Protein–RNA interactions for Protein: Q68DE3

USF3, Basic helix-loop-helix domain-containing protein USF3, humanhuman

Predictions only

Length 2,245 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USF3Q68DE3 AC140113.2-201ENST00000604370 208 ntBASIC15.23■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 LINC01635-202ENST00000635097 1023 ntTSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 CLIP2-201ENST00000223398 5563 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 MCOLN2-201ENST00000284027 1729 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 SEPT4-201ENST00000317256 1530 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 TRIB3-202ENST00000422053 1533 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 GIT1-203ENST00000394869 3711 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 APMAP-201ENST00000217456 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 XKR8-201ENST00000373884 2692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 TRIM61-201ENST00000329314 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 PRSS23-209ENST00000533902 2043 ntTSL 4 BASIC15.23■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 ALDH1A3-201ENST00000329841 3924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 LINC01126-201ENST00000623515 1646 ntBASIC15.23■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 KCNQ5-212ENST00000628967 3527 ntTSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 HNRNPUL1-203ENST00000378215 2864 ntTSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 MECP2-205ENST00000453960 1729 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 RBCK1-203ENST00000382181 2208 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 IL15-201ENST00000296545 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 GABBR1-204ENST00000377016 4299 ntTSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 EXOSC5-201ENST00000221233 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 FAM220CP-201ENST00000395253 831 ntBASIC15.23■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 POM121L12-201ENST00000408890 1283 ntAPPRIS P1 BASIC15.23■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 SMIM27-204ENST00000453396 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.23■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 AC010632.1-201ENST00000590376 572 ntTSL 4 BASIC15.23■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 MIMT1-202ENST00000599641 1290 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 AL356488.2-201ENST00000602755 427 ntBASIC15.23■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 AC243773.2-203ENST00000612281 640 ntTSL 3 BASIC15.23■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 PCCB-207ENST00000466072 1844 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.22■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 SEPT11-209ENST00000510515 1886 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 BAG5-201ENST00000299204 4848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 OPRK1-202ENST00000520287 1602 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 GFI1B-208ENST00000636263 1604 ntTSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 SOGA3-203ENST00000525778 4077 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 ANXA3-201ENST00000264908 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 ZNF397-204ENST00000585800 2046 ntTSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 MST1R-214ENST00000613534 2025 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 C2CD2L-205ENST00000528586 2320 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 SEH1L-202ENST00000399892 1846 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 SENP6-202ENST00000370010 4644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 STYXL1-208ENST00000451157 1570 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 AP000355.1-201ENST00000432032 480 ntTSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 FAM57A-205ENST00000572018 373 ntTSL 3 BASIC15.22■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 AC132872.3-201ENST00000620937 629 ntTSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 FOXP1-223ENST00000622151 429 ntTSL 3 BASIC15.22■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 AC083906.6-201ENST00000641366 219 ntBASIC15.22■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 AL356309.3-201ENST00000624132 1934 ntBASIC15.22■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 STX6-201ENST00000258301 4851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 KIF21B-203ENST00000422435 5519 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 SYT15-201ENST00000374321 1369 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 ACTRT2-201ENST00000378404 1421 ntAPPRIS P1 BASIC15.22■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 BAIAP2-203ENST00000416299 1442 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 STAP2-201ENST00000594605 1426 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 TRAF4-201ENST00000262395 2923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 TTLL9-205ENST00000375938 2623 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 THOP1-205ENST00000586677 1872 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 HYAL1-203ENST00000395143 1522 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 CCDC157-203ENST00000405659 3052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 PMAIP1-202ENST00000316660 1948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 NOP9-202ENST00000396802 1942 ntTSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 HSPA1A-202ENST00000608703 1909 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 C6orf106-202ENST00000374023 4418 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 FAM234A-203ENST00000399932 3213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 VEGFA-206ENST00000372077 2834 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 DPY30-201ENST00000295066 631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 LCE1D-201ENST00000326233 430 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 VSTM1-201ENST00000338372 1023 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 DPY30-202ENST00000342166 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 QRFP-201ENST00000343079 411 ntAPPRIS P1 BASIC15.21■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 S100A16-204ENST00000368706 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 FABP5-202ENST00000396359 986 ntTSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 AP001062.3-201ENST00000422357 704 ntTSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 AFG3L1P-210ENST00000431757 569 ntTSL 4 BASIC15.21■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 AC055717.3-201ENST00000622967 595 ntBASIC15.21■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 BORCS6-201ENST00000389017 2575 ntAPPRIS P1 BASIC15.21■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 TMEM216-201ENST00000334888 1306 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 TRIM41-202ENST00000351937 2696 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 PORCN-205ENST00000367574 1368 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 PORCN-214ENST00000537758 1371 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 RNH1-201ENST00000354420 1894 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 SAMD3-202ENST00000368134 2377 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 AC125634.1-201ENST00000438758 1403 ntBASIC15.21■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 ANAPC13-206ENST00000514612 1420 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 LMNA-207ENST00000368301 2461 ntTSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 ESPNP-201ENST00000270691 2015 ntBASIC15.21■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 AC004817.3-201ENST00000602957 2129 ntBASIC15.21■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 CHEK2-202ENST00000348295 1771 ntTSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 CREM-211ENST00000374726 1207 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 CR559946.1-201ENST00000453835 531 ntTSL 4 BASIC15.21■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 KIRREL3-AS1-201ENST00000548204 586 ntTSL 3 BASIC15.21■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 FAM71E1-202ENST00000595790 1225 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 AC011467.2-201ENST00000598425 242 ntBASIC15.21■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 TADA3-202ENST00000343450 2554 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 RASL10B-201ENST00000603017 3205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 CD19-202ENST00000538922 1957 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 C8orf46-215ENST00000522977 1347 ntTSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 KXD1-201ENST00000222307 1426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 PRR36-202ENST00000618550 4456 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 DNAJA3-203ENST00000431375 2294 ntTSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 GGT3P-201ENST00000412448 2340 ntTSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 MAFF-201ENST00000338483 2490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 66.8 ms