Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 YPEL3-207ENST00000566134 761 ntTSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 AC024563.2-201ENST00000603282 481 ntBASIC17.83■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 CADM1-222ENST00000616271 1246 ntTSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 AL590627.2-201ENST00000637510 144 ntTSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 DENND5B-201ENST00000354285 3132 ntTSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 STXBP3-201ENST00000370008 2478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 AC080080.1-201ENST00000625121 2420 ntBASIC17.83■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 NOMO1-208ENST00000620755 3921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 DAP3-214ENST00000471642 1671 ntTSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 SYT6-205ENST00000609117 4424 ntTSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 PPM1M-202ENST00000323588 2193 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 TMEM82-201ENST00000375782 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 EIF4E1B-201ENST00000318682 1974 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 SMARCA4-215ENST00000590574 5282 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 CCDC120-206ENST00000603986 2379 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 CHRNB4-202ENST00000412074 1355 ntTSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 SLC22A18-203ENST00000380574 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 PSMD4-201ENST00000368881 1333 ntTSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 AMIGO2-202ENST00000429635 3058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 PPIF-201ENST00000225174 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 SHTN1-203ENST00000392901 2190 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 ZNF618-203ENST00000374126 3018 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 KRT18P65-201ENST00000439811 1286 ntBASIC17.82■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 SLC25A3P1-201ENST00000443844 931 ntBASIC17.82■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 RASA4DP-201ENST00000460726 1199 ntBASIC17.82■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 MNX1-AS1-201ENST00000480284 1041 ntTSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 CNTD2-203ENST00000513948 787 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 DEDD2-209ENST00000598727 1037 ntTSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 C6orf48-210ENST00000614363 748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 KIF16B-203ENST00000408042 4640 ntTSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 ARF1-214ENST00000541182 2006 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 CXorf67-201ENST00000342995 1929 ntAPPRIS P1 BASIC17.82■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 C8orf33-201ENST00000331434 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 LUC7L-204ENST00000397783 1504 ntTSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 DDX1-207ENST00000617198 2257 ntTSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 YY1-201ENST00000262238 6697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 CHUK-201ENST00000370397 3625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 PRORSD1P-202ENST00000563365 2154 ntBASIC17.81■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 NOS3-210ENST00000484524 2537 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 SLC29A2-206ENST00000546034 2509 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 MEF2A-204ENST00000557785 2854 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 SBNO2-204ENST00000587024 4861 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 NR1H3-202ENST00000405576 1352 ntTSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 BDKRB1-201ENST00000216629 1687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 SLC39A1-211ENST00000621013 2322 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 LRRC3-201ENST00000291592 5869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 ARHGEF2-204ENST00000368315 1645 ntTSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 FBXO33-201ENST00000298097 3853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 TSPO2-202ENST00000373161 958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 ADCYAP1-202ENST00000450565 918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 TSPO2-203ENST00000470917 699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 RPL29-204ENST00000479017 670 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.81■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 LINC01385-201ENST00000512310 780 ntTSL 4 BASIC17.81■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 ABHD14B-208ENST00000525795 980 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.81■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 VASH1-204ENST00000554743 1096 ntTSL 3 BASIC17.81■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 TEN1-204ENST00000588202 862 ntTSL 3 BASIC17.81■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 AC079602.3-201ENST00000623931 403 ntBASIC17.81■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 WT1-201ENST00000332351 3122 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 NFATC1-210ENST00000587635 2195 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 LINC00921-202ENST00000573951 2468 ntTSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 ARNTL-201ENST00000389707 2776 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 ACOT7-202ENST00000377842 1813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 ALKBH3-201ENST00000302708 1474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 PFKL-201ENST00000349048 2912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 CYHR1-204ENST00000438911 2020 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 RDH8-203ENST00000591589 1715 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 ARHGAP35-201ENST00000404338 8889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 WDR45-205ENST00000376358 1432 ntTSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 NSMCE3-201ENST00000332303 4838 ntAPPRIS P1 BASIC17.81■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 CEACAM16-202ENST00000587331 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 KRT8P47-201ENST00000604727 1398 ntBASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 HLA-J-201ENST00000462773 1622 ntBASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 CENPT-215ENST00000564817 1638 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 ZNF84-201ENST00000327668 7162 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 RTBDN-201ENST00000322912 1328 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 FAM83G-202ENST00000388995 5266 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 ADIRF-AS1-201ENST00000418273 2627 ntTSL 3 BASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 MTA1-207ENST00000435036 2888 ntTSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 PTGER3-208ENST00000370932 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 CAMK2G-205ENST00000372765 1822 ntTSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 MGEA5-202ENST00000361464 5155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 POMZP3-201ENST00000275569 1259 ntTSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 PTS-201ENST00000280362 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 ANKRD20A18P-201ENST00000359341 492 ntBASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 GSKIP-207ENST00000556095 3834 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 PAQR4-204ENST00000574988 869 ntTSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 C16orf74-203ENST00000602675 744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 AL136038.4-201ENST00000603606 1261 ntBASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 GAL3ST1-201ENST00000338911 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 FAM157B-201ENST00000446912 1795 ntTSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 SLC7A9-204ENST00000590341 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 ALDH3B1-204ENST00000614849 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 PACRGL-203ENST00000444671 1720 ntTSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 REXO1L11P-201ENST00000620964 1927 ntBASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 SCARF1-205ENST00000571272 2871 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 CLIC6-201ENST00000349499 3806 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 MTMR14-203ENST00000353332 2368 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 AL391807.1-203ENST00000604392 2365 ntBASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 TSC2-204ENST00000401874 5421 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 PLCD3-212ENST00000619929 6107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.4 ms