Protein–RNA interactions for Protein: Q8IX90

SKA3, Spindle and kinetochore-associated protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 412 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA3Q8IX90 AC008610.1-201ENST00000504573 393 ntTSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 AC112698.1-201ENST00000510299 916 ntBASIC15.72■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 AC090616.6-201ENST00000582640 721 ntBASIC15.72■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 RTBDN-213ENST00000592204 1024 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 MIMT1-202ENST00000599641 1290 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 ZNF575-205ENST00000601282 1086 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 AC091076.1-201ENST00000610741 619 ntBASIC15.72■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 AC124864.1-201ENST00000623408 392 ntBASIC15.72■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 KCNE1B-204ENST00000623803 811 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 AL365255.1-201ENST00000637702 847 ntTSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 DUOXA1-201ENST00000267803 1996 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 TMEM216-203ENST00000515837 1958 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 NPBWR1-201ENST00000331251 2687 ntAPPRIS P1 BASIC15.72■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 FST-202ENST00000396947 2538 ntTSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 VPS26A-202ENST00000373382 3229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 OGFOD2-211ENST00000538628 1696 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 MYOG-201ENST00000241651 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 DAG1-220ENST00000539901 5665 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 UPP1-203ENST00000395564 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 NCOA6-207ENST00000616167 3271 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 KIFC3-203ENST00000445690 3379 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 MOAP1-201ENST00000298894 2441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 PRSS35-201ENST00000369700 2440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 HOTAIR-201ENST00000424518 2421 ntTSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 PIANP-204ENST00000540656 2432 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 CHID1-203ENST00000436108 1477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 BHLHE41-201ENST00000242728 3837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 CDH24-204ENST00000487137 3438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 SLC22A7-201ENST00000372574 1822 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 LTF-203ENST00000426532 2494 ntTSL 2 BASIC15.71■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 MCTP2-205ENST00000543482 1422 ntTSL 2 BASIC15.71■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 ANKRD6-204ENST00000447838 2968 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 MRPS5-201ENST00000272418 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 INVS-203ENST00000374921 1654 ntTSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 ADAM15-207ENST00000368413 1901 ntTSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 MAEA-219ENST00000514708 1945 ntTSL 2 BASIC15.71■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 BCL2L10-201ENST00000260442 1249 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 COPS8-203ENST00000409334 794 ntTSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 DYDC2-206ENST00000444807 1173 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC15.71■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 LINC01128-207ENST00000449005 874 ntTSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 RN7SL606P-201ENST00000472779 293 ntBASIC15.71■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 LINGO1-AS2-201ENST00000557799 663 ntTSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 IGFLR1-209ENST00000592537 1195 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 AC010463.1-201ENST00000596542 1207 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.71■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 AC027682.6-202ENST00000621378 795 ntTSL 2 BASIC15.71■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 PPP1R18-201ENST00000274853 4599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 AC002310.5-201ENST00000569360 1515 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.71■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 PPP1R18-205ENST00000615527 4597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 TCTEX1D1-201ENST00000282670 2001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 CAPN1-201ENST00000279247 3007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 IL34-201ENST00000288098 1607 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 BPGM-203ENST00000418040 1870 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 RBFADN-201ENST00000562391 1350 ntTSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 GFY-201ENST00000576655 1876 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 MAFF-201ENST00000338483 2490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.1
SKA3Q8IX90 HECTD1-201ENST00000399332 9134 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.1
SKA3Q8IX90 NDUFS7-210ENST00000539480 1743 ntTSL 2 BASIC15.71■□□□□ 0.1
SKA3Q8IX90 TMEM263-204ENST00000548125 3349 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.71■□□□□ 0.1
SKA3Q8IX90 C1orf159-205ENST00000421241 1841 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.71■□□□□ 0.1
SKA3Q8IX90 ANKRD13B-209ENST00000614878 2670 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.1
SKA3Q8IX90 IRF7-207ENST00000525445 1588 ntTSL 5 BASIC15.7■□□□□ 0.1
SKA3Q8IX90 CLDND1-204ENST00000394185 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.7■□□□□ 0.1
SKA3Q8IX90 BPHL-203ENST00000380379 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
SKA3Q8IX90 PDCD7-201ENST00000204549 2851 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
SKA3Q8IX90 AC055811.2-201ENST00000427497 1693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
SKA3Q8IX90 UBFD1-201ENST00000395878 5110 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.7■□□□□ 0.1
SKA3Q8IX90 RTN4-204ENST00000357732 2390 ntTSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
SKA3Q8IX90 PCDHA5-202ENST00000529859 5218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
SKA3Q8IX90 FYTTD1-205ENST00000424384 1758 ntTSL 2 BASIC15.7■□□□□ 0.1
SKA3Q8IX90 ZNF280D-205ENST00000559000 4726 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.7■□□□□ 0.1
SKA3Q8IX90 PROK2-202ENST00000353065 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
SKA3Q8IX90 DBNDD2-204ENST00000372712 1537 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.7■□□□□ 0.1
SKA3Q8IX90 ELN-207ENST00000380562 2240 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
SKA3Q8IX90 TFRC-202ENST00000392396 5032 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
SKA3Q8IX90 CD40-201ENST00000372276 1623 ntTSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
SKA3Q8IX90 DCAF8-218ENST00000610139 1607 ntTSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
SKA3Q8IX90 PGLS-201ENST00000252603 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
SKA3Q8IX90 HIST1H2AI-201ENST00000358739 503 ntAPPRIS P1 BASIC15.7■□□□□ 0.1
SKA3Q8IX90 RPL8-202ENST00000394920 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
SKA3Q8IX90 MRPS24-203ENST00000418740 743 ntTSL 2 BASIC15.7■□□□□ 0.1
SKA3Q8IX90 MOBP-204ENST00000420739 940 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.7■□□□□ 0.1
SKA3Q8IX90 CHCHD2P8-201ENST00000429873 447 ntBASIC15.7■□□□□ 0.1
SKA3Q8IX90 BOC-211ENST00000484034 1286 ntTSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
SKA3Q8IX90 COX6C-204ENST00000520271 571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.7■□□□□ 0.1
SKA3Q8IX90 AC011498.3-201ENST00000590159 569 ntTSL 4 BASIC15.7■□□□□ 0.1
SKA3Q8IX90 AL592071.1-201ENST00000611956 408 ntBASIC15.7■□□□□ 0.1
SKA3Q8IX90 AL807752.6-202ENST00000622933 765 ntAPPRIS P5 TSL 3 BASIC15.7■□□□□ 0.1
SKA3Q8IX90 PANX1-201ENST00000227638 2769 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
SKA3Q8IX90 PHKA1-201ENST00000339490 6121 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
SKA3Q8IX90 NLE1-201ENST00000360831 1726 ntTSL 5 BASIC15.7■□□□□ 0.1
SKA3Q8IX90 PACRGL-203ENST00000444671 1720 ntTSL 2 BASIC15.7■□□□□ 0.1
SKA3Q8IX90 PRRT2-219ENST00000637565 1733 ntTSL 5 BASIC15.7■□□□□ 0.1
SKA3Q8IX90 KCNK7-204ENST00000394217 1372 ntTSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
SKA3Q8IX90 RABGAP1L-204ENST00000357444 2605 ntTSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
SKA3Q8IX90 SPRYD7-201ENST00000361840 3053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
SKA3Q8IX90 IFRD1-202ENST00000403825 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
SKA3Q8IX90 GJA3-201ENST00000241125 5211 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.7■□□□□ 0.1
SKA3Q8IX90 UCHL5-206ENST00000367455 5327 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
SKA3Q8IX90 HSPB9-201ENST00000565659 1922 ntAPPRIS P1 BASIC15.7■□□□□ 0.1
SKA3Q8IX90 HSPA4-205ENST00000617074 2358 ntTSL 5 BASIC15.7■□□□□ 0.1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25 ms