Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 COQ6-201ENST00000334571 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 SH2D3C-213ENST00000629203 2478 ntTSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 JMJD4-201ENST00000366758 2595 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 LBX1-AS1-201ENST00000430651 2553 ntTSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 STRN4-204ENST00000539396 2608 ntTSL 2 BASIC17.85■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 RAB40C-205ENST00000539661 2609 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.85■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 UBE2Q2-201ENST00000267938 3130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 SORT1-201ENST00000256637 7028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 MAP4K4-205ENST00000350878 7640 ntTSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 EXOSC5-201ENST00000221233 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 EXOC3L2-201ENST00000252482 1230 ntTSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 ZDHHC20-201ENST00000320220 1351 ntTSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 IFI6-201ENST00000339145 822 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC17.85■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 ANK1-206ENST00000348036 622 ntTSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 NFS1-202ENST00000374085 2645 ntTSL 2 BASIC17.85■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 TSPY8-203ENST00000383005 435 ntTSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 LIN28AP1-201ENST00000429574 405 ntBASIC17.85■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 AC074183.1-201ENST00000439105 782 ntTSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 AC004832.3-202ENST00000439838 1470 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.85■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 MAGI1-213ENST00000483466 4791 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 PRKRIP1-208ENST00000496391 3430 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.85■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 AC117500.2-201ENST00000508145 1561 ntTSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 SNCB-205ENST00000510387 730 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.85■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 AP005717.1-202ENST00000523563 419 ntTSL 3 BASIC17.85■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 AC004076.1-201ENST00000596831 664 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.85■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 LINC01097-201ENST00000627163 2122 ntTSL 2 BASIC17.85■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 AL031432.5-201ENST00000641059 760 ntBASIC17.85■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 TSPAN3-201ENST00000267970 6467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 ASB1-201ENST00000264607 6994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 ANKRD29-208ENST00000592179 3361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 PML-220ENST00000569477 2251 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 SNX2-213ENST00000514949 2119 ntTSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 USP13-201ENST00000263966 8323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 HOXB1-201ENST00000239174 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 A4GALT-202ENST00000381278 1935 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 CSK-202ENST00000439220 1900 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 AC009949.1-201ENST00000623048 1830 ntBASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 PARVG-205ENST00000422871 3462 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 DICER1-AS1-204ENST00000554631 1709 ntTSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 PYCR1-217ENST00000629768 1740 ntTSL 5 BASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 ATP2C1-218ENST00000510168 5067 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 AC106820.2-201ENST00000563775 3264 ntBASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 AL023806.1-201ENST00000603994 1649 ntBASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 AL138688.1-201ENST00000624851 1594 ntBASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 PPP3CA-201ENST00000323055 4519 ntTSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 BTBD1-202ENST00000379403 1467 ntTSL 5 BASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 PTGDR-201ENST00000306051 2942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 NPAS3-202ENST00000356141 2802 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 WIPF2-210ENST00000585043 2693 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 PLA2G15-202ENST00000413021 1346 ntTSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 NEK10-202ENST00000341435 2638 ntTSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 RBCK1-215ENST00000640614 2599 ntTSL 5 BASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 BAD-201ENST00000309032 929 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 SSNA1-201ENST00000322310 896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 HES2-202ENST00000377836 507 ntTSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 ICAM1-202ENST00000423829 1296 ntTSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 RPL39L-203ENST00000455270 653 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 RARRES1-204ENST00000479756 839 ntTSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 RPS20-210ENST00000523936 899 ntTSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 MRPL46-202ENST00000558531 1002 ntTSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 DUT-205ENST00000558813 769 ntTSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 AL023973.1-201ENST00000624619 620 ntBASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 TLE2-219ENST00000591529 2483 ntTSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 MAPK11-201ENST00000330651 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 RSBN1-205ENST00000615321 2418 ntTSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 NLGN2-201ENST00000302926 4642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 NRP1-204ENST00000374822 2213 ntTSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 CTTN-203ENST00000376561 2247 ntTSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 BOC-212ENST00000485230 2173 ntTSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 AC012313.1-201ENST00000593393 3059 ntBASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 LTBP4-205ENST00000396819 4764 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 GRAMD1B-214ENST00000635736 2814 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 FAM69C-201ENST00000343998 3671 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 AGAP6-201ENST00000374056 2703 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 CDKN1B-201ENST00000228872 2657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 TMEFF2-201ENST00000272771 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 ILK-203ENST00000420936 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 KDM6A-202ENST00000382899 5789 ntTSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 KCNB1-203ENST00000635465 4114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 JPT1-203ENST00000409753 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 KCNE3-201ENST00000310128 3143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 TAF1C-222ENST00000570117 2349 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.83■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 DIABLO-206ENST00000443649 2250 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.83■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 ODF2-204ENST00000372814 2249 ntTSL 2 BASIC17.83■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 KRT89P-201ENST00000620027 1478 ntBASIC17.83■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 ELAC2-202ENST00000395962 2924 ntTSL 2 BASIC17.83■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 AP003717.1-202ENST00000537019 1412 ntTSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 PILRB-208ENST00000452089 2099 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.83■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 LOXL3-205ENST00000409986 2005 ntTSL 2 BASIC17.83■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 CAP2-208ENST00000611958 2686 ntTSL 2 BASIC17.83■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 CYB561D2-201ENST00000232508 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 COMMD1-201ENST00000311832 911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 BIRC7-203ENST00000395306 593 ntTSL 2 BASIC17.83■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 AC087499.1-201ENST00000418141 1075 ntBASIC17.83■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 CD70-202ENST00000423145 881 ntTSL 2 BASIC17.83■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 ATP5G1P1-201ENST00000448724 379 ntBASIC17.83■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 MUC1-212ENST00000457295 1161 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.83■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 FIS1-207ENST00000474120 915 ntTSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 MYD88-211ENST00000495303 976 ntTSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 MRPL52-210ENST00000555345 895 ntTSL 2 BASIC17.83■□□□□ 0.44
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 72.1 ms