Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 TBKBP1-204ENST00000622396 2010 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 RIN1-205ENST00000530056 2122 ntTSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 NRXN2-204ENST00000377559 6413 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 CRTC1-203ENST00000594658 2384 ntTSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 GGT2-202ENST00000405188 1845 ntTSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 AQP12A-201ENST00000337801 1084 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 MRPS16-201ENST00000372940 866 ntTSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 ITM2B-201ENST00000378549 805 ntTSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 TIMM17B-202ENST00000396779 1099 ntTSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 TSTD1-204ENST00000423014 593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 HNRNPA1P28-201ENST00000424481 961 ntBASIC21.95■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 AC007967.2-201ENST00000432613 625 ntBASIC21.95■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 KRT18P2-201ENST00000447938 1258 ntBASIC21.95■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 SUMO2P17-202ENST00000508743 738 ntTSL 3 BASIC21.95■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 AC243965.1-201ENST00000557595 781 ntTSL 3 BASIC21.95■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 BRICD5-202ENST00000562360 783 ntTSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 CDC42EP4-206ENST00000581014 737 ntTSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 TUBB4A-209ENST00000598006 565 ntTSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 AC064836.3-201ENST00000607928 673 ntBASIC21.95■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 AC244517.5-205ENST00000623615 575 ntTSL 4 BASIC21.95■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 ABALON-201ENST00000629058 1903 ntBASIC21.95■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 PSMC3IP-204ENST00000587209 1381 ntTSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 SMPD3-211ENST00000568373 2073 ntTSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 LHFPL6-201ENST00000379589 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 PLD3-207ENST00000409735 2140 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 SREK1-216ENST00000612404 2128 ntTSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 FGFR3-210ENST00000613647 4438 ntTSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 GPX3-209ENST00000614343 1478 ntTSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 AL590648.2-201ENST00000427949 2225 ntTSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 AP1AR-202ENST00000309703 2337 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 AC120498.9-201ENST00000339021 3867 ntBASIC21.95■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 GGT3P-201ENST00000412448 2340 ntTSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 PDE9A-205ENST00000349112 1616 ntTSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 PCCA-202ENST00000376285 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 GPC2-201ENST00000292377 2532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 AC097637.2-201ENST00000624096 1997 ntBASIC21.94■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 KRT15-203ENST00000393976 2394 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.94■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 PPIB-201ENST00000300026 1081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 YBX2P1-201ENST00000394192 760 ntBASIC21.94■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 RPSAP43-201ENST00000402237 625 ntBASIC21.94■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 C6orf226-201ENST00000408925 552 ntAPPRIS P1 BASIC21.94■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 LINC00982-205ENST00000420957 435 ntBASIC21.94■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 UPF3AP3-201ENST00000420996 769 ntBASIC21.94■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 AL121672.1-201ENST00000439423 1181 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 HYAL1-206ENST00000447605 666 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 TUBA1A-203ENST00000546918 984 ntTSL 3 BASIC21.94■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 ZEB1-AS1-209ENST00000607455 559 ntTSL 4 BASIC21.94■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 ATP6AP2-220ENST00000636970 1187 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.94■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 ZNF664-207ENST00000539644 5108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 AC010198.1-201ENST00000500076 1552 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 CFC1-202ENST00000615342 1554 ntTSL 5 BASIC21.94■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 AC068888.1-203ENST00000546566 1650 ntTSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 SLC16A13-201ENST00000308027 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 ZNF561-AS1-204ENST00000587536 1799 ntTSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 TCP11-228ENST00000611141 2130 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 SLC47A2-201ENST00000325411 2258 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 CBX1-202ENST00000393408 2422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 BLOC1S3-201ENST00000433642 2601 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.93■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 KMT5B-206ENST00000405515 2869 ntTSL 5 BASIC21.93■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 SIX5-201ENST00000317578 3318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 METTL26-201ENST00000301686 794 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.93■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 RNFT2-202ENST00000319176 2180 ntTSL 5 BASIC21.93■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 RHOT1-202ENST00000354266 2919 ntTSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 BEX3-201ENST00000361298 921 ntTSL 2 BASIC21.93■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 ENSA-206ENST00000361631 725 ntTSL 2 BASIC21.93■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 RER1-202ENST00000378512 1404 ntTSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 CAP2-202ENST00000378990 1812 ntTSL 2 BASIC21.93■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 BAG1-202ENST00000379704 1128 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 CD99-204ENST00000381187 892 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.93■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 METTL26-205ENST00000397666 726 ntTSL 2 BASIC21.93■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 MIR1233-2-201ENST00000408138 82 ntBASIC21.93■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 MIR1233-1-201ENST00000408722 82 ntBASIC21.93■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 AC109309.1-201ENST00000418995 435 ntTSL 3 BASIC21.93■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 SVOPL-204ENST00000436657 1420 ntTSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 VN2R19P-201ENST00000442399 1052 ntBASIC21.93■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 TMEM106C-203ENST00000449758 1414 ntTSL 2 BASIC21.93■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 AC108073.2-201ENST00000464002 357 ntBASIC21.93■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 SOD2-215ENST00000546087 2558 ntTSL 2 BASIC21.93■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 RIN3-211ENST00000557762 517 ntTSL 3 BASIC21.93■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 AC126696.3-201ENST00000563993 575 ntTSL 4 BASIC21.93■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 PRRT2-212ENST00000636619 2065 ntTSL 5 BASIC21.93■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 MARK2-202ENST00000361128 3004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 VOPP1-201ENST00000285279 2962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 SLC12A9-215ENST00000540482 2269 ntTSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 NFATC1-206ENST00000542384 2142 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 NOP9-202ENST00000396802 1942 ntTSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 AMT-250ENST00000637682 1823 ntTSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 MTG1-201ENST00000317502 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 RFXANK-202ENST00000392324 1059 ntTSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 ACTG1P4-201ENST00000425123 1122 ntBASIC21.92■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 HCG4B-203ENST00000450128 991 ntBASIC21.92■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 MRPL20-203ENST00000482352 1049 ntTSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 AP000763.4-201ENST00000544674 752 ntTSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 HAGH-208ENST00000566709 1291 ntTSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 MYEOV-201ENST00000308946 2287 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 RNF40-201ENST00000324685 5634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 SBK1-201ENST00000341901 4992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 MAP3K3-201ENST00000361357 4818 ntTSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 PUF60-201ENST00000313352 1804 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 AC133561.2-201ENST00000380145 1802 ntTSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
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