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 AC132872.3-201ENST00000620937 629 ntTSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 TST-204ENST00000622841 1105 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 WDR1-205ENST00000502702 1691 ntTSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 AC127496.1-202ENST00000573602 2091 ntTSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 DENND2A-201ENST00000275884 3735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 ZCCHC24-202ENST00000372336 4933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 FHL1-205ENST00000370690 2441 ntTSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 AL133373.2-201ENST00000623187 2828 ntBASIC17.82■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 LINC00271-201ENST00000421378 1580 ntTSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 ZNRF2-201ENST00000323037 3460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 ADAD1-203ENST00000388725 1918 ntTSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 LMNA-208ENST00000448611 1943 ntTSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 CALM3-201ENST00000291295 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 WDTC1-201ENST00000319394 4819 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 NKIRAS2-207ENST00000449471 1461 ntTSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 NR4A2-204ENST00000409572 2878 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 DUS3L-201ENST00000309061 2113 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 PAN3-AS1-201ENST00000563843 1351 ntBASIC17.81■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 SLC35G6-201ENST00000412468 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 SOX11-201ENST00000322002 8719 ntAPPRIS P1 BASIC17.81■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 ZNF131-206ENST00000505606 3209 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 PTRHD1-201ENST00000328379 1105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 AL137026.1-202ENST00000452578 1089 ntTSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 LAT-205ENST00000454369 1262 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 ARSK-202ENST00000504763 1088 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 ANKRD13D-218ENST00000515828 1111 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 AC106782.2-201ENST00000563252 992 ntTSL 3 BASIC17.81■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 AC020909.1-201ENST00000599632 1265 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 MED16-213ENST00000616387 1078 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 C16orf58-202ENST00000430477 2471 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 ADGRB1-201ENST00000323289 5527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 ERMARD-210ENST00000588451 2146 ntTSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 AC105001.2-201ENST00000554914 1753 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 CHGA-202ENST00000334654 1474 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 NFS1-202ENST00000374085 2645 ntTSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 C9orf43-202ENST00000374165 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 SOD2-215ENST00000546087 2558 ntTSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 NUTM2F-202ENST00000341207 2516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 NUTM2G-202ENST00000372322 2516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 CCZ1-207ENST00000628813 2218 ntTSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 SETD3-201ENST00000329331 1330 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 TUFM-201ENST00000313511 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 DCTN3-201ENST00000259632 808 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 VAMP5-201ENST00000306384 689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 DNASE1L2-202ENST00000382437 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 SDR39U1-201ENST00000399395 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 RBCK1-206ENST00000400247 790 ntTSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 NKTR-203ENST00000442970 646 ntTSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 TSTD3-201ENST00000452647 962 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 IGHV3-52-201ENST00000519770 353 ntBASIC17.8■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 MTHFSD-203ENST00000543303 1207 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 RPL19-204ENST00000579260 1051 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 LINC01956-202ENST00000584273 612 ntTSL 3 BASIC17.8■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 STK25P1-201ENST00000585406 838 ntBASIC17.8■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 ZNF554-204ENST00000591265 1148 ntTSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 CHST13-202ENST00000615522 1146 ntTSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 MTHFSD-220ENST00000634347 1207 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 AC064853.6-201ENST00000642029 303 ntAPPRIS P1 BASIC17.8■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 NUDT4-202ENST00000415493 4839 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 PGRMC1-202ENST00000535419 1762 ntTSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 FAM222A-201ENST00000358906 2731 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 61.5 ms