Protein–RNA interactions for Protein: Q15858

SCN9A, Sodium channel protein type 9 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 1,988 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN9AQ15858 IGHV3OR16-6-201ENST00000568775 360 ntBASIC21.08■□□□□ 0.96
SCN9AQ15858 ACSL6-205ENST00000379246 2622 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
SCN9AQ15858 VAV1-204ENST00000596764 2775 ntTSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.96
SCN9AQ15858 ANO8-201ENST00000159087 4152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
SCN9AQ15858 AC074389.1-201ENST00000382528 1423 ntTSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.96
SCN9AQ15858 SH3BP1-201ENST00000357436 2852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
SCN9AQ15858 AC006116.8-202ENST00000587620 1550 ntBASIC21.08■□□□□ 0.96
SCN9AQ15858 KLHDC3-201ENST00000244670 1903 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
SCN9AQ15858 SOD2-206ENST00000452684 2045 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
SCN9AQ15858 HOXA11-201ENST00000006015 2295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
SCN9AQ15858 ZIM2-208ENST00000629319 2253 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.96
SCN9AQ15858 ZZZ3-201ENST00000370798 2468 ntTSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
SCN9AQ15858 ARHGEF4-202ENST00000355771 1872 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
SCN9AQ15858 SIL1-202ENST00000394817 1923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
SCN9AQ15858 LINC00982-205ENST00000420957 435 ntBASIC21.07■□□□□ 0.96
SCN9AQ15858 ARHGAP11B-201ENST00000428041 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
SCN9AQ15858 LRCH3-207ENST00000441090 2034 ntTSL 2 BASIC21.07■□□□□ 0.96
SCN9AQ15858 IRF3-204ENST00000442265 315 ntTSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
SCN9AQ15858 AC087163.2-201ENST00000457299 853 ntBASIC21.07■□□□□ 0.96
SCN9AQ15858 FAM153C-206ENST00000507848 1071 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.07■□□□□ 0.96
SCN9AQ15858 AC064807.1-203ENST00000520357 575 ntTSL 5 BASIC21.07■□□□□ 0.96
SCN9AQ15858 WIZP1-201ENST00000531444 2299 ntBASIC21.07■□□□□ 0.96
SCN9AQ15858 CCND1-203ENST00000536559 553 ntTSL 3 BASIC21.07■□□□□ 0.96
SCN9AQ15858 C16orf59-204ENST00000563531 1864 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.07■□□□□ 0.96
SCN9AQ15858 CIRBP-204ENST00000585630 870 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC21.07■□□□□ 0.96
SCN9AQ15858 METTL23-202ENST00000586200 465 ntTSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
SCN9AQ15858 METTL23-212ENST00000590964 1006 ntTSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
SCN9AQ15858 HTATSF1-204ENST00000535601 3019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
SCN9AQ15858 AC087457.1-201ENST00000503496 2727 ntTSL 2 BASIC21.07■□□□□ 0.96
SCN9AQ15858 LAMP1-201ENST00000332556 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
SCN9AQ15858 NHLH2-201ENST00000320238 2512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
SCN9AQ15858 RNF167-205ENST00000571816 1728 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.07■□□□□ 0.96
SCN9AQ15858 SLCO4A1-AS1-202ENST00000433126 1420 ntTSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
SCN9AQ15858 CTRB2-201ENST00000303037 901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
SCN9AQ15858 AC002398.2-201ENST00000587767 660 ntTSL 5 BASIC21.06■□□□□ 0.96
SCN9AQ15858 AC023141.13-201ENST00000604991 943 ntBASIC21.06■□□□□ 0.96
SCN9AQ15858 SYNGR2-206ENST00000589711 2041 ntTSL 5 BASIC21.06■□□□□ 0.96
SCN9AQ15858 EFTUD1P1-204ENST00000560401 1798 ntBASIC21.06■□□□□ 0.96
SCN9AQ15858 GNAI2-204ENST00000440628 1663 ntTSL 5 BASIC21.06■□□□□ 0.96
SCN9AQ15858 SLC27A3-204ENST00000368661 2410 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
SCN9AQ15858 CA4-201ENST00000300900 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
SCN9AQ15858 C22orf39-201ENST00000333059 1221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
SCN9AQ15858 SYS1-203ENST00000414310 795 ntTSL 3 BASIC21.06■□□□□ 0.96
SCN9AQ15858 TMEM220-AS1-206ENST00000583343 876 ntTSL 3 BASIC21.06■□□□□ 0.96
SCN9AQ15858 AC099522.2-201ENST00000607001 744 ntBASIC21.06■□□□□ 0.96
SCN9AQ15858 AC007064.4-201ENST00000637740 555 ntBASIC21.06■□□□□ 0.96
SCN9AQ15858 NPRL2-201ENST00000232501 1700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
SCN9AQ15858 TJP1-208ENST00000495972 2890 ntTSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
SCN9AQ15858 HIST1H2BN-204ENST00000612898 1723 ntAPPRIS P1 BASIC21.06■□□□□ 0.96
SCN9AQ15858 BTNL9-202ENST00000376841 1626 ntTSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
SCN9AQ15858 P2RX5-209ENST00000552276 1642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.06■□□□□ 0.96
SCN9AQ15858 PML-211ENST00000564428 1985 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
SCN9AQ15858 CYP51A1P2-201ENST00000419457 1499 ntBASIC21.05■□□□□ 0.96
SCN9AQ15858 NKIRAS1-207ENST00000437230 1898 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.05■□□□□ 0.96
SCN9AQ15858 GPR162-201ENST00000311268 2768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
SCN9AQ15858 P3H4-201ENST00000355468 2791 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.05■□□□□ 0.96
SCN9AQ15858 TRIM63-201ENST00000374272 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
SCN9AQ15858 FMO5-208ENST00000578284 1784 ntTSL 5 BASIC21.05■□□□□ 0.96
SCN9AQ15858 LINC00313-201ENST00000332440 579 ntTSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
SCN9AQ15858 PRUNE2-202ENST00000376713 1069 ntTSL 5 BASIC21.05■□□□□ 0.96
SCN9AQ15858 AC040963.1-202ENST00000589729 644 ntTSL 5 BASIC21.05■□□□□ 0.96
SCN9AQ15858 GPR42-202ENST00000597214 1182 ntAPPRIS P1 BASIC21.05■□□□□ 0.96
SCN9AQ15858 AL096865.1-201ENST00000606796 927 ntBASIC21.05■□□□□ 0.96
SCN9AQ15858 GGT2-201ENST00000401924 2366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.05■□□□□ 0.96
SCN9AQ15858 GNAS-AS1-202ENST00000443966 2341 ntTSL 5 BASIC21.05■□□□□ 0.96
SCN9AQ15858 FBXL19-207ENST00000565690 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.05■□□□□ 0.96
SCN9AQ15858 AC142086.1-202ENST00000398669 1839 ntTSL 2 BASIC21.05■□□□□ 0.96
SCN9AQ15858 RBM14-202ENST00000393979 1426 ntTSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
SCN9AQ15858 CBWD1-201ENST00000314367 1771 ntTSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
SCN9AQ15858 ZCWPW1-201ENST00000360951 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.05■□□□□ 0.96
SCN9AQ15858 C6orf223-202ENST00000439969 2757 ntTSL 2 BASIC21.05■□□□□ 0.96
SCN9AQ15858 TMEM59L-205ENST00000600490 1717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.05■□□□□ 0.96
SCN9AQ15858 ZFPL1-201ENST00000294258 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
SCN9AQ15858 PRR5-ARHGAP8-201ENST00000352766 2043 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.05■□□□□ 0.96
SCN9AQ15858 ZCCHC17-205ENST00000615916 1652 ntTSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
SCN9AQ15858 SLC27A1-204ENST00000598424 2681 ntTSL 2 BASIC21.05■□□□□ 0.96
SCN9AQ15858 SERHL2-203ENST00000340239 1315 ntTSL 5 BASIC21.05■□□□□ 0.96
SCN9AQ15858 OPCML-202ENST00000374778 1302 ntTSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
SCN9AQ15858 NKIRAS1-204ENST00000416026 795 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC21.05■□□□□ 0.96
SCN9AQ15858 IDH3B-206ENST00000474315 1279 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
SCN9AQ15858 WDR25-203ENST00000542471 1214 ntTSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
SCN9AQ15858 LSM12-202ENST00000585388 942 ntTSL 3 BASIC21.05■□□□□ 0.96
SCN9AQ15858 LTBP3-217ENST00000530785 2461 ntTSL 2 BASIC21.04■□□□□ 0.96
SCN9AQ15858 ZFAND6-201ENST00000261749 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
SCN9AQ15858 LGMN-216ENST00000557434 1797 ntTSL 5 BASIC21.04■□□□□ 0.96
SCN9AQ15858 KCNN4-209ENST00000615047 2029 ntTSL 5 BASIC21.04■□□□□ 0.96
SCN9AQ15858 DBN1-201ENST00000292385 3072 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
SCN9AQ15858 CPEB2-AS1-201ENST00000500394 1630 ntTSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
SCN9AQ15858 SLC25A24-204ENST00000569674 2357 ntBASIC21.04■□□□□ 0.96
SCN9AQ15858 ZNF623-203ENST00000526926 2612 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.04■□□□□ 0.96
SCN9AQ15858 KDM4B-202ENST00000381759 3058 ntTSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
SCN9AQ15858 CLEC1B-201ENST00000298527 952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
SCN9AQ15858 C6orf99-202ENST00000367073 769 ntTSL 5 BASIC21.04■□□□□ 0.96
SCN9AQ15858 AMACR-204ENST00000382085 1195 ntTSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
SCN9AQ15858 AP000777.2-201ENST00000539897 501 ntTSL 4 BASIC21.04■□□□□ 0.96
SCN9AQ15858 FAM227B-204ENST00000558594 1139 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.04■□□□□ 0.96
SCN9AQ15858 H3F3B-208ENST00000589599 576 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.04■□□□□ 0.96
SCN9AQ15858 SLC9A3-AS1-205ENST00000606319 477 ntTSL 3 BASIC21.04■□□□□ 0.96
SCN9AQ15858 PGLYRP1-201ENST00000008938 720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
SCN9AQ15858 P2RY2-201ENST00000311131 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.8 ms